1981年5月13日，教宗圣若望保禄二世在进入梵蒂冈城的圣伯多禄广场时被莫梅特·阿里·阿加开枪击伤。教宗当时身中两枪，并严重失血。凶手立即被捕，后来被意大利法院判处终身监禁。教宗后来原谅了阿加，应教宗的请求，时任意大利总统卡洛·阿泽利奥·钱皮赦免了阿加，并于2000年6月将他驱逐回土耳其。后来，阿加于2007年皈依了罗马天主教。
1979年，《纽约时报》的报道称阿加为“一名自称为凶手的伊斯坦布尔报社记者”（土耳其国民报（英语：Milliyet）的编辑阿卜迪·伊佩克西（英语：Abdi İpekçi）），他曾将教宗描述为“十字军东征的幕后首领”,并威胁说如果教宗不取消计划于1979年11月下旬进行的对土耳其的访问，他将枪击教宗。 该报还于1979年11月28日报道，这次刺杀是为了报复当时仍在进行的麦加禁寺围困事件。该事件始于11月20日，他将该事件归咎于美国或以色列。
从1980年8月开始，也许是为了隐藏他保加利亚索非亚的原籍地，阿加更换护照和身份，化名 Vilperi 开始穿梭于地中海地区。他于1981年5月10日从米兰乘火车进入罗马。根据阿加后来的证词，他在罗马会见了三名同伙，一名是土耳其人，两名是保加利亚人，而该行动由保加利亚驻意大利武官 Zilo Vassilev 指挥。他说，这项任务是保加利亚的土耳其黑手党 Bekir Çelenk 委派的。据阿加说，计划是他和后备枪手 Oral Çelik 在圣彼得广场向教宗开火，并在小型爆炸产生的恐慌的掩护下逃往保加利亚大使馆。
5月13日事件当天，阿加先是坐在广场上写明信片，等待教宗的到来。当教宗穿过一群支持者时，阿加在 17:17 用一把发射9×19毫米鲁格弹的勃朗宁大威力半自动手枪开了四枪，将他打成重伤。当人群还在震惊时，阿加逃离了现场，并将手枪扔到了卡车下面处理掉，但被梵蒂冈警卫队负责人卡米洛·奇宾（英语：Camillo Cibin）、一名修女和几名观众抓住，他们阻止他开枪和逃跑，阿加随即被捕。一共有两颗子弹击中了若望保禄二世：一枪击中了他的躯干，险些击中重要器官，第二枪击中了他的左手食指。同时也有两名观众受伤：来自水牛城的 Ann Odre 胸部中弹，另一位 Rose Hall 手臂受轻伤。教宗被立即送往医院，而有关当局则在现场搜查证据。Çelik 惊慌失措，没有引爆炸弹或开火，就逃走了。
阿加于1981年7月因刺杀未遂被判处终身监禁，但在2000年6月应教宗的请求，阿加被时任意大利总统卡洛·阿泽利奥·钱皮赦免。随后他被引渡到土耳其，在那里他因1979年谋杀左翼记者Abdi İpekçi（英语：Abdi İpekçi）和在1970年代进行的两次银行袭击而被监禁。虽然他在2004年11月请求提前释放，但土耳其法院宣布他要到2010年才有资格获释。尽管如此，他还是在2006年1月12日获得假释。然而，2006年1月20日，土耳其最高法院裁定，他在意大利服刑的时间不能抵扣他在土耳其的刑期，他又被送回监狱。在入狱近29年后，阿加最终于2010年1月18日出狱。
枪击事件发生后，教宗若望保禄二世要求人们“为我的兄弟阿加祈祷......我真诚地原谅了他。” 1983 年，教宗在关押阿加的罗马瑞比比亚监狱（英语：Rebibbia Prison）与他会面并私下交谈。据报道，阿加在访问结束时亲吻了教宗的戒指；也有些人误以为教宗听取了阿加的忏悔。多年来，教宗也与阿加的家人保持联系，1987年与他的母亲会面，十年后与他的兄弟 Muezzin Ağca 会面。
尽管阿加被引述说“对我来说（教宗）是一切资本主义的化身”，并试图谋杀他，但阿加与教宗还是建立了友谊。在2005年2月上旬教宗生病期间，阿加致信教宗祝他一切顺利。
