噬菌体治疗是将噬菌体用于治疗致病的细菌感染用于治疗。噬菌体是病毒的一种。噬菌体与细菌细胞接触，并向细胞注入病毒基因。病毒基因将有效取代细菌基因，中止细菌感染。细菌细胞的特性导致细菌无法进行繁殖，而是制造更多噬菌体。噬菌体只对特定细菌的菌株有效。噬菌体治疗的优点包括减少副作用和减少细菌抗药性的风险，缺点则是在一场感染中难以寻找有效的噬菌体处理。
噬菌体经常被拿来与抗生素比较。当细菌带有生物薄膜，并有多糖层覆盖时，抗生素一般无法穿透。噬菌体则容易成功穿透。噬菌体也比抗生素更专门对付细菌。一般而言，噬菌体对寄主生物本身和其他益菌无害，例如肠道菌群，可减少机会性感染。噬菌体治疗有着较高的治疗指数，也就是即使注射高于治疗的剂量，噬菌体治疗仍可有较低副作用。由于噬菌体可在身体内自行复制，因此所需剂量也会较少。
这种特异性有一个缺点：一个噬菌体只在符合特定菌株时才会杀死细菌。故此，通常以混合噬菌体以增加成功机会。另外，有时由康复病人提取的样本带有合适的噬菌体，可以用于治疗其他感染相同菌株的病人
噬菌体治疗现时主要用于无法以传统抗生素治疗的细菌感染，尤其于俄罗斯和格鲁吉亚。波兰弗罗茨瓦夫亦设有一个噬菌体治疗单位，于2005年成立，是欧盟国家唯一的此类中心。现时噬菌体在西方国家成为重新引起临床注意的议题，包括美国。2019年，美国食品药品监督管理局批准了境内首个静脉噬菌体治疗的临床试验。
噬菌体治疗无论在人类药物、牙科、兽医科学和农业都有许多潜在的用途。若噬菌体治疗的目标宿主并非动物，通常使用生物防治（以噬菌体作细菌的生物控制）一词代替。
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