石井四郎（日语：石井四郎／いしい しろう ，1892年6月25日－1959年10月9日）是一位日本陆军将领，最高军衔为陆军军医中将（日语：軍医総監），为日本细菌战体制的缔造者，同时也是细菌战部队——“731部队”创始人与部队长。
石井于日本在中国东北建立的傀儡政权——“满洲国”境内设置“731部队”之基地，进行研究和制造细菌武器、对大量抓获的中国军民进行人体实验与活体解剖，至少有3000名俘虏被“731部队”以各种实验方式杀害，石井也在战间期和第二次世界大战期间于各地策划了多次细菌战攻击行动，如满蒙边界的诺门罕、中国战场上的常德、浙赣和美国西岸等等。
战后，石井以细菌战研究资料与占领日本的美国当局谈判，换取免除追诉细菌战罪行。1959年，石井因喉癌于东京国立第一病院（日语：国立国際医療研究センター）去世。
1892年6月25日，石井四郎出生于千叶县山武郡千代田村（日语：千代田村 (千葉県)），是家中第四个儿子。父亲石井桂出身于大名之后的华族，是当地的大地主，经营酿酒业，母亲千代为上田藩藩医之女，父母亲生下四男二女。长子石井彪雄战死于日俄战争中的对203高地的进攻、两个女儿皆夭折、次子和三子分别名为刚男和三男，皆于中国服役，分别担任陆军小队长和技师。
石井毕业于当地的千叶中学，之后先是就读金泽市旧制第四高等学校（日语：第四高等学校 (旧制)），毕业后经过三年的准备才考入京都帝国大学医学部就读。1920年12月毕业后，石井志愿担任军医而进入了陆军，成为军官候补生。1921年，石井经过四个月的军官见习后晋升为二等军医（相当于中尉），担任近卫步兵第3联队随附军医，1922年8月1日再转调至东京第一陆军病院（日语：国立国際医療研究センター）任职。1924年8月20日，晋升一等军医（相当于大尉）。1924年至1926年期间，陆军部又派遣石井进入京都帝国大学研究院从事细菌学、血清学、防疫学、病理学等研究。
石井在职场上的表现颇具争议，其频繁拜访时任帝大校长的荒木寅三郎（日语：荒木寅三郎），令他的同事不以为然，认为是借此“讨好一位权力人士”，以至于1927年荒木之女清子与石井结婚时，荒木被石井的同事们取笑是得到了一个“赘婿”，而非嫁出了女儿。
另外值得一提是有关“石井发现流行性乙型脑炎病因”的贡献一说，此说尤以清野谦次（日语：清野謙次）博士对外散布而闻名，不仅该人在有关著作和采访中皆如此强调，连常石敬一（日语：常石敬一）这位以研究731部队而闻名的学者也引用此说，清野描述了身为助理教授的石井寻求身为教授的自己以及多位医界前辈去研究已造成重大危害的流行性脑炎，后来得到同意，成立了研究小组，也向京都帝大申请了4800日元的预算，不足者石井甚至自掏腰包，凑了1200日元。清野称在夜以继日的工作下，研究小组终于得出流行性脑炎病是因为一种病毒所致的结论，而在这些成功的资料上，石井“总是位居最前列的”，然而经过美国历史学者肯尼思·波特（Kenneth L. Port）考证，此说很大程度上是编撰而来，特别是在石井研究的1924年，当时根本没有“病毒”的概念。1927年，石井提交毕业论文《革兰氏阳性双球菌的研究》（グラム阳性双球菌について），获得博士学位。
由于第一次世界大战中化学武器造成了惨重的伤亡，因此导致1925年6月世界各国推动签署禁止在战争中使用毒气和细菌武器的《日内瓦议定书》。日本代表原田丰二等军医正回国后，将会议内容发表于《军医团杂志》（軍医団雑誌）上，石井阅读过原田的报告后，即认为日本有必要推动细菌战部队的设置。石井日后还在说服中央时指出，使用细菌武器的成本很低，对于缺乏煤铁等资源的日本而言是最适合发展的项目，且与枪炮武器造成的伤者可以很快返回战场，细菌武器能够经由患者感染另一人，可从乡村传染至城市，且不会对建筑物或设施造成破坏等诸多益处。除此之外，石井也认为因为目前军医系统已几乎被东大出身者把持，京大（石井的母校）出身者若想要出人头地，就必须创造新的兵种或组织。
