汤森路透（英语：Thomson Reuters）在2009年8月首次推出了全球科学研究机构的论文引用排名。该排名以1999年至2009年之间全球科研机构在这10年中发表学术论文的总引用次数作为排名依据。
排名对象为全球范围内的研究机构，包括各国大学和研究所。排名依据为各研究机构在1999年至2009年之间发表学术论文的总引用次数。具体依据时间段为：1999年1月1日至2009年4月30日。论文应在汤森路透社所搜集涵盖的各大学术期刊上发表。科技领域涵盖共多达22种。
论文及其引用所涵盖的领域共计有22种之多。下列是领域列表，包括英文原文（按英文字母顺序排序）和中文翻译：
排行结果：划定世界前20名为顶尖科研院所，共有14所来自美国的大学位列榜中，随后是英国的3所大学。加拿大、日本、德国各有一所入榜。美国大学在北美洲占有绝对统治地位（美洲15所中的14所），在世界上也占70%（20所中的14所）的绝对多数。英国大学在欧盟中占有绝对多数（欧洲4所中的3所）。东京大学是亚洲唯一进入前20的大学。
其中美国的哈佛大学为美国和北美洲的引文桂冠。欧洲的引文桂冠研究所是德国的马普学会（MPI），欧洲的引文桂冠大学是英国的伦敦大学学院（UCL）。加拿大的引文桂冠是多伦多大学。日本及亚洲的引文桂冠是东京大学。
前20的顶尖科研机构是：
