吴昆（1552年－1620年），字山甫，别号鹤皋山人。明代歙县澄塘人。
祖父吴元昌、父吴之韬“俱修德而隐者”，叔祖吴正伦、堂叔吴行简皆习医，家藏医书颇多，吴昆“日夕取诸家言遍读之”。吴昆15岁师从余午亭，渐有成，尤精于《素问》，指出王冰注文的多处错谬。后尊师命，游宛陵（今安徽宣城市），后到姑溪（今安徽当涂县）、和阳（今安徽和县）等地，结交天下名医，行迹遍至江浙、荆襄、燕赵等地，“所至声名籍籍，活人无论数计”，送其雅号“参黄子”。卒于泰昌元年（1620年）。著有《医方考》（1584）、《脉语》2卷（1584）、《黄帝内经素问吴注》24卷（1594）、《针方六集》6卷（1618），另《药纂》、《砭考》，已佚。今合辑为《吴昆医学全书》。
