（知识分子）寡头政治领导的菲律宾。当地的首领、地主和商人是控制当地政治的。当 、和农民联合对抗并吞时战争最猛烈。为游击队提供人力的农民，与他们的领袖、他们村庄的有不同的利益。与种族和地理的分裂相结合，联合是一项使人畏缩的任务。阿基诺和他的将军们的挑战是维持统一的菲律宾公众的反对派；这是革命者们战略上的重心。
菲律宾运作的重心是在战场维持100,000非正规军的能力。菲律宾的弗朗西斯科·马卡布洛斯将军把菲律宾的战争目标描述为“并非击败美国军队，而是造成他们持续的损失。”他们寻求首先使用传统战术和增加美国的人员伤亡来促使麦金莱在1900年总统选举中的失败。他们的希望是公开承认自己是反帝国主义者的威廉·詹宁斯·布莱恩作为总统将会从菲律宾撤军。他们以更好适应拖延斗争的游击战术来追求这个短期目标。尽管这一目标在短期内鼓舞了革命者，麦金莱的胜利使他们士气低落并且使许多决心不稳的菲律宾人确信美国将不会很快离开。
在1899年的大部分时间里，革命领导人在战略上已经把游击战视为苟延残喘的最后法宝，而不是当作扭转不利战况的有效方法。1900年11月13日，埃米利奥·阿贵依奥尔多发出命令，之后游击战成为了主要战略。这使得菲律宾群岛上的所有美占区的统治在接下来几年中变得更加艰难。事实上，仅仅在游击战发动的前四个月中，美军已接近500伤亡。菲律宾军方展开了血腥的偷袭突击，如在佩耶（英语：Battle of Paye）、卡图比、马卡罕布斯山（英语：Battle of Makahambus Hill）、普朗卢帕（英语：Battle of Pulang Lupa）、巴朗吉戛（英语：Balangiga massacre）及马比塔克（英语：Battle of Mabitac）等游击胜利。起初，甚至看起来菲律宾人将使击败美军迫使他们撤退。就连麦金利总统在开始阶段也曾一度这么认为。
游击战的转变促生了美军的“整体战”学说。平民得到身份认证后被强迫在官方规定日期前进入集中营，在那之后，所有没有身份证明于集中营之外被看见的人将被立即射杀。成百上千的平民由于很差的环境死于集中营内。但是这也加快了战争的结束。
常规作战期间菲军在美军面前继续遭受失败，迫使阿贵依奥尔多不断更换作战基地，他所做的几乎在整个战争期间持续。
1901年3月23日，在支持美国一方的一个名叫马卡贝贝（Macabebe）的菲律宾侦察兵帮助下，弗列德瑞克·冯斯顿（英语：Frederick Funston）将军和他的军队占领了伊莎贝拉省的帕拉南，侦察兵身着菲军的制服，美军佯装作他的俘虏。当冯斯顿一行一进入阿吉纳尔多的军营，他们马上进攻守卫，很快地压制了疲惫的对手。
1901年4月1日，在马尼拉的马拉坎南宫，阿吉纳尔多发誓接受美国当局并保证效忠美国政府。4月19日，他向美国签署了正式投降宣言，让他的追随者们放下武器放弃抵抗。“让血河的流动停止，让泪水和忧伤终结，”阿吉纳尔多说道，“战争持续的教训和我最近才意识到的重要性，使我确信战争的完结与和平的维持不仅是人们所渴望的更是菲律宾人民的本质需求。”
阿吉纳尔多的被俘给予了菲律宾人强烈打击，但程度未及美军所希望的那样。米盖尔·马尔瓦尔将军接管了菲政府的领导权，或者说是剩下部分的权力。起初他采取防御立场对抗美军，但是之后在八打雁地区对美军占领城镇发动了全面攻势。萨马岛的文森特·路克班（Vincente Lukban）将军，以及其他军官，都在各自地区继续战斗。
作为回击，富兰克林·贝尔（英语：J. Franklin Bell）将军也采取战术反击马尔瓦尔的游击战术。强迫平民住进集中营，对他们使用水刑来审讯，协同他的焦土战略，一并对菲律宾革命分子予以重创。
贝尔也无情地追踪者马尔瓦尔和他的部下，击溃对手，打压斗志，逼迫菲律宾士兵投降。最终，在1902年4月13日，马尔瓦尔和他的手下官员以及家人一起投降了。在4月末，接近3,000个马尔瓦尔的部下也随之投降。随着马尔瓦尔的投降，菲军战力开始更进一步地被削弱。
