南京港（深交所：002040）是位于江苏省南京市的沿江商业港口，港口代码CNNJG、港口缩写NKG，位于上海吴淞港上游189海里，芜湖港下游51海里。
南京港地处长江下游，距离长江入海口437公里，位于长江三角洲与中西部地区的交接点、沿长江和东部沿海“T”型经济发展战略带结合部，具有承启东西、呼应南北的独特区位优势，是中国沿海主要港口之一、国家重要的主枢纽港和对外开放一类口岸。
因南京长江大桥净空所限，南京港成为江海大型船舶进江的终点。
南京港港界为北岸上至驻马河口，下至泗源沟，全长110公里；南岸上至慈湖口，下至大道河，全长98公里。目前，南京港共拥有生产性泊位257个，其中万吨级泊位44个，总通过能力1.6亿吨。
南京港主要有铁路、公路、水路、航空、管道五种交通方式：
南京港的历史非常悠久。早在公元前333年时，金陵邑设立，外地船只多在此停泊。在南京作为六朝古都的时期，南京港成为了江南的漕运、贡运中心。隋朝时，由于南京城被毁，南京港也迅速衰落，直到五代十国时期才恢复。明朝初期，作为首都的港口，南京港也成为了全中国的水运中心。明朝末期后，南京港又在此陷入荒废，直到1899年南京开埠才逐渐恢复。随着津浦铁路和沪宁铁路的通车，南京港的业务量急剧增加，一批新码头也建立了起来。国共内战期间，由于岸边年久失修，加上国民党在撤退时炸毁了一些码头，南京港无法运作。50年代后，中央政府和南京市政府都非常重视南京港的建设，并陆续改造、新建了一批设施。1986年3月20日，南京港对外开放，并成为了中国内河吞吐量最大的港口，直到在2018年被苏州港和南通港超越。
南京港的港界为：长江北岸上至驻马河口，下至泗源沟，全长110公里；南岸上至慈湖口，下至大道河，全长98公里。
1899年南京开埠后，南京口理船厅便宣布，在港界限内设置码头、建筑等需得到理船厅的批准。1929年的《首都计划》中首次对南京港的码头布局做出了规划。南京市政府也参与管理：不仅开始行使对岸线的审批权，还在1935年发布了《南京市码头管理及租凭规则》，规定岸线建筑物“不得妨碍他人码头及公共交通”。1953年起，南京市人民政府也将码头列入城市规划中。1983年获批的《南京城市总体规划(1981-2000)》中，加强岸线的统一管理成为了重要的内容。至1999年，长江两岸已使用岸线117.6公里，已规划46公里，剩下44.4公里被认为不宜设立港口。
南京港的岸线曾多次坍塌，有记载的坍塌如下：
1903年的坍塌发生后，管理机构开始探讨原因，认为“大约因岸底浮沙为江流急湍冲刷殆尽，遂不能支持岸上房屋之重载也”，但未能给出治理方案。辛亥革命后，孙中山在《实业计划》中首次提出了南京港岸线的大规模整治计划，其中一项措施就是将下关削去，使长江从狮子山下流过，以减缓江水流速和水土流失；可惜该计划仍然只停留在纸上。
1947年，“下关惨剧”发生后，南京市政府工务局抛下了1万立方米的石块作为应急措施，又邀请了茅以升等专家一同勘察、设计治理办法。在勘察后，专家们提出先施行紧急办法，从947年5月开始，在险要的江岸处打桩两排共456根，并在桩间铺设宽6米的蛇笼，使岸边的马路得以恢复通车。12月，交通部、水利部和南京市政府订立了江岸整治计划，并于翌年6月至9月间完成施工，共护岸442米，使用石料1640立方米。
南京港一共有13个港区，其中南岸8个，北岸5个。
1899年3月31日，安格联根据总税务司赫德的命令来到南京；在与两江总督刘坤一商谈后，他于5月1日宣布金陵关开关，南京正式开埠。彼时的金陵关下设大胜关、划子口、浦口和下关四个关口。
1937年12月13日，日军侵占南京后，金陵关闭关。1945年，抗日战争胜利，金陵关于9月重新设立。1950年2月25日，金陵关被撤销。
1952年7月，南京港务管理局成立，隶属长江航运管理局领导。2001年中国港口管理权限下放地方，南京港务管理局联合南京长江油运公司、中国南京外轮代理公司等企业成立南京港口集团公司，2017年与连云港、苏州、南通、镇江等港口公司整合成立江苏省港口集团。
2016年，南京港货物吞吐量2.28亿吨，其中长江港口完成2.20亿吨，集装箱吞吐量308万标准箱（20英尺），40英尺箱吞吐63万箱。水路货运量1.38亿吨，水路货物周转量2,185亿吨公里，铁水联运1,149万吨。煤炭、石油制品、金属矿石、集装箱、钢铁、化工原料占总吞吐量的86.6%:100-101。全年进出口货运量2,166万吨，94万标准箱。
