同尾酶（英语：Isocaudomers）是指一组识别序列不同，但切出的粘性末端相同的限制性内切酶。比如限制酶 Mbo I 和 BamH I 就是一对同尾酶：
Mbo I N*GATC N N CTAG*NBamH I G*GATC C C CTAG*G
N 代表任意四种核苷酸，表示 Mbo I 酶的切割不依赖于此处的碱基。在切割后，两种酶都生成了相同的四个碱基长度的粘性末端 - GATC。这使得两个DNA片段可以在退火的时候配对起来，再由DNA连接酶连接起来，可以通过这一方法消去DNA序列中的限制性位点（英语：Restriction site），如下面的例子：
Not I Bsp120 I G*GGCC C C CCGG*G
在这个例子中，两种酶都生成了四个碱基长度的粘性末端 - CCGG，可以相互配对。在经过连接酶连接之后，会形成如下结果的DNA序列：
GGCCC G
此时该段序列既无法被 Not I 识别，也无法被 Bsp120 I 识别，此处的限制性位点就被消去了。
同尾酶的其它例子：
