方从哲（？－1628年），字中涵，直隶大兴县（今北京市）人，锦衣卫籍，祖籍浙江德清县，明朝政治人物，万历癸未进士，仕至内阁首辅。
万历十一年（1583年）登癸未科进士，曾官国子监司业、祭酒，请罢矿税。得罪司礼监秉笔太监田义，放归。万历四十一年（1613年）叶向高举荐方从哲出任礼部右侍郎。同年九月，与吴道南同加礼部尚书、东阁大学士，多次上书言事，万历四十四年（1616年）努尔哈赤号后金国汗，建元天命。方从哲疏请曰：“今缺饷至于数月，诸军饥不得食，寒不得衣。……宜速发内帑数十万，先尽该镇，次及九边，用以抒燃眉之忧。”但神宗不纳。从哲独相七年，虽然不乏上疏力言国事，但往往只着重于名义上的争取，实将顺从皇帝的意思，终庸庸无所匡救。
光宗时，方从哲任内阁首辅，将李可灼带进宫内任鸿胪寺丞，进呈红丸，皇帝吃了一丸之后，直呼“忠臣！忠臣！”下午三时复进一丸，九月一日五更时暴毙，在位仅二十九天。这是明朝著名的红丸案。礼部尚书孙慎行声讨方从哲与李可灼。方从哲为了脱罪，说“李可灼没有罪，给皇帝治病就该赏银。”定调为“进药不效，但亦臣爱君之意”。
泰昌元年（1620年）十一月三、二十日，连续两次上书乞休。熹宗慰留之。十二月二十八日，批准。李可灼发戍边疆。天启年间，徐大化请起从哲，但从哲不出。崇祯元年（1628年）卒。赠太傅，谥文端。
长子方世鸿，荫尚宝司丞。其人不学无术，万历四十六年（1618年）狎妓时涉入妓女坠马事件。被巡城御史薛贞弹劾。从哲上疏请辞，得到神宗慰留。
