2019冠状病毒病日本疫情时间轴（日语：日本における2019年コロナウイルス感染症の流行のタイムライン／にっぽんにおける2019ねんコロナウイルスかんせんしょうのりゅうこうのタイムライン），以时间轴形式介绍新型冠状病毒感染症 (COVID-19) 在日本的疫情。
2019冠状病毒病日本疫情可按国内不同病毒的基因组序列分为2波。国立感染症研究所的基因研究显示，第1波疫情的变异株来源于中国及东亚患者中流行的武汉型，1月透过中国旅客及回国者侵入日本，3月在日本全国引发多个感染群组（疾病丛聚（日语：クラスター (疫学)））后慢慢消失。1月16日，日本透过医学检查，确认国内出现首宗个案，为从武汉回国的神奈川县居民。
继第1波后，日本又发生欧洲型病毒引发的第2波疫情，变种可追溯至法国、意大利、瑞典、英国的早期患者。3月26日，日本透过医学检查发现第2波疫情，当时政府专家会议得出结论，认为3月11日至3月23日期间，欧美旅客及回国者很可能已引发新的疫情。国立感染症研究所发布研究数据，证明日本3月起流行的病毒中大部分是欧洲型，又指结论“强烈显示”，寻找感染源头及密切接触者的主动流行病学调查取得成效，成功控制住武汉型病毒，但3月的行动限制不足，导致3月下旬至4月中旬，欧洲型病毒传入国内并扩散。
日期为日本标准时 (JST) 。
本周，国立感染症研究所接获13宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获54宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获80宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获90宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获197宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获264宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获264宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获730宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获1710宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获3044宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获2913宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获1965宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获1218宗呈报个案（含怀疑个案）。
本周，国立感染症研究所接获507宗呈报个案（含怀疑个案）。
