吴肇毅(1965年4月22日-),中国广东云浮人,围棋职业九段棋手。他11岁学棋,13岁进体校,1982年定为三段,1996年5月升为九段。他曾获1993年第4届棋王战本赛亚军,1995年第3届永大杯冠军,全国国手邀请赛冠军,1997年第7届宝胜电缆杯(日语:宝勝電纜杯囲棋戦)冠军。1997年在大连创办吴肇毅围棋俱乐部,1999年与郑弘、汪见虹合作创办三九段围棋道场,后独立创办吴肇毅围棋道场,培养出时越、柁嘉熹、檀啸等多位围棋世界冠军。2010年起在广东东湖棋院担任教练。
1987年新秀菊花杯冠军。1989年牟铜杯邀请赛冠军。1991年,进入第4届中国围棋名人战循环圈,获得第4名得以留在循环圈;1992年,进入第5届名人战循环圈;1993年,进入第6届名人战循环圈。1994年全国围棋个人赛男子组第四名。1995年全国围棋个人赛男子组第五名。
1987年代表中国参加第七届中日围棋擂台赛,负于日本先锋小松英树八段。