石井极力游说陆军中央派遣自己到海外考察，其参访目标主要是德国，以及从事类似研究的有关国家。在许多文献中提及石井在1928年4月至1930年4月这段时间里进行了考察之旅，出访了许多国家与地区——新加坡、锡兰、埃及、希腊、土耳其、意大利、法国、瑞士、德国、奥地利、匈牙利、捷克斯洛伐克、比利时、荷兰、丹麦、瑞典、挪威、芬兰、波兰、苏联、爱沙尼亚、拉托维亚、东普鲁士、夏威夷、加拿大和美国，谢尔顿·H·哈里斯还引用了北野政次的说法，称石井曾在麻省理工学院研究过细菌武器。此外，石井为这趟考察之旅还变卖了家中大片山林和田地，也因此负债、生计逐渐窘迫，考察之旅也因此从一开始的自费中途转为公费。波特同样对此进行考证，得出石井可能只有去过法国和德国的结论，其他国家的考察（包括去麻省理工学院等事）可能只是搭乘火车经过或是战后胡诌的。
1930年，石井从海外归国，此时的日本军部已因“皇姑屯事件”导致首相田中义一和军中高层辞职而重新洗牌，换上了一批更年轻、更具进取心的领导层，使石井的主张更能被接受。8月，石井晋升为三等军医正（相当于少佐），担任东京陆军军医学校教官，隶属于军医学校“防疫部”，同时兼任陆军兵器本厂干部。石井在“防疫部”的上司为其旧识梶冢隆二（日语：梶塚隆二）中佐，而军医总监则是小泉亲彦（日语：小泉親彦）（1933年又任军医学校校长）。根据梶冢的证词，石井在回国后便大力鼓吹发展细菌武器，称欧洲列强此时都在准备细菌战，日本若不做准备将在未来战争中遭遇到严重困难，且细菌武器作为攻击性武器是非常有效的，其主张最终被日军参谋本部所接受，支持者包括小泉、梶冢、参谋本部作战课长铃木率道、土肥原贤二、陆军大臣荒木贞夫、陆军部军务局长永田铁山等人，皆给予其相当的协助。
必须一提的是，军部起初对细菌战缺乏兴致，石井之主张所以能获得重视，很大原因是源于其1932年发明的“石井式滤水器”。“石井式滤水器”的功能是过滤细菌的野战用大型滤水器，还在发明翌年获得天皇御览的荣誉。“石井式滤水器”首先被送至满洲各地使用，并获得优良的实绩，因此在1936年获准作为正式的野战滤水器。石井以滤水器的供应和运作为中心，以“防疫给水部”的名目去取得预算和编制，随着滤水器逐渐广为配置到各部，石井即可进一步争取编成为独立部队。前“关东军”参谋副长松村知胜（日语：松村知勝）曾回忆道：“某天，石井突然闯进来，强烈要求扩大和编列有关防疫给水的预算编制，为达到目的，他亲自舔食由人尿制成的盐，并当众喝下由污水过滤出去的清水。这样的举动终于惊动参谋本部上级，答允加强编制和扩大防疫给水部。”
石井将细菌战的研究分为A（攻击）与B（防御）两种，其中B的研究可在日本本土进行，但A的开发工作必须在日本之外，才能方便取得实验材料。1931年9月18日的“九一八事变”后，日本“关东军”占领了满洲，并在翌年建立了傀儡政权的“满洲国”，成为石井实验场的选定地点。1933年8月，石井在哈尔滨宣化街和文庙街一带秘密设置了细菌研究所（被称作“石井部队”，密称则为“加茂部队”），并于哈尔滨东南方拉宾线车站附近的背荫河建立附属的细菌工厂。
石井在背荫河细菌工厂主要研究炭疽、鼻疽与瘟疫，并与宪兵队和特务机关合作，大量抓捕满洲的抗日人员、政治犯或是无辜的平民用于人体实验，一般受试者不会活超过一个月，一旦被认为不具实验价值便注射毒药杀害，解剖完后再送至焚尸炉。1933年8月，背荫河细菌工厂发生监狱暴动事件，之后弹药库设施又被抗日游击队炸毁。为避免日后细菌武器计划为外界所知，石井选择改在更隐蔽的地点从事这项工作，于1935年放弃了背荫河的细菌基地，在1936年8月选择哈尔滨平房重新建立了“关东军防疫部”（石井部队）。1938年9月，平房工程基本完成，原“加茂部队”设备皆迁移至平房。
