T-Coffee (中文直翻:茶与咖啡) (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) (以树形基础的一致性做多重序列比对) 是利用渐进似算法来作多重序列比对的软件 。 它利用两两序列比对所产生的资讯来进行多重序列比对。 在最新的版本 (3D-Coffee) 中，亦可结合结构的资讯来作多重序列比对。 此外，该软件可以评估比对结果的品质及找出在比对中所出现特殊的模板 (Mocca)。 预设比对结果输出的格式为 aln (Clustal), 但也可产生其他 PIR, MSF, FASTA ... 等格式。 常用的输入格式多有支援 (FASTA, PIR)。
T-Coffee 的一个特点是可以结合其他方法或是不同的资讯。 在最新的版本中，T-Coffee 在进行多重序列比对，可以加入结构资讯, RNA 结构资讯。 甚至，可以输入其他序列比对方法或是结构比对方法的结果。 更详细的资讯参见: tclinkdb.txt（页面存档备份，存于互联网档案馆）
在 T-Coffee 中，还有一个相当完备的序列后处理的程式，名为 seq_reformat。 详细资讯参考 t_coffee_technical.htm，或是参见使用说明 t_coffee_tutorial.htm
M-Coffee 是 T-Coffee 中一个特别的方法，它可以结合许多常用的多重序列比对的软件，例如：Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons ... 等。 所产生出来的结果将比个别方法来的好一些，然而更重要的一点是在 M-Coffee 将指出比对结果中各方法所同意的区段出来，各方法所同意的区段通常是可靠的比对结果。
这两种方法可以结合序列与结构资讯在比对当中。其中关于结构比对的部分利用常见方法，如: TMalign, Mustang和 sap。
该方法为利用二级结构的资讯来比对 RNA 序列。
该方法特别针对跨膜蛋白,因此在进行多重序列比对之外,亦针对输入的序列进行膜蛋白二级结构预测 。
