2018年国际足联世界杯预选赛 – 亚洲区第三轮的参赛球队由八支上一圈比赛各组的首名，及四支成绩最佳的次名球队，共十二队参赛，因此也被称为2018年国际足联世界杯预选赛亚洲区12 强赛。比赛日期目前定于2016年9月1日至2017年9月5日。比赛分为两大组，每组各6支球队，采用主客场双循环制。每组的前两名球队将直接获得2018年国际足联世界杯的参赛资格，而两个排名小组第三的球队将进行第四轮角逐第五名，这些队伍同时具有2019年亚洲杯足球赛的资格。
2016年4月12日16：30（UTC+8），第三轮抽签仪式于马来西亚吉隆坡的亚足联总部举行。
种子排序依以2016年4月的国际足联世界排名作为依据。以下的排序按照2016年4月的世界排名，而抽签结果刚好省掉因为沙特阿拉伯及伊朗关系恶化所带来的问题。（同一年的亚冠联赛，沙特阿拉伯及伊朗俱乐部之间的赛事于中立场地举行。）
韩国 
v 
中国
乌兹别克斯坦 
v 
叙利亚
伊朗 
v 
卡塔尔
中国 v 伊朗
叙利亚 v 韩国
卡塔尔 v 乌兹别克斯坦
韩国 v 卡塔尔
中国 v 叙利亚
乌兹别克斯坦 v 伊朗
乌兹别克斯坦 v 中国
伊朗 v 韩国
卡塔尔 v 叙利亚
韩国 v 乌兹别克斯坦
中国 v 卡塔尔
叙利亚 v 伊朗
中国 v 韩国
叙利亚 v 乌兹别克斯坦
卡塔尔 v 伊朗
韩国 v 叙利亚
伊朗 v 中国
乌兹别克斯坦 v 卡塔尔
伊朗 v 乌兹别克斯坦
叙利亚 v 中国
卡塔尔 v 韩国
中国 v 乌兹别克斯坦
韩国 v 伊朗
叙利亚 v 卡塔尔
卡塔尔 v 中国
伊朗 v 叙利亚
乌兹别克斯坦 v 韩国
澳大利亚 
v 
伊拉克
日本 
v 
阿联酋
沙特阿拉伯 
v 
泰国
伊拉克 v 沙特阿拉伯
泰国 v 日本
阿联酋 v 澳大利亚
日本 v 伊拉克
阿联酋 v 泰国
沙特阿拉伯 v 澳大利亚
澳大利亚 v 日本
伊拉克 v 泰国
沙特阿拉伯 v 阿联酋
日本 v 沙特阿拉伯
泰国 v 澳大利亚
阿联酋 v 伊拉克
伊拉克 v 澳大利亚
泰国 v 沙特阿拉伯
阿联酋 v 日本
澳大利亚 v 阿联酋
日本 v 泰国
沙特阿拉伯 v 伊拉克
澳大利亚 v 沙特阿拉伯
泰国 v 阿联酋
伊拉克 v 日本
阿联酋 v 沙特阿拉伯
泰国 v 伊拉克
日本 v 澳大利亚
伊拉克 v 阿联酋
澳大利亚 v 泰国
沙特阿拉伯 v 日本
以粗体显示者为余下比赛入选的球员。