1902年7月1日，菲律宾组织法案（英语：Philippine Organic Act (1902)）批准了麦金利先前建立菲律宾委员会的行政命令，规定立法机构将由选举出的下议院（菲律宾国会）以及上议院组成建立。这个法令也为美国人权法案的延伸提供了基础。
7月2日，由于抵抗美国的暴动的结束和地方政府的建立，美国战争部长发电说明结束军事主管办事处。7月4日，西奥多·罗斯福（于1901年9月5日麦金利总统遇刺当上总统）对曾在菲律宾群岛上参与冲突的所有人宣布赦免罪责。
历史学家康斯坦丁诺声明由于卡蒂普南和其他不可调解反抗势力的残余，继续同美国军队和菲律宾警察作战负隅顽抗，非官方层面的战争仍将持续接近十年。但是在战争的末期，总督塔夫脱更愿意依靠菲律宾警察而不是美军的军事介入。事实上，他也因此被谴责。
1903年9月25日，在比科尔岛——马尔瓦尔投降的地方，来自阿尔拜省奎诺巴坦（英语：Guinobatan, Albay）的塞梅翁·欧拉（英语：Simeon Ola）投降了，他是记载下的最后一个投降的菲军将军。1902年一个卡蒂普南的老兵马卡里奥·萨凯（英语：Macario Sakay）在吕宋岛南部创立了另一个塔加拉共和国（英语：Tagalog Republic），名字叫卡塔加卢冈（Katagalugan）。1906年随着萨凯和他的追随者被美国当局当作盗贼捕获并在接受赦免之后，这个共和国便终结了。
准宗教武装团体在各省抗击着美军。这些团体包括普拉汉（英语：Pulahan）信徒，因为他们的红色服装而被这样称呼；以及柯罗卢姆（colorum）和上帝上帝（Dios-Dios）。他们大部分由农民和其他穷苦人民组成，被救世主似的领导者如迪欧尼西欧·昔桂拉（Dionisio Seguela，即伊西欧教宗（英语：Papa Isio））率领，揉合了罗马天主教和民间信仰。举个例子，他们相信被称为阿吉梅特（agimat）或安汀-安汀（anting-anting）的护身符，可使他们刀枪不入。这些运动被美国政府当作盗贼、狂热分子之类去镇压。最后的这类团体也在1913年之前被击败或者投降了。
在和阿吉纳尔多爆发战争时，美国政府与苏禄苏丹国签下了在摩洛人领土避免战争的和平条约。然而，在北部的抵抗大为减弱后，美国开始在摩洛族领土开辟殖民地，这激起了摩洛叛乱。1904年4月4日，从塔拉卡战役（英语：Battle of Taraca）开始，美军对达图安普安那古斯（Datu Ampuanagus）开战，他在损失了200名部下后投降。在那之后许多战役被打响，这一直持续到1913年6月15日。在这场冲突中，达约山和巴格萨克山战役是最著名的，因为造成妇女和儿童死伤。
一些美国人，尤其是威廉·詹宁斯·布莱恩、马克·吐温、安德鲁·卡耐基、欧内斯特·克罗斯比，和其他的美国反帝国主义联盟的成员，强烈反对吞并菲律宾。反帝国主义者宣称美国已经变成一个新的殖民势力，取代西班牙成为在菲律宾的殖民势力。其他反帝国主义人士出于种族原因反对兼并。这些人中，南卡罗来纳州的本杰明·提尔曼参议员害怕兼并菲律宾将导致大量非白种人涌入美国本土。随着镇压菲律宾人民的暴行传入美国，人们也开始不再支持战争了。
马克·吐温通过自己在传媒界的影响力极好地反对了战争。他说因为不让菲律宾人民选择自己的命运，战争违背了美国民主的理念。
“这是菲律宾的情况。我已经尽力了，然而我一生都无法理解我们怎么陷入那个麻烦之中。也许我们不能回避——可能我们同当地岛民战斗是不可避免的——但是我不能理解，也从未能找到我们与他们敌对的根源。我认为我们应该充当他们的保护人，而不是把他们踩在脚下。我们本打算将他们从西班牙暴政中解救出来使其建立自己的政府，我们本打算支持他们使其获得公平审判。那不是一个我们按照我们的意志行动的政府，而是一个代表大多数菲律宾人民的政府，一个遵从菲律宾人民意志的政府。对于美国来说那本将是个有价值的使命。可是现在——为什么，我们陷入了麻烦，陷入了每走一步都将更加难以抽身而出的沼泽。我确信自己希望的是看到我们正在摆脱它，作为国家民族层面这对我们很重要。”
