查允元（1560年－？），字仁卿，号虞皋，浙江杭州府海宁县人，民籍，明朝政治人物。
万历四年（1576年）丙子科十二名举人，万历十一年（1583年）癸未科会试二百名，万历十四年（1586年）补丙戌科殿试，中式二甲第四名进士。礼部观政，任礼部主客司主事，历主客司员外郎。
万历二十一年（1593年）十月升江西提学佥事，晋本省副使，三十六年十一月升本省右参政兼佥事。
曾祖查绘，诰赠大理寺左少卿；祖父查秉彝，戊戌进士，顺天府府尹加赠通议大夫；父查志立，丙辰进士，河南布政使司左参政。母姚氏（封宜人）。具庆下。弟查允升。
