小菇科(学名:Mycenaceae)是伞菌目下的一个科,最早于1926年由荷兰真菌学家卡斯帕尔·凡·欧沃瑞姆(英语:Casper van Overeem)设立。2008年出版的真菌辞典()第十版中,列出了本科下分十个属,共705个物种,本科也是经由序列分析后,从口蘑科拆分出来的科之一。本科物种多行腐生生长,广泛分布于全球各种生态系中。本科之下有一属在一枚伊斯帕尼奥拉岛的多米尼加琥珀(英语:Dominican amber)中被发现,出现于中新世布尔迪加尔阶(英语:Burdigalian)的地层,是目前化石纪录中已发现的四个伞菌的属之一。
2002年一篇大规模的种系发生学研究以核糖体大次单元的基因序列分析伞菌目下各类群的亲缘关系,以小菇科之名描述一个包含网孔菌属(英语:Dictyopanus)、胶孔菌属(英语:Favolaschia)、小菇属、扇菇属(英语:Panellus)、孔小菇属(英语:Poromycena)、脂小菇属、与等属、可信度较高的演化支。后来网孔菌属被并入扇菇属中,孔小菇属与则皆被并入小菇属中。