在一段被吐温的首位传记编辑托马斯·本杰罗·潘恩删去的文章里，吐温称美国军队为“穿着制服的杀手”，并把他们在菲律宾群岛杀戮 “600个无助且没有武器的野蛮人”描述为“仅仅是舒适地坐着，在人群中烧毁黄金法则，想象着自己寄给家人们的信，不断积累自己的荣誉的漫长而快乐的野餐”。
阿吉纳尔多的一些同僚甚至在战争前就支持美国。阿吉纳尔多的总理，1897与西班牙休战协议的拟定者佩德罗·帕特诺，1898年时主张菲律宾并入美国。其他亲美的是重要国会成员崔尼戴德·帕多·迪·塔维拉（Trinidad Pardo de Tavera）和本尼多·列加达（Benito Legarda）；阿吉纳尔多的司法大臣葛列哥里欧·阿拉聂塔（Gregorio Araneta），外事大臣菲利浦·布恩卡密诺（Felipe Buencamino）。1902年布恩卡密诺的发言被记录道：“我是美国人，菲律宾一切的财产、空气、光和太阳，我认为都属于美国。”许多这样的人随后在殖民政府中占据要职。
美国陆军上尉马休·阿灵顿·贝特森（英语：Matthew Arlington Batson）组织了马卡贝贝侦察军（英语：Philippine Scouts）作为本地的武装游击力量来抗击叛乱。
美国方面对乡村的攻击通常包括使整个村庄都被烧毁的焦土策略、水刑的折磨和把村民押送进“保护区”。1901年11月，费城公众记事报（英语：Public Ledger (Philadelphia)）的马尼拉通讯员报道：“这次战争并非不流血，而是一场讽刺的交战；我们的人变得残酷无情，杀害男人、女人、儿童、囚犯、俘虏、叛乱分子以及10岁以上有嫌疑的少年，菲律宾人只比狗好一点点的观念盛行一时……”
菲律宾人的死亡人数始终是个争论议题。1908年，曼纽尔·阿瑞兰诺·雷蒙多（Manuel Arellano Remondo）在《菲律宾群岛普通地理》写道：“在1895年到1900年的五年之间，由于战争因素导致人口锐减。在第一次暴乱开始时，人口估计为9,000,000人，而现在（1908年），群岛上的居民人数不超过8,000,000人。约翰·M·盖兹（John M. Gates）估计至少34,000名菲律宾军人被杀，另外有将近200,000个平民死亡，大部分肇因于霍乱疫情。菲律宾历史学家小圣胡安（英语：E. San Juan, Jr.）则主张有140万菲律宾人在战争中死亡，构成了美国方面的种族灭绝行为。
战争期间，美国士兵会将美军暴行写成信寄回家。在这些信件中有一些是批评欧提斯将军和美军；当这些信到达反帝国主义编辑者手中后，会变为国家级新闻，迫使美国战争部调查真相。其中两封如下：
欧提斯将军对这些信件进行调查，把信件的副本送到作者的长官手中，且让长官命令士兵收回信件。如果士兵拒绝，就会像堪萨斯团的士兵查理斯·布瑞纳（Charles Brenner）一样，受到军事审判。在他的案子中，罪名是“编写、出版的文章中包括关于自己的刻意谎言和对毕绍普（Bishop）上尉的诬告”。这并不是说，所有描述暴行的信件都是在批评欧提斯将军和美国行动。许多人它描述为菲律宾挑衅的结果，因而显得完全有理。
菲律宾村民被迫迁入称为“再集中区”的集中营，周围环绕自由射击区，有如“死亡地带”。此外，这些营地过于拥挤，到处都是疾病，导致死亡率极高。在这些再集中区里条件是非人道的。1902年1月到4月，总共298,000名囚犯中有8,350名死亡。一些营地发生的死亡率高达20％。一个营地范围是两英里乘一英里（3.2公里乘1.6公里），大约是8,000位菲律宾人的家。他们被围捕，然后审问、拷打或处决。
在八打雁省，富兰克林·贝尔将军负责设立集中营，有记者以“狠”形容其运作情形。1901年12月25日，贝尔将军下令八打雁省和内湖省的整个人口聚集到各自的城镇中心的小区域。这些家庭携带他们可以携带的一切，因为遗留下的东西都会被美军烧毁，包括房屋、花园、牛车、家禽和动物。集中营以外的任何人士会被枪杀。贝尔将军坚持说，他修建了这些营地“保护友好的当地人使他们不受叛军的伤害，向他们保证充足的粮食供应”，而且让他们知道什么是“适当的卫生标准”。然而营地的指挥官称他们处在“地狱的郊区”。
