熊明遇（1579年－1649年），字良孺（一字子良），号坛石山主人，江西南昌进贤北山人（今属江西南昌县泾口乡东湖村）。
万历二十九年（1601年）进士，授长兴知县。万历四十三年（1615年）擢兵科给事中，多所论劾，疏陈时弊，言极危切。万历四十四年（1616年）礼科给事中亓诗教怀疑熊明遇与东林党通，上书弹劾他，建议将其外调。后历任福建佥事、宁夏参议。天启元年（1621年）以尚宝少卿进太仆少卿，不久，擢升南京右佥都御史，天启五年（1625年）被魏忠贤革职，并牵连汪文言案，被贬到贵州平溪卫。崇祯元年（1628年）起复，任兵部右侍郎，次年进为左侍郎，迁南京刑部尚书，崇祯四年（1631年）任兵部尚书，次年清军入关劫掠，巡抚沈棨与中官王坤私自与清军议和，被给事中孙三杰弹劾，明思宗将其解职，不久以兵部尚书衔致仕。致仕多年后又被人推荐起复为南京兵部尚书，改任工部尚书。后因病归家，明亡后隐居不仕。
熊明遇在万历年间已与耶稣会人士庞迪我（Didacus de Pantoja, 1571-1618）、阳玛诺（Emmanuel Diaz, 1574-1659）、毕方济接触，并与徐光启往来。对于西方科学有颇为深入的了解。在福建佥事任内，他曾向方孔炤与方以智父子前展现他所接触的西学。方氏父子与熊明遇曾一同登临游览太姥山并大谈西学，可说是明末清初西学东渐的代表人物之一。其著作《格致草》和《则草》，是两部介绍西学的重要著作，于万历末年刊刻的《则草》是第一本由中国士人完成与出版的西学作品。他又工诗善文，当时颇享盛名。著有《南枢集》、《青玉集》、《格致草》、《绿云楼集》等。乾隆四十三年（1778），《文直行书》与《绿雪楼集》被列入禁毁书。有子熊人霖。
