莫扎法尔王朝（波斯语：مظفریان；英语：Muzaffarids）在14世纪伊儿汗国分裂后成为了伊朗的主要势力。
自阿拉伯帝国统治呼罗珊伊始，莫扎法尔家族已扎根于此地。直到蒙古帝国大举入侵后，他们便逃亡到亚兹德。在伊儿汗国的统治下，谢拉夫丁·莫扎法尔成为了梅博德（Meybod，今伊朗中部）的总督，拔除扰攘当地的强盗团成为了他的重责。
谢拉夫丁的儿子穆巴里兹丁·穆罕默德在伊儿汗国的宫廷里长大，他在伊儿汗国君主完者都逝世后返回梅博德。约1319年，穆巴里兹丁·穆罕默德推翻了亚兹德的阿德贝格（总督），伊儿汗国中央政府承认他为亚兹德的总督，接着他便专注于武力对抗一个蒙古部落，他设法在付出最小代价的情况下度过了那一次的危机。
不赛因逝世后，伊儿汗国对伊朗的管治开始崩坏，穆巴里兹丁·穆罕默德遂继续沿用其对外扩张政策。他在1339年至1340年入侵克尔曼，击败当地的蒙古总督库特布丁。库特布丁得到赫拉特卡尔提德王朝得支持而一度收复克尔曼。到1340年末，穆巴里兹丁最终牢牢控制着克尔曼，巴姆（Bam）在数年后亦被穆巴里兹丁征服。
穆巴里兹丁征服克尔曼后便与近邻的蒙古人的因贾王朝（Injuids）为敌，因贾王朝控制着设拉子和伊斯法罕。虽然两国之间订立了友好协议，但是因贾王朝的统治者阿布·伊沙克为了夺得克尔曼而在1347年开始向莫扎法尔王朝发动漫长的战争。他在围攻亚兹德不果后的形势急转直下，阿布·伊沙克在1353被击败，他逃往设拉子继而投降，接着设法逃往伊斯法罕。穆巴里兹丁追击阿布·伊沙克，攻陷了伊斯法罕，阿布·伊沙克被处死，法尔斯及伊朗西部便落入穆巴里兹丁控制。
消灭了因贾王朝的莫扎法尔王朝成为了伊朗中部最强大的势力，莫扎法尔王朝以设拉子为首都，金帐汗国的札尼别有意向莫扎法尔王朝附首称臣也遭到婉拒。莫扎法尔王朝反而进攻在1357被金帐汗国征服的阿塞拜疆，穆巴里兹丁击败了当地的统治者，占领大不里士。穆巴里兹丁深知他们不能对抗从巴格达前来增援的札剌亦儿王朝军队，于是撤退。莫扎法尔王朝多番尝试夺取大不里士，但札剌亦儿王朝仍能掌控这个城市。
穆巴里兹丁以残酷见称，他在1358年被儿子阿布尔·法瓦里斯·沙阿·舒贾囚禁，莫扎法尔王朝和札剌亦儿王朝暂时和解，穆巴里兹丁在1364年死于狱中。
沙阿·舒贾不像父亲一样是暴君，但他与其他兄弟的持续冲突造成国家长时间处于不稳。1363年，沙阿·舒贾向其中一位兄弟、控制着伊斯法罕的沙阿·马哈茂德起兵进攻。沙阿·马哈茂德在翌年得到札剌亦儿王朝的岳父谢赫·乌畏思的支持，入侵法尔斯，并攻占设拉子。沙阿·舒贾在1366年才重夺设拉子。沙阿·马哈茂德继续对伊朗的政治局势发挥影响力，谢赫·乌畏斯在1374年逝世，沙阿·马哈茂德利用姻亲关系索取大不里士。沙阿·马哈茂德在翌年因病逝世，沙阿·舒贾得以占据伊斯法罕。
沙阿·舒贾随后亲征大不里士，但他的另一名兄弟沙阿·叶海亚在伊斯法罕发动叛乱，在法尔斯局势有变的情况下，他不得不折返。沙阿·舒贾提议由儿子扎因·阿比丁迎娶札剌亦儿王朝统治者侯赛因的姐妹，以结和约。札剌亦儿王朝拒绝了这个提议，并入侵莫扎法尔王朝，沙阿·舒贾竭力将札剌亦儿王朝拒之于苏丹尼耶城外。他在1384年逝世之前指定以儿子扎因·阿比丁为继承人、三弟伊马德丁·艾哈迈德为克尔曼的统治者。沙阿·叶海亚对此感到不满，遂发兵至设拉子，但遭到伊斯法罕居民的驱逐，沙阿·叶海亚逃至亚兹德。沙阿·舒贾在病榻上去信给当时在阿塞拜疆作战的帖木儿，表示儿子们会向他效忠。
扎因·阿比丁继位后旋即抛弃父亲的遗命，帖木儿于是大举入侵莫扎法尔王朝，伊斯法罕的统治者交出了权力，但是城内的叛乱彻底激怒了帖木儿，造成了一场大屠杀。扎因·阿比丁试图逃往札剌亦儿王朝控制的巴格达，因为札剌亦儿王朝是帖木儿的眼中钉，不过他遭遇到沙阿·叶海亚的兄弟沙阿·曼苏尔，沙阿·曼苏尔囚禁了扎因·阿比丁。设拉子很快便被帖木儿控制着，沙阿·曼苏尔、伊马德丁·艾哈迈德及莫扎法尔王朝的其他亲王在来到设拉子宣称向帖木儿效忠，帖木儿恢复了他们的地位，设拉子交由沙阿·叶海亚管治，帖木儿返回河中。
莫扎法尔王朝的家族斗争死灰复燃，沙阿·曼苏尔将沙阿·叶海亚逐出设拉子，沙阿·叶海亚再次逃往亚兹德，沙阿·曼苏尔攻打伊斯法罕未果。同时，扎因·阿比丁逃狱后来到伊斯法罕，他与沙阿·叶海亚、伊马德丁·艾哈迈德组成联盟对抗沙阿·曼苏尔。不过，这个联盟并不稳固，当他们兵至富尔格的时候发现沙阿·叶海亚并没有现身，伊马德丁·艾哈迈德遂火速撤军，他其后在法沙（Fasa）遇上沙阿·曼苏尔，结果兵败被擒，遭到刺瞎和囚禁。沙阿·曼苏尔又找身在克尔曼的沙阿·叶海亚商讨结盟抵抗帖木儿，在遭到冷待后只得返回设拉子。
到处征战的帖木儿在闻讯后决定在1392年讨伐沙阿·曼苏尔。沙阿·曼苏尔争取到萨尔巴达尔·穆卢克为盟友，他让萨尔巴达尔·穆卢克守备卡尚及莫扎法尔王朝北疆。1393年3月，帖木儿兵至苏什塔尔及迪兹富勒，并在当地安插一位统治者，又从牢狱中救出伊马德丁·艾哈迈德。沙阿·曼苏尔先逃至设拉子，再领军抗击帖木儿，沙阿·曼苏尔率领士气低落的军队英勇作战，但却被迫撤退，在撤退至设拉子途中被沙哈鲁所获，并被斩首。莫扎法尔王朝的其他亲王再度向帖木儿称臣，帖木儿礼待他们，其后却将他们全部处死。只有扎因·阿比丁及苏丹·谢卜利（沙阿·舒贾的另一名儿子）免于被清洗，他们被转送至撒马尔罕。
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