随着日军动员全国医界人员前往满洲协助细菌战的研究，“关东军防疫给水部”日益扩编，成为拥有人数高达3000人和各式设备的庞大组织，而石井的军衔也随之提升，先于1935年8月晋升军医中佐，1938年3月再晋升为军医大佐。在石井的领导下，“关东军防疫部”策划了1939年10月“第二次诺门罕事件”的细菌战攻击行动，而这也是日军首次的细菌作战。石井也因此在日军各部队大败之余单独获得了大本营颁发的感谢状，之后又在1940年4月29日获得了功三级金鵄勋章与旭日中绶章。1939年起，石井开始被派至中国各日军占领区、成立各派遣军的防疫给水部队支部，以扩大细菌战的规模，并于同年9月7日启用“东乡部队”一名作为石井部队的匿名。1940年8月22日，“石井部队”对外正式启用“关东军防疫给水部”名称，同年12月2日又在牡丹江、林口、孙吴和海拉尔成立了支部。1941年3月，石井晋升为军医少将。1941年6月，德国入侵苏联，“关东军”为隐匿对苏联发动细菌战的企图，变更了“石井部队”的番号，将“石井部队”平房本部改名为“满洲第731部队”。
在部队管理上，石井利用“731部队”极为丰厚的经费使其成员有着远超一般人民的生活水准和特权，加上其人格特质而赢得了队员高度的崇拜，他还是一名相当活跃的生化武器巡回演说家，经常独自驾驶飞机从平房飞至各支部，对当地细菌战装备、人员进行检查，并给其麾下数千名的医生、科学家和士兵做出一系列振奋士气的演说，也曾于1940年至1941年亲自驾机飞往中国常德市上空执行散播传染病任务。前陆军军医汤浅谦在战后曾表示：“对我们来说，石井就像神一样。那时候，我们认为他所作的一切，对我们国家赢得战争来说，都是必要的。”
1942年8月，石井被撤销“731部队”部队长职务，转任“中国派遣军”第1军军医部长，其原因常为人引用的说法是石井因挥霍公帑与贿赂贪渎而被惩处，经中国湖南文理学院“侵华日军细菌战罪行研究所”教授陈致远与朱清如两人的考证，此说最早出现于日本作家森村诚一在其纪实著作《恶魔的饱食（日语：悪魔の飽食）》，源于作者对若干名不愿具名的前“731部队”成员之访谈，并也因此成了在“731部队”研究上公认的说法。陈致远等人则认为并非如此单纯，而更与日本调整细菌战整体战略和石井个人有关。石井时至被解职的1942年已经营日本细菌战工作十年，是细菌战的核心人物，纵使有贪渎行为也不太可能就因此被解职，陈致远列出了日军中央如此决策的数种原因：一、日军中央高层早已对石井一人在731部队的绝对权力（未有可制衡者）早已不满，1940年还曾考虑设置管理石井的“指导官”；二、石井自视部队为特殊单位，对陆军中央的命令时有对抗、要求过多预算，在浙江和常德的细菌战取得部分成功后，石井于1942年5月“浙赣战役”前还向上级机关要求更多权力；三、1942年6月美国总统富兰克林·德拉诺·罗斯福曾警告日本若继续使用生化武器将遭其报复，使主张大规模实施细菌战、作风激进的石井被日军中央所否定；四、石井策划的细菌战虽造成中国平民的伤害，但对中国军队的成效不高，颇令中央感到不满；五、“浙赣战役”细菌战也造成波及友军的重大意外，使日军有1万人染疫、1700人死亡。总结上述原因，最终导致石井被解除职务，由相较于前者温和且为研究型细菌学家的北野政次继任，也因为日军在太平洋战区的战况已恶化，因此细菌战的攻击目标也从中国转向英美。
石井担任第1军军医部长约一年，后于8月1日调至东京陆军军医学校担任教官，继续研究细菌武器和策划细菌战。1945年3月1日，由于盟军已逼近日本本土，日军中央决定不顾国际舆论和美军报复，准备大规模动用细菌战对付盟军，也因此重新启用石井为“731部队”部队长，并将其晋升为军医中将。复职后的石井将鼠疫作为决战用的细菌武器，于满洲各地大量捕捉老鼠、生产巨量的鼠疫菌和作为传媒的跳蚤，还策划了以由“731部队”成员搭乘伊四百型潜艇至美国太平洋西海岸军港发动细菌战，即“夜樱作战”，预定将于9月22日执行。7月，由于日本战败在即，石井开始进行销毁“731部队”有关资料。1945年8月，苏联出兵满洲，石井已完成湮灭证据的工作，将重要资料装在三个皮箱，乘飞机逃回了日本，并严令部队成员不得泄漏“731部队”的有关情报，多名成员作证石井确实说过“‘731部队’的秘密要带入坟墓”这句话，并认为这道封口令为的是避免石井自己成为战犯。然而石井传记作者青木富贵子（日语：青木冨貴子）从石井的日记中考证，此令是实际上是出自陆军参谋总长之手，为的是避免细菌战的秘密为美军所知、危及到日本天皇，而石井仅是遵从其指令。