美国陆军将军奥的斯说，菲律宾叛乱分子以恶魔般的方式折磨美国战俘。据奥的斯，许多被活埋或把他们的脖子放置在蚁丘上。他说，其他人的生殖器被割，并塞入自己的嘴巴，然后窒息或流血过多而死亡。另据报道，西班牙神父在他们的会众前被可怕的肢解，当地人谁拒绝支持阿吉纳尔多·埃米利奥将被屠宰成一千块。 美国报纸的头条指出“恶魔般的菲律宾人谋杀和抢掠”。“战斗乔”·惠勒（英语：Joseph Wheeler）将军坚持，这是菲律宾人谋杀自己人、谋杀妇女和儿童、烧毁村庄，纯粹为了抹黑美国大兵。
1899年1月，《纽约世界报（英语：New York World）》发表一篇关于一名美国士兵威廉·拉皮尔（William Lapeer）据称被故意感染麻风病（leprosy）的故事。然而，这个故事的真实性已受到质疑，并表示名字拉皮尔本身可能是一个双关语。
被称为暴行的其他事件还有那些美国人认为是文森特·卢克班（Vicente Lukban）将军干的事，他据称是菲律宾的指挥官，在萨马省策划过巴朗吉加大屠杀（英语：Balangiga massacre），菲律宾的一个突袭杀害了近50个美国士兵。媒体报道说，许多尸体被肢解。这次袭击引发了美国在萨马岛的报复，由贾可布·赫德·史密斯（英语：Jacob Hurd Smith）下令攻击。据报道，他下令他的部下杀死十岁以上的每个人。为了自己的荣誉，利特尔顿·沃勒（英语：Littleton Waller）少校撤回了他自己的人。史密斯因为他的命令而受到军法审判，于1902年确定罪行，结束自己在美国军队中的职业生涯。沃勒因为仅仅杀死了11个菲律宾向导而被无罪释放。
哈洛克（Hallock）警长在参议院菲律宾委员会（英语：United States Senate Committee on the Philippines）（小屋委员会）作证时表示，当地人被灌水，“……为了弄到第1连士兵欧赫聂（O'Herne）被谋杀的情报，他不仅被杀，在临死之前还被用火烤以及其他方法进行拷问。”
在菲律宾人方面，有关暴行的信息来自目击者和参与者本身。赵多洛·阿银丝溜（英语：Teodoro Agoncillo）在他的《菲律宾人民史》写道，菲律宾军队可以达到甚至超过美军对一些战俘的暴行。用脚踢、打耳光，并在脸上吐痰是普遍的。在某些情况下，耳朵和鼻子被切掉，把盐涂在伤口。在其他情况下，俘虏被活埋。这些暴行无视阿吉纳尔多的命令，并告知他囚犯受到良好的待遇。
伍斯特叙述如下两个具体的菲律宾军人暴行：
“一支队伍行军穿过雷伊泰岛，发现稍早失踪的美国人被钉在十字架上，垂着头，他的腹壁被仔细切开，使他的肠子能挂在他的脸上。”
“另一位美国囚犯在同一行程中被发现，身体埋在地下，只有他的头部凸出地面。他的嘴已被一根棍子撑开，糖的轨迹进入树林，且留一把塞在他的嘴里。引来了无数的蚂蚁。”
罗马天主教会被解散，相当数量的教会土地被购买和重新分配。土地面积达170,917公顷（422,350英亩），对此教会1903年3月要价$ 12,086,438.11。本次收购是完成于1903年12月22日降价$ 7,239,784.66。土地再分配计划被规定符合至少三部法律：《菲律宾组织法》、《公共土地法》、《弗莱尔土地法》。《公共土地有限采购法》第10条规定：个人购买土地最多16公顷，一个公司或类似协会购买土地最多1,024公顷。土地给可被无地农民租赁，每公顷每年价格范围从50分到一比索50分。《公共土地法》第28条规定的租赁合同可能的最长期限为25年，而且可续租25年。
美国总统麦金利，在他于1898年给菲律宾第一委员会的指示中，下令允许菲律宾语言的使用，与英语一样，以达到教育目的。 美国的管理员，发现当地语言过于庞杂，对于学习和编写教材来说太困难了，最终只用英语的单语系统，而不再考虑其它的菲律宾语言，除了在必须使用它们的象征性陈述中。
