马耳他主权骑士团国旗是耶路撒冷、罗得岛及马耳他圣若翰主权军事医院骑士团（或称马耳他骑士团、马耳他主权骑士团）的实体所用“国家”旗帜。根据约瑟波赛（意大利语：）所撰写的骑士团史一书中纪录，1130年教宗诺森二世颁布教令，参与战争的宗教组织均需佩有白色十字的红色盾牌，教宗亚历山大四世后来下令1259名获准参战的骑士穿上拥有白色十字的红披风，自此之后白色十字渐成为骑士团的正式符号。因此，该旗亦被称为圣若翰旗。
马耳他骑士团国旗为红色长方形中内含一白色十字，宽长比例为2:3。
目前，该旗帜飞扬在位于罗马该主权实体的独立机关顶端，且用于大教长或政务议会成员的官方会议上。
除了国旗外，马耳他骑士团还拥有另一样式的代表旗帜及衍生的徽章。代表旗用于修骑士团的道院正副院长、六十四个国际分会及一百多个驻外机构，及其在世界各地的医院、医学中心及门诊部、救护组织、基金会和特殊联合单位。图案是八角十字配红色底，第一次使用八角十字图案是用于第廿五任大教长维拉瑞特时发行的硬币上。教会徽章分为骑士徽章和代表徽章，第七十八任大教长有个人专属徽章。正式骑士徽章图案是八角十字位于红色椭圆形内部，周围被玫瑰经图腾包围，最外围是皇家布幔及顶端有个皇冠。该徽章用于修道院正副院长、国际分会及驻外代表机构。另一个徽章是用于遍布世界各地的医护人员及人道援助工作者，图案是一个白色八角十字位于红色盾型内。
