巴宾顿阴谋（Babington Plot），指暗杀英国女王伊丽莎白一世，并复辟玛丽成为英国女王的一系列行动。巴宾顿为此阴谋的主要行动者，并计划于1586年救出遭到囚禁的玛丽，以及暗杀伊丽莎白。
巴宾顿阴谋起源于外交事务的动荡，而这些动荡一大部分的原因来自于宗教的对抗，亦即天主教与新教的对抗。西班牙天主教徒企图透过重新立玛丽为英国君主取代伊丽莎白，以制衡新教在英国的势力。
该阴谋的主使者为约翰‧巴拉德，以及安东尼‧巴宾顿。巴拉德为一位天主教神父兼密谋者，到英国之后找到天主教士绅巴宾顿领导并组织英国天主教徒对抗伊丽莎白。另外，也与前士兵约翰‧萨维奇 （页面存档备份，存于互联网档案馆）一同策画暗杀伊丽莎白的阴谋。萨维奇向巴拉德承认他欲暗杀伊丽莎白的想法，并成为巴拉德密谋中的关键人物之一。
这项密谋却在伊丽莎白一世的首席国务卿弗朗西斯·沃辛汉的背后监督下遭到揭发。沃辛汉掌控了与密谋者的信件往来。最后巴拉德、巴宾顿、萨维奇和其他四名英国天主教徒被判叛国罪，伊丽莎白更在议会与民众的督促下，下令对玛丽进行审判，并处死刑。
在法国，天主教徒和新教结盟宗（胡格诺派）之间的阴谋和战争不断威胁著欧洲的权力平衡。虽然当时的君主凯瑟琳·德·梅迪奇、查理九世和亨利三世都是天主教徒，但胡格诺派却因为权力在各省而不断施加压力。1567年至1577年的宗教战争迫使这些君主向胡格诺派作出让步，反而加强整个欧洲的新教事业。产生了法国最强大的贵族与西班牙合并为天主教联盟的不利影响。天主教联盟的主要目标是捍卫天主教信仰，因此，它支援任何可行的事业、阴谋或阴谋，以推动天主教事业。因此，天主教联盟成为反对胡格诺派、奥兰治威廉和伊丽莎白的阴谋中心。
宗教的争端激起对西班牙摄政者的强烈不满。1567年爆发反抗西班牙统治的运动。最初并无任何组织结构。但在1572年，在英国、德国和胡格诺派的支援下，威廉一世对西班牙军队发动侵略性战争，并控制荷兰。1572年到1578年，威廉的力量仍维持强大。但在1578年，帕尔马公爵亚历克山德罗·法内塞成为新的西班牙摄政者，并迅速着手收复这些国家。1584年，一个激进的天主教徒暗杀了王子，西班牙人重新夺回了对这些国家的控制。并提出禁令，明确表明，天主教联盟，特别是西班牙的腓力二世，将采取任何措施捍卫天主教信仰，此外，天主教联盟认为所有新教君主都是非法统治者。
而在国内，虽然伊丽莎白企图透过法令解决宗教问题，但新教在英国根基仍出现许多问题。贵族仅是名义上的新教徒，且高层阶级强烈希望恢复天主教。罗马天主教会更是宣布伊丽莎白为异教徒，并认为伊丽莎白是非法的统治者。而在这样的情况下玛丽，作为一个天主教女王和下一个合法继承英国王位的继承人，则成为对伊丽莎白的重要威胁。
巴宾顿阴谋是由两个独立的阴谋所组成，第一是西班牙人入侵英格兰，并提拔玛丽担任英国君王，第二，是暗杀伊丽莎白。两个阴谋皆是在巴黎策划，并受玛丽的首席代理人摩根和佩吉特指挥。
自1571年以来，西班牙国王腓力二世及其驻伦敦大使唐·贝纳迪诺·德·门多萨长年策划推翻伊丽莎白的英国天主教徒。从伊丽莎白的前任玛丽与西班牙国王结婚，并衷于发展英格兰的天主教后，西班牙人就渴望重新获得对英国事务的影响力。最初，西班牙人企图透过婚姻重新获得对英国的影响力。但伊丽莎白并不考虑任何的求婚。因此，对西班牙人而言，仅剩让其他人担任英国君主的方法，而玛丽因为保有对英国天主教徒的忠诚以及继承权的合法权，使她成为该计划的最佳人选。
