2009年墨西哥甲型H1N1流感疫情首例出现于2009年3月18日，但是当时并不明白这是一种新型的流感病毒。疫情首次得到广泛报导的时间是2009年4月23日晚上11时。4月24日墨西哥当局在60多个死者中，16名的死因确定是新品种的猪流感的感染，其余44名的死因仍检测中。当中大部分死者都是年轻的成年人。
4月24日，在墨西哥境内已经发现了81个死亡，病发地区全部集中在墨西哥中部及北部州分。
世界卫生组织确认部分发病病例是由一种从未发现的H1N1变种病毒所引致。墨西哥卫生部表示已经有1324人因为怀疑感染猪流感而入院治疗，其中死亡人数达到81人。4月26日，卫生部长何塞·安赫尔·科尔多瓦·维雅洛博斯博士（Dr. Jose Angel Cordova Villalobos）表示已经有20个经过病毒测试成为确诊病例。4月27日，总计有1614病例，死亡人数达103名，400人还在医院中接受治疗。大约3分之2的病人逐渐康复。
自从发现首宗猪流感一个月后，墨西哥政府开始在墨西哥城、墨西哥州和圣路易斯波托西州采取措施来减少传染风险。政府动员数百名士兵和警察在墨西哥城给市民派发600万个口罩。
当地4月25日，墨西哥总统费利佩·卡尔德龙宣布国家进入紧急状态，并授权他有权暂停公众活动和强制进行检疫。墨西哥政府关闭墨西哥城、墨西哥州、圣路易斯波托西州及其邻近地方的所有学校、图书馆、博物馆、演唱会场地及其他公众场所，直到5月5日为止。墨西哥城市长厄伯拉特（Marcelo Ebrard）宣布所有公众活动暂停10日，所有学校均需要停课，并且呼吁所有市民避免握手和亲吻，并且要求所有夜店关闭十日以避免病疫进一步扩散。墨西哥城卫生局长艾修德（Armando Ahued）表示墨西哥城将准备一场大规模紧急接种运动来防治常见于冬天的猪流感。
4月26日，诺沃莱昂州州长Natividad González Parás宣布州内学校停课直到5月6日，并且在机场、中央巴士站设立检疫制度，在州边境设立观测点来为入境人士进行体检。 所有科阿韦拉州学校在27日28日停课，并有可能在该星期余下日子维持停课。
4月27日，墨西哥卫生部长柯多瓦（José Ángel Córdova）指出学校可能停课最少一个星期，另外需要10日来观察病毒演变的情况，并考虑是否需要其他措施。
5月1日，墨西哥卫生部在追查感染源头时，目前锁定一名39岁担任女性税务员，在4月13日已经病死，是墨西哥流感死亡的首宗病例。该名税务员古特瑞丝在生前染病期间仍坚持探访300多个家庭调查税务事宜。4月10日，她被送进Dr. Aurelio Valdivieso 总医院，医生为她注射抗生素后反使病情恶化。4月12日，被送入重症医学室，当时的测试结果显示她感染了冠状病毒。13日她便去世。可是，逝世后第二次的冠状病毒测试报告呈现阴性。后来才能确定是甲型H1N1流感病毒。