关于阿加的刺杀行为存在多种理论。其中一个理论最初在美国媒体上大肆宣传，自1980年代初期以来被美国历史学家Michael Ledeen（英语：Michael Ledeen）和作家、记者Claire Sterling（英语：Claire Sterling）等人大力提倡，认为刺杀企图起源于莫斯科，克格勃指示保加利亚国家安全委员会（英语：Committee_for_State_Security_(Bulgaria)）和史塔西执行此任务。 据称，克格勃指示保加利亚特勤局刺杀教宗，因为他支持波兰的团结工会活动，将教宗视为对苏联东欧霸权最大的威胁之一。 而诺姆·乔姆斯基和爱德华·赫尔曼（英语：Edward S. Herman）则相反，在他们的《制造共识︰大众传播的政治经济学》（1988年）一书中将此称为“虚假信息新闻”的传播，因为他们认为没有证据支持这一说法。而《英国独立报》的 Wolfgang Achtner 称其为“最成功最被广为人知的虚假新闻之一”。
阿加本人则在不同时间就刺杀事件发表了多次相互矛盾的陈述。律师 Antonio Marini 表示：“阿加操纵了我们所有人，说了数百个谎言，不断更改版本，迫使我们展开数十项不同的调查。” 最初，阿加自称是马克思主义解放巴勒斯坦人民阵线(PFLP)的成员，但他们否认与阿加有任何关联。
在刺杀未遂之后，阿加在被拘留期间声称，在行动之前，他曾多次前往保加利亚索非亚，他声称在那里与一名在罗马的保加利亚特工有过接触，该特工的掩护是保加利亚国家航空公司办公室。事件发生后不久，根据阿加的证词，在罗马为巴尔干航空公司工作的保加利亚人Sergei Antonov（英语：Sergei Antonov）被捕，并被指控为策划阴谋的保加利亚特工。 1986年，经过三年的审讯，他被宣布无罪。
根据中央情报局驻土耳其总长Paul B. Henze（英语：Paul B. Henze）的说法，阿加后来表示，在索非亚，保加利亚特勤局和土耳其黑手党曾与他有过接触，他们愿意出价300万德国马克刺杀教宗。一些作家，包括 Edward S. Herman，他与 Frank Brodhead 合著了《保加利亚联系的兴衰》（1986 年），还有Michael Parenti（英语：Michael Parenti），都认为阿加的故事是可疑的，因为阿加在被单独监禁并接受意大利军事情报局 (SISMI) 特工的探视前，没有声称保加利亚参与其中。1991年9月25日，中央情报局前分析师 Melvin A. Goodman（现为国际政策中心（英语：Center for International Policy）高级研究员）声称他的同事们奉命伪造了他们的分析以支持指控。他向美国参议院情报委员会阐述，“中央情报局没有任何证据”证明这一所谓的“与保加利亚的联系”。
法院主席Severino Santiapichi（英语：Severino Santiapichi）和法官 Franco Ionta 的调查都没有发现 SISMI 栽赃阿加故事的证据。一位撰写了指责西方情报机构刺杀企图书籍的法国律师 Christian Roulette 在法庭上作证说，他提到的文件证据实际上并不存在。
法国外交世界报（英语：Le Monde diplomatique）称，土耳其极端民族主义组织"灰狼组织"的领导人Abdullah Çatlı（英语：Abdullah Çatlı）组织了这次刺杀计划，“以为灰狼组织换取300万德国马克”。在罗马，Catli 于1985年向法官宣称，“德国联邦情报局曾与他联系，如果他将俄罗斯和保加利亚情报机构牵涉到刺杀教宗的企图中，该机构会答应给他一笔可观的金钱”。根据灰狼组织的创始人阿尔帕尔斯兰·蒂尔凯什上校的说法，“Catli 在为国家谋福利的秘密服务框架内进行合作”。
据意大利报纸《晚邮报》报道，在前东德情报部门史塔西找到的文件证实，1981年针对教宗若望保禄二世的刺杀行动是苏联克格勃下令的，并指派保加利亚和东德特工，由史塔西来协调行动并在事后掩盖痕迹。然而，前史塔西间谍大师、侦察总局局长马库斯·沃尔夫否认对此有任何联系，并声称这些文件已于1995年发送。