1901年，至少五百名教师（365名男性和165女性）从美国乘美国军舰“托马斯”抵达。 名称Thomasite被这些教师采纳，他们坚定地树立教育，以作为美国对菲律宾的主要贡献之一。 给定的任务是阿尔拜，卡坦端内斯，索索贡，北甘马粦，甘马苏尔和马斯巴特。 在首个20个月的居住中这些教师中二十七个死于热带疾病或菲律宾叛军杀害。 尽管艰辛，这些教师坚持教学和建设学习机构，让学生为自己选择的专业或行业作准备。 他们在1901年建立了菲律宾师范学院（现在的菲律宾师范大学）和（PSAT）菲律宾的艺术及贸易学院，重开了菲律宾航海学校，它于1839年在西班牙统治下由马尼拉商务董事会首次成立。 到1904年年底，小学课程大多是美国的管理下，由菲律宾人教的。
流行文化
维克赫尔利的摩洛人历史，“克里斯的斯威什摩洛人的故事”讲述了亚历山大·罗杰斯上校在菲律宾用猪制服摩洛人的故事。赫尔利写道，罗杰斯上校被摩洛斯人称为“猪”，另一本赫尔利书《丛林巡逻队，菲律宾警察的故事》也讲述了猪被用来对付他们的故事。
赫利在1937年为好莱坞电影《真正的荣耀》写了剧本；这部电影于1939年上映。这部小说改编自1937年查尔斯·L·克利福德（Charles L.Clifford）的同名小说，是赫尔利的笔名。电影中有一个场景，加里·库珀（Gary Cooper）饰演比尔·卡纳万（Bill Canavan）博士，将一名被俘虏的穆斯林裹在猪皮上。他宣布，所有被杀害的穆斯林叛军将被埋在猪皮里，以防止他们进入天堂。这部好莱坞电影对美国人起到了宣传的作用，把美国军队描绘成勇敢的当地民众的捍卫者，他们正受到摩洛人的恐吓。
1899年1月20日， 麦金利总统任命菲律宾第一委员会（舒尔曼委员会），一个五人小组，由雅各布舒尔曼博士、康乃尔大学校长领导，来调查海岛条件，并提出建议。次年，他们向总统发出的报告，委员们承认菲律宾独立的要求；然而他们宣称菲律宾还没有准备好。 具体建议包括尽快建立文职政府（当时美国在群岛行政长官都督），其中包括建立一个两院制立法机关，省级、市级自治政府和免费公立小学的新系统。
1900年3月16日，菲律宾第二委员会（ 塔夫脱委员会 ）由麦金利任命，由威廉霍华德塔夫脱领导，被授予立法权力和有限行政权力。它在1900年9月和1902年8月，发布了499条法律。司法系统被成立，包括最高法院，并拟定了一个合法的法典，以取代西班牙条例。行政事务被组织起来了。1901年市政法典提供了民选总统，副总统和议员，担任市政议会。市政委员会成员，负责收税，维护市政利益，并进行必要的建设项目；他们还选举省长。1901年七月菲律宾警察组织为一个群岛范围内的警察部队，控制和处理叛乱运动的残余土匪。1901年7月4日军事统治终止后，菲律宾警察逐步从美国部队手里接起镇压游击队和土匪活动的责任。
从一开始，美国总统和他们在海岛的代表把他们的殖民行为解释为指导行为：为菲律宾最终独立做准备。除小组“retentionists”，问题不是菲律宾是否将被授予自治，而是何时以及在什么条件下。因此，在岛屿的政治发展是迅速的，而且在完全没有西班牙代表机构的影响下，尤其显著。 菲律宾1902年7月的《组织法》规定，为了实现和平安定，立法机关应该成立，且包含民选的议会构成的下议院和美国总统任命的上议院。
美国国会于1916年通过《琼斯法令》，作为在菲律宾新的组织法，承诺最终独立，并建立了民选的菲律宾参议院。1934年3月24日通过的《Tydings-McDuffie法》（正式菲律宾独立法案；国际公法73-127），为菲律宾自治政府和菲律宾独立提供，使其摆脱了被美国统治的十年期间。二战爆发后，使其在1941年至1945年之间被日本占领。1946年，美国政府和菲律宾共和国之间的《马尼拉条约》（1946年）承认菲律宾共和国独立，并放弃美国在菲律宾群岛的主权。
== 参考文献 ==我
