卡尔二世（德语：Karl II， 1540年6月3日－1590年7月10日），哈布斯堡王朝的施蒂里亚、克恩滕和卡尼鄂拉执政（1564年－1590年）。卡尔二世是奥地利大公和神圣罗马皇帝斐迪南一世第三子、神圣罗马皇帝马克西米利安二世及蒂罗尔与大奥地利执政斐迪南二世的弟弟。
斐迪南二世出生于维也纳。1559年及1564年至1568年期间，在父亲斐迪南一世安排下卡尔二世与英格兰和爱尔兰女王伊丽莎白一世谈婚论嫁。斐迪南一世希望伊丽莎白一世答应如果两人没有后嗣，查理二世可于伊丽莎白一世死后得以继承王位。当伊丽莎白一世考虑了她的性格及两国的宗教障碍，她宣布不会与查理二世结婚。1563年，查理二世亦曾向苏格兰女王玛丽一世求婚，而女王的舅父洛林主教查理建议玛丽考虑查理二世的求婚以得到奥地利的帮助统治苏格兰，但是玛丽仍然拒绝查理二世及其兄长马克西米利安二世的求婚。
查理二世与其兄马克西米利安二世的宗教观念背道而驰，他是一位虔诚的天主教徒，他提倡反宗教改革，例如邀请耶稣会的成员到他的领地。但是于1572年，查理二世亦在格拉茨及于1578年在布鲁克向内奥地利议会作出重大的让步，最后演变成对基督教的容忍。
由于内奥地利需要负责对抗土耳其大军的侵略，他们于1579年在克罗地亚建立卡尔洛瓦茨城堡，以查理二世的名字命名。查理二世亦因对艺术及科学的帮助而受人纪念，其中作曲家奥兰多·德·拉絮斯及音乐理论家洛多维科·扎科尼都是他的门客。
1580年，查理二世将安达卢西亚的马带到斯洛文尼亚的利皮查以培养出新种的利比扎马。1585年，查理二世创立了以他命名的卡尔·弗朗岑斯大学。
1590年，查理二世于格拉茨逝世。由其长子斐迪南继承爵位，斐迪南就是日后的神圣罗马帝国皇帝斐迪南二世（即奥地利大公斐迪南三世）。1619年奥地利全部领地在斐迪南三世的治下统一。
1571年，卡尔二世与巴伐利亚公爵阿尔布雷希特五世的女儿玛丽亚·安娜（英语：Maria Anna of Bavaria (born 1551)）结婚，两人共有5子9女：