在发现Throckmorton阴谋后，伊丽莎白女王于 1584 年 7 月发布法令，阻断所有和玛丽的通信。在1585年，英国天主教流亡者吉伯特·吉福德会见了摩根。摩根虽然对吉福德有些警惕，但还是请他重新与玛丽建立通信关系。但在吉福德到达英国时，沃尔辛汉姆拘留了他，并征召他担任双重间谍。然而阻碍通讯，却反而使他们缺乏证据处决玛莉，因此沃辛汉和吉福德为玛丽设计了一个新的通信渠道，以便沃辛汉可以仔细审查。
为了不引起怀疑并定罪苏格兰玛丽一世，沃辛汉故意留了一处破绽，他知道玛丽透过啤酒酿造商担任协调人，将信件放入可以放入啤酒桶的水箱的防水外壳中，借此和她的支持者传递讯息，却故意不揭穿她，让玛丽以为她可以秘密地和外界通信。并聘请密码语言专家托马斯·菲利普斯接收讯息、解码。当任何有发给玛丽的信件时，都将发送给夏托纽夫，夏特纽夫再将这些信件传递给吉福德。吉福德会将它们转交给沃辛汉，并由他给菲利普斯。菲利普斯会解码并复制这封信，之后，这封信被重新密封并返还给吉福德，吉福德将其转交给酿酒商。酿酒师则再将这封信走私给玛丽。如果玛丽给她的支持者发了一封信，则会经历相反的过程。这也使得沃辛汉拦截并阅读了来自玛莉和支持者间的每一条消息。
该阴谋的另一个主要人物为约翰·巴拉德。1585年前往英国拜访天主教徒，1586年三月遇到前士兵约翰‧萨维奇。萨维奇参与针对伊丽莎白的单独阴谋，他向巴拉德承认，曾与威廉·吉福德博士、吉尔伯特·吉福德和克里斯托弗·霍奇森这三位朋友协商后做出决议，且他发誓要暗杀伊丽莎白。因此萨维奇的阴谋很快就成为巴拉德计划的关键组成部分。随后巴拉德返回欧洲大陆，与查尔斯·佩吉特以及西班牙大使门多萨会面。他向他们报告，如果能得到外国支持的话，英国天主教徒就会准备对伊丽莎白发动叛乱。巴拉德得到佩吉特和门多萨的支持后，依照他们的指示到英国以确保英国天主教徒的承诺。
回到英国之后，巴拉德找到安东尼·巴宾顿领导并组织英国天主教徒反对伊丽莎白。巴宾顿曾为了保护其他神父，于1580年在罗马建立秘密社团并和教宗会面；也曾在1585年游历海外时，结识佩吉特与摩根，并被托付一封要给玛莉的信。巴拉德将所有计划告诉巴宾顿，还声称得到广大英国天主教徒的支持，自己也极为支持该阴谋。然而，巴宾顿仍犹豫不决，他认为难以在伊丽莎白还活着的情况下入侵。巴拉德回应，萨维奇的计划得以使入侵行动顺利进行。在巴拉德的说服下，加上需要巴拉德指路以交付信件，便同意参与这个阴谋。
尽管该密谋皆是透过秘密信件往来，但这整个过程却在伊丽莎白女王的手下沃辛汉监督下被揭发。他掌握了密谋者与玛丽几乎所有的信件往来。最致命的关键在于巴宾顿写给玛丽的一封信。
巴宾顿因为深信伊丽莎白很快就会在计划内死亡，因此时常表现得骄傲自满，经常与密谋者共同进出并一起进教堂望弥撒，丝毫不隐讳。更渴望从玛丽身上获得认可和鼓励。而摩根得知巴宾顿的心态后，便写信告诉玛丽巴宾顿的心理状态，且鼓励玛丽，写信给巴宾顿并赞赏他是个明智的选择。玛丽便写了一封信给巴宾顿，并强调巴宾顿是玛丽最可靠的朋友。巴宾顿收到信件后，为了寻求玛丽更多的信任，以及寻求玛丽对其下属的奖励，他回复玛丽所有密谋的情节，将外国人入侵计划、英国天主教徒起义计划等权告诉玛丽；另外，他将会这封信成为沃辛汉成功将巴宾顿定罪的关键证据。
收到巴宾顿的信件后，玛丽的回复更是沃辛汉证明玛丽为共犯的重要证据。玛丽在信中赞扬了巴宾顿在各方面的策略，甚至进一步要求细节。玛丽甚至向巴宾顿提供外国人入侵一事的相关咨询。结果这封信遭到解密者托马斯‧菲利普斯解码并复制，交给沃辛汉。
最后，巴拉德、巴宾顿、萨维奇和其他四名英国天主教徒被判叛国罪。巴拉德和巴宾顿被施以酷刑英式车裂，而萨维奇和其他四人被绞死。另外，在证据的逼迫下、枢密院和议会，以及广大民众的敦促下，伊丽莎白于1586年10月下令对玛丽进行审判并处决她，该判决于1587年2月8日执行。沃辛汉也完成了他的目标。
