东京大学大学院理学部研究科附属植物园（とうきょうだいがくだいがくいんりがくけいけんきゅうかふぞくしょくぶつえん），一般称为小石川植物园（こいしかわしょくぶつえん），是日本东京大学附属的一个植物研究机构 。位于东京都文京区小石川（こいしかわ）。该园原先是德川幕府所设置的御用医学药草园，自明治维新起，是日本现代植物学研究的发源地。同时，也是台湾本土植物研究工作上最重要的植物园。
小石川植物园中除科学代表性的活体搜藏之外，相关的图书、仪器亦非常完备，并有一座全日本典藏量最丰富的标本馆，搜藏的标本高达 170 万份；由于空间的关系，目前分两部分存放，除植物园外，部分开花植物另存于东大校本部的综合研究博物馆。其培育的植物分类人才不胜枚举，历任园长在植物分类学界个个赫赫有名。
小石川植物园的建园历史可远溯至西元 1684 年，日本江户时期，德川幕府第八代幕府大将军德川吉宗收到汉医的书面陈情，建议成立提供江户平民医疗服务的大众诊所。德川吉宗接受建议，于小石川御用草药园成立了小石川养生所（日语：小石川養生所），提供江户地区的贫困民众医疗救治并从事医疗研究。
随着西方技术传入，兰医与汉医之间的地位开始有了转变。小石川养生所的医疗价值逐渐淡化，日本政府最后决定关闭小石川养生所，将小石川药草园划归给东京医学校。西元 1877 年，东京医学校与东京开成学校合并成日本第一所现代大学：东京大学，小石川植物园从此正式成为东京大学的附属植物园，之后并成为日本现代植物学研究及人才培育最重要的摇篮。
小石川植物园历任园长中，西元 1924 年上任的第三任园长早田文藏博士和台湾植物研究的关系最为密切，早田自1911至1921年共出版了10卷的《台湾植物图谱》，由其纪录的台湾植物多达二千三百多种，其中一千多种为新发现的植物，包括1906年描述的台湾杉（）。早田因研究台湾植物而闻名，东大标本馆也因此存放了最多的台湾植物模式标本，1928年台北帝国大学（国立台湾大学前身）成立，许多台湾本土植物的研究逐步转移来台，在摄影和影印技术不发达的年代，在台日籍学者为了比对标本，常用铅笔拓印的方式，自小石川植物园描绘模式标本的特征回台，这批手绘稿至今还可以在台大植物标本馆中看见。