二战结束前，美军便已获悉日军在中国进行细菌战的事实，试图透过各种渠道去得知细菌战和有关实验的情况，并派遣了细菌专家莫瑞·桑德斯（日语：マレー・サンダース）中校调查，审讯了“731部队”的主要成员内藤良一、金子顺一和增田知贞等人，以此完成有关731部队的研究报告（一般称《桑德斯报告》），在此基础上，美军更试图进一步深入了解日本细菌战的详细资讯。石井则在逃回日本后回到千叶的故乡，1945年11月10日还在千代田村举办过伪装葬礼，并在村长的掩护下潜伏起来，但美军经由长时间的追踪与接触，终究掌握其活动，并在审理日本战争犯罪的“远东国际军事法庭”召开前与其相约谈判。
1946年为1月17日，美军阿尔沃·汤普逊（Arvo Thompson）中校在石井宅邸进行第一次的审讯，调查内容是细菌战部队的编制和训练作战生产能力，石井的回答相当保守，承认进行普通预防医学和野外实验的研究，但否认进行细菌战计划、实战、人体实验以及与海军等其他部队在此方面的合作研究。美国方面对石井的回答并不满意，持续深入审问诸如资金来源、陆军中央支援者为何人、石井式滤水器生产和销售等问题。汤普逊以此为基础，于1946年5月撰写了一份名为《关于日本细菌武器的报告》（又称“汤普逊报告”），这篇报告中石井详述了“731部队”的规模、研究细菌武器、如何防御细菌战等内容。事后，美军又多次审讯石井，后者提出以免除自己和部下的战犯追诉为条件，愿意提供更详尽的细菌战资料。
1947年10月，美国派遣细菌学专家埃德温·希尔（Edwin Hill）和约瑟夫·维克多（Joseph Victor）确认了其资料之价值，证实其为“无价的研究成果”，希尔在分析完资料后提交的报告中指出：“石井部队的资料是日本的科学家花费几百万美元经费和长年研究的成果。这种资料由于关系到人体实验，是我们自己的实验室有所顾忌而不能得来的。这些资料的获得，总共只支出了25万日圆（约为当时的700美元），跟实际研究的花费相比真是太便宜了”希尔等人还在报告中极力为石井请愿免罪。美国陆军部最终选择与石井等人达成协议，为取得珍贵的细菌战资料，拒绝了国际检察局、“远东国际军事法庭”苏联代表的提讯和引渡石井的要求，苏美两国甚至一度几近决裂，前者强调不惜从本国带来红军，后者则威胁将会逮捕苏联代表，最终不了了之。
石井在1947年后行踪不明，存在多种说法，如从美军得到一处原日本海军宿舍改装的美军士兵娱乐设施（妓院），表面上靠女人卖淫维生，实际上在里面整理从中国带回的“731部队”资料、于1950年“朝鲜战争”爆发后受美军命令协助开发细菌武器投入战事，并因此免除了日本近一千名军医的“公职追放”惩罚、也有文献称石井于1950年至1952年期间多次前往美国、又或是在军医学校遗址上建立了一个名为“东京营养研究中心”的机构（代号为“J2C406”），继续研究生化战争。根据石井的女儿春海所述，晚年的石井迷上了禅学，终日到自家附近的月桂寺听禅、向僧侣请教修禅。1958年8月17日，石井第一次、也是最后一次出现于前“731部队”成员的聚会上，并发表了告别演说。同年，石井因罹患喉癌住入东京国立第一病院，于隔年10月8日下午三点去世，享年67岁，葬于妻子清子和长子诚一在月桂寺的墓地，法名为“忠诚院殿博学大居士”。
石井有7个孩子，长女为1925年生的春海。长子曾于“731部队”中担任过狱长，之后罹癌而死于神户。次子也曾负责管理该部队的牲畜群，战后因为没有找到工作而变卖了大部分的家产。
