立陶宛国旗是一面黄、绿、红横向三色旗帜，由立陶宛于1989年3月20日从前苏联独立时采纳为国旗。之前，于1918年至1940年期间，这面旗帜亦是当时仍然保持独立国家地位的立陶宛国旗。1940年被苏联吞并，直至1989年为止。苏联占领期间，立陶宛采用另一面旗帜，为红底左上角有黄色五角星及镰刀、铁锤图案的泛苏联旗帜，之后旗帜下方加上白色窄条和绿色宽条。立陶宛现国旗的长宽比例本来是1:2，2004年改为3:5。
现时已知最早代表立陶宛的旗帜是在15世纪出现。根据手稿纪录，在1410年的战役发生时，对战双方使用两面不同的旗帜。当中占多数、有40人的一方使用的旗帜为红色底，上有一位全副武装的骑士。这一面后来被称为立陶宛波兰联邦的旗帜，后来成为立陶宛的战旗，到了2004年更成为政府旗。其余的使用的旗帜亦是红色底，但上面是一个白色的格迪米纳斯塔图案。使用该旗帜的一方又称为王公之旗，代表立陶宛大公；而使用格迪米纳斯塔旗帜的一方代表立陶宛的贵族。一直以来，立陶宛大公及其后嗣国家都一直使用Vytis旗，直到18世纪末期被俄罗斯帝国吞并为止。
黄绿红三色的出现时期，正值欧洲的共和国更改旗帜的风气炽热之时。当时法国在革命后改用红、白、蓝的三色旗帜，这面旗帜据信是今日立陶宛国旗的蓝本。当时的小立陶宛省亦有一面绿、白、红的三色旗。
具体到底是谁最先采纳黄绿红三色旗的，已无从稽考。不过，一般都认为是流亡美国的立陶宛移民最先提出使用这面旗帜的建议。这三种颜色经常在立陶宛的民族编织物及传统服饰上出现。当时的立陶宛国民大会与会者倾向选择三色旗多于原来立陶宛大公国过去使用的王公旗作为新国家的国旗。他们不选择王公旗有两个原因：
1917年对国旗的讨论再度产生，但咨询过一位知名的纹章学家后，黄绿红三色旗在1918年成了定案。
但是，争议依然持续。三色旗的反对者认为金色并不是一种适合的颜色，因为黄、绿、红三色组合并不符合当时的纹章法则。不过，在两次世界大战期间，三色旗仍能保持它的地位。至第二次世界大战期间，立陶宛被苏联瓜分。而在苏联治下，更曾出现两面旗帜共用的情况。二战过后，一面红色底色、左上角绘有金色镰刀及锄头、并有“Republics of the Soviet Union”（“苏维埃社会主义共和国”）字样的旗帜代表了立陶宛。而在该面旗底部，另有白色及绿色横条。到1988年，立陶宛独立运动渐趋强大，立陶宛共和国政府于是重新确定三色旗为国旗，并在一年后正式对国旗的颜色作出规范。而脱离苏联独立后，三色旗于1992年透过公民投票确认之后写进了新的立陶宛宪法。
立陶宛大公国
立陶宛王国
有格迪米纳斯塔军旗
立陶宛王国 (1918年)（1918-1940）
立陶宛苏维埃社会主义共和国国旗（1940-1953）
立陶宛苏维埃社会主义共和国国旗（1953-1988）
立陶宛共和国国旗（1989年-2004年）比例 1:2
1991年6月26日通过的《立陶宛共和国国旗法》，规定了国旗的设计、尺寸及使用法则。法例在2004年7月8日经过修订，国旗的长宽比例从1:2变成3:5，并接纳了Vytis旗作为代表立陶宛政府的旗帜。新的修订在得到总统瓦尔达斯·阿达姆库斯确认后，已于2004年9月1日生效。
立陶宛国旗及政府旗的色彩，是根据彩通配色系统®（PMS）定义的，特别是Pantone textile-paper (TP)。两面旗帜的比例都必需是3:5，而标准大小则定为长1.7米及阔1米。但只要色彩及长阔比例都依照法例订明，实际上任何大小都可接受。
在立陶宛国旗上，黄色代表了土地，绿色代表立陶宛绿油油的田野，而红色则代表了那些曾为立陶宛淌流过的鲜血。The official Pantone colors have been published since 2004; the list below shows the official colors and their suggested equivalents:
海军旗（比例1:2）
海军舰首旗
政府旗
1992年，立陶宛的海军军旗正式启用。这面旗的背景为白色，并配上一个蓝十字图案，左上方绘有立陶宛的国旗。
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