果阿宗教裁判所，是葡萄牙天主教会在葡属印度殖民地果阿设置的宗教裁判所。
它成立于1560年，在1774年至1778年短暂地取缔，并最终于1812年废除。由1561年至在1774年临时取消期间，有16202人在宗教裁判所受审。在这个数字中，已知有57人被判处死刑并执行;另外64幅肖像被烧毁，其他人受到较轻的惩罚或被命令忏悔，但也有许多人被审判后命运不明。
审判的对象是新天主教徒:刚从印度教、犹太教和穆斯林改宗的天主教徒及其他基督教教派信徒。果阿的宗教裁判所将注意力集中在印度教徒和穆斯林，他们虽然已改教但被怀疑暗中保持原来信仰。
虽然它表面上的目的是为了维护信仰天主教，但也是葡萄牙人控制当地社会一种方式，因其中一惩罚是没收财产。
大多数果阿宗教裁判所裁判记录在1812年裁判所被废除后销毁，因此不可能知道这些受审者的确切数目和他们被规定的处罚。
Goa Inquisition was most merciless and cruel". Rediff. 14 September 2005. Retrieved 14 April 2009.