2006年3月，在即将举行的全国选举中，由西尔维奥·贝卢斯科尼成立并由意大利力量党参议员保罗·古扎蒂（英语：Paolo Guzzanti）领导的备受争议的米特罗金委员会再次支持保加利亚的理论，尽管该理论曾被若望保禄二世本人在访问保加利亚期间予以谴责。参议员古扎蒂声称“前苏联领导人是刺杀事件的幕后黑手”，声称“苏联领导人主动提出了消灭教宗若望保禄二世的提议”，因为他支持波兰团结工会，“将这一决定传达给军方特勤部门（而不是克格勃）”。该报告的说法是基于最近的计算机照片分析，认为枪击事件时安东诺夫有出现在圣伯多禄广场，以及法国反恐法官Jean-Louis Bruguière（英语：Jean-Louis Bruguière）提供的信息。但Bruguière是一位有争议的人物，在此之前最近的举动是控告卢旺达总统保罗·卡加梅为了夺取权力而故意挑起针对自己种族的1994年卢旺达种族大屠杀。据法国《费加罗报》报道，Bruguière 与莫斯科和华盛顿（包括情报人员）都保持着密切联系，他的许多同事指责他“将国家利益置于法律之上。”
俄罗斯和保加利亚都谴责了这份报告。时任保加利亚外交部发言人Dimiter Tzantchev（英语：Dimiter Tzantchev）说：“对保加利亚来说，这起案件已经因1986年3月在罗马的法院判决而结案”，同时还回顾了教宗在2002年5月访问保加利亚期间的评论。古扎蒂参议员说，在教宗在他的最后一本书《回忆与认同（英语：Memory and Identity）》中写到这件事之后，委员会决定重新打开报告中关于2005年暗杀企图的章节。教宗写道，他确信枪击事件不是阿加发起的，并且“是其他人策划的，也是其他人委托的”。米特罗金委员会还声称，意大利前总理罗马诺·普罗迪是“克格勃在意大利的人”。
2006年12月底，古扎蒂参议员的主要线人之一Mario Scaramella（英语：Mario Scaramella）被捕，并被指控诽谤等罪名。意大利《共和国报》援引负责调查 Scaramella 的罗马检察官 Pietro Salvitti 指出，在 Imam Rapito 案件（英语：Imam Rapito affair）中被起诉的意大利军事情报局局长Nicolò Pollari（英语：Nicolò Pollari），以及在2006年7月因同样原因被捕的二号人物Marco Mancini（英语：Marco Mancini） 以及 Scaramella 都是古扎蒂参议员的线人。根据 Salvitti 的说法，这个“网络”除了针对罗马诺·普罗迪及其工作人员外，还旨在诽谤 Giuseppe Cucchi 将军（意大利情报与安全服务执行委员会 CESIS 现任主任）、负责 Imam Rapito 案件的米兰法官 Armando Spataro 和 Guido Salvini ，以及发现尼日尔铀伪造品（英语：Yellowcake forgery）事件的《共和国报》记者 Carlo Bonini 和 Giuseppe D'Avanzo。调查还显示了 Scaramella 与中央情报局之间的联系，特别是通过现居住在美国的 Filippo Marino，他是 Scaramella 自1990年代以来最亲密的合作伙伴之一，也是 ECPP（英语：Environmental Crime Prevention Program） 的联合创始人。Marino 在接受采访时承认与前中央情报局官员和现役中央情报局官员有关联，其中包括前中央情报局驻米兰站长 Robert Seldon Lady（英语：Robert Seldon Lady） ，检察官 Armando Spataro 指控他参与协调了绑架 Abu Omar 和 Imam Rapito 案件。
2009 年，记者和前陆军情报官员 John Koehler 出版了《梵蒂冈间谍：苏联对抗天主教会的冷战》一书。通过对东德和波兰秘密警察的档案的深入分析，声称这次刺杀是“克格勃支持的”并提供了细节。
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