行政院农业委员会水土保持局南投分局位于台湾南投县南投市，为行政院农业委员会水土保持局负责台湾中部彰化县、南投县、云林县、嘉义县及嘉义市等五个县市土砂灾害防治、农村再生、山坡地监督与管理、土石流警戒发布等业务的地方分支单位。
1961年4月11日台湾省政府农林厅辖下成立山地农牧局，专责山坡地保育利用工作，辖下于台湾各地设有七个工作处与东台水土保持推行小组。其中第一工作处与第五工作处分别成立于彰化县员林镇（今员林市）与南投县集集镇。
1974年因应组织精简与员额调整，山地农牧局第一及第五工作处合并为第三工作处，行政中心搬迁至南投县南投市。1989年山地农牧局改制为水土保持局，强化山坡地保育及管理的业务，位于南投县的第三工作处也因此改制为水土保持局第三工程所。
1999年因应台湾省政府精省，农林厅之下多个行政组织改隶属行政院农业委员会，水土保持局一并改隶之，2008年农委会水土保持局辖下各地工程所改制为分局，第三工程所改制南投分局，负责台湾中部地区五个县市的土砂灾害防治与管理作业，总管辖面积约8,435平方公里。
1999年9月21日南投发生里氏震级7.3大地震，造成台湾中北部多处严重灾情，其中云林县古坑乡，华山溪上游边坡受地震影响严重崩塌，土石大量堆积于山谷河道中。
2000年6月25日豪雨诱发已列入云林县土石流潜势溪流第003号的华山溪土石流，近6万立方米土砂向华山社区冲下，威胁沿岸15户居民安全，并有50户居民之交通受阻。灾后水保局南投分局除了疏濬溪流、设置梳子坝之外，以利用梳子坝独特的造型外观，设置解说牌以增加民众对土砂灾害防治之观念，并借此以古坑乡华山社区进行农村再生业务，利用古坑乡历史建筑“永光派出所宿舍”为故事场景，企画监制《第一杯咖啡》微电影，吸引国内外咖啡市场，推动设置古坑华山咖啡专区吸引年轻人返乡。
