纤毛虫是纤毛虫门（学名：Ciliophora）生物的通称，是一类较复杂的原生动物，主要特点是以纤毛作为运动器，细胞核一般分化出大核（营养）、小核（生殖）、摄食胞器等，无性生殖为横二分裂，有性生殖为接合生殖，生活在淡水或海水中，也有寄生的。代表生物有草履虫，小瓜虫等。
纤毛虫在分类上比较复杂，尚无统一的定论。按传统的分类，原生动物作为动物界中的一个门，纤毛虫为其中的“纤毛纲”（Ciliata），有时也将其列为原生动物门的纤毛亚门，或将原生动物看作动物界的一个亚界，纤毛虫划为一个门——纤毛门。按照汤玛斯·卡弗利尔-史密斯提出的分类系统则属于囊泡藻界的“纤毛虫门”（Ciliophora）。
与其他大部分真核生物不同,纤毛虫有两种大小不同的核，一种是二倍体的小核，负责基因重组；另一种是多倍体的大核，负责一般细胞调控。
食物通过胞吞作用，经过胞口胞咽进入食物泡，通过溶酶体分解使其颗粒变小，能通过膜扩散入细胞质中，残留在食物泡中的物质在胞肛处以胞吐作用排出。大多数纤毛虫也具有一个或多个突出的收缩泡，收集和排出水以维持细胞内渗透压，以及维持离子平衡。在某些属中（如草履虫），收缩泡有着明显的星状造型，每个星芒都是一个收集管。
纤毛虫都可以进行无性繁殖和有性繁殖。无性繁殖二分裂方式进行，小核发生有丝分裂,大核伸长并分为两半，然后该细胞一分为二。两个新细胞各获得一个大核和一个小核。与此相反，有性繁殖涉及两个不同交配型（类似性别，但也存在两个以上的交配型）个体之间的结合和遗传物质的交换，这往往发生在食物短缺的时候。
“纤毛虫门”分为两个亚门：
（但WoRMS认为属于前口纲前管虫目裸口虫科，只有 Brown, 1951一个物种。）
