万年县，台湾明郑时期两个县级行政区之一，郑经统治之时将县改制为散州。台湾为清朝统治之后，原万年县辖区被分为台湾府底下的台湾县与凤山县。而对于万年县治的所在地，历来有台南市仁德区二行里、高雄市左营区、高雄市湖内区太爷里三说，而台南县政府依据2004年4月30日举办的“明郑时期万年县治考证座谈会”与2007年8月22日的“万年县治座谈会”，于2008年12月14日在台南县仁德乡二行村（今台南市仁德区二行里）的清王宫前方公园立“古万年县治纪念碑”。
1661年（明永历15年）4月，南明延平郡王郑成功渡台，攻击荷兰东印度公司，在攻下“普罗民遮城”（Provintia，亦称省城、赤崁楼）之后，于5月29日将赤嵌地方改名为东都明京，并设立承天府，下辖天兴县、万年县二县:13。
万年县县治目前仍有争议，较多学者同意位于二赞村（今台南市仁德区二行里），由祝敬为首任知县。但也有位于兴隆里（今高雄市左营区）的说法，高雄市政府亦在左营成立“万年县公园”，甚至每年举办“万年季”活动。
1664年，明郑王朝继承者郑经放弃福建部分领土，废东都名称而改为东宁，承天府所属两县升格为州，并增添澎湖、南路与北路三个安抚司。万年县因此而改称万年州，并设有南路安抚司。
1683年，清朝将领施琅攻下台湾，废除明郑的行政区编制。1684年，清廷设台湾府，隶属福建省，下辖诸罗县、台湾县、凤山县三县，原万年县辖区被分为台湾县与凤山县。
万年县底下有十一个里，分布在今台南市与高雄市，十一个里分别是：文贤里、仁和里、永宁里、新昌里、仁德里、依仁里、崇德里、长治里、维新里、嘉祥里、仁寿里。
台湾为清朝统治之后，文贤、仁和、仁德、崇德四里划归台湾县，余七里划归凤山县，不过文贤里在雍正九年（1731年）调整行政区划后改隶于凤山县。
万年县县治所在地历来认为是在“二赞行”或“兴隆里”（高雄左营），而“二赞行”之说又分为认为是今天高雄市湖内区太爷里与台南市仁德区二行里二说，其简述如下：
2004年4月30日举办的“明郑时期万年县治考证座谈会”与2007年8月22日的“万年县治座谈会”上，认为“二赞行说”有清朝文献支持，较为可信。此外学者戴文锋认为明郑四坊二十四里内未有兴隆里，兴隆里所辖区域位于四坊二十四里的辖域外，已是明郑势力边陲，且凤山县知县直到宋永清于康熙四十三年（1704年）建衙署后才从台湾府城搬到正式的县治兴隆庄办公，兴隆里一带为万年县治的可能性因而降低，此外并认为连横与伊能嘉矩可能是因为误以为清朝凤山县即是明郑万年县（州），仅更换名称，所以便以为凤山县治是沿续万年县治而来。而后台南县政府即依据座谈会结果，于2008年12月14日在台南县仁德乡二行村（今台南市仁德区二行里）的清王宫前方公园立“古万年县治纪念碑”。
