根据联合国人权事务高级专员办事处的定义，双性人在出生时的性别特征“不符合典型的男女身体二元观念”。
双性人自出生起就可能面对着耻辱和歧视，对于双性特征明显的人士而言更是如此。一些国家的双性婴儿会被杀、被遗弃或者被视为家庭的羞辱。在东非，人们甚至会指责涉事母亲可能对其孩子施了巫术，孩子也可能被认为受到诅咒。
像生殖器官模糊的双性婴儿和儿童，可以透过手术或者施用激素来改变性别特征，以令社会更为接受之。但此举具有争议性，因为没有确实证据显示其有着很好的效果，并且这种治疗可能会使人绝育。像精英女运动员般的成年人也受到了这样的影响。联合国、澳大利亚议会、德国和瑞士的生物伦理机构都发声明表示这些是侵犯人权的行为。像第三届双性人士论坛般的双性人组织也发表了联合声明反对这种做法。
很多国家在立法保护双性人方面进展缓慢。克里斯蒂安.沃林（英语：Christiane Völling）在2011年成功阻止了一名医师在未经双性人同意下，为之进行各种介入和程序。2015年，欧洲委员会首次承认双性人拥有不接受性别指定治疗的权利。2015年4月，马耳他成为第一个禁止在未经当事人同意的情况下，为之进行性征整形的国家。
其他人权议题有生存权、保障不受歧视的权利、能够进入法律程序和获得赔偿的权利、资讯获取权、法律上的承认，至今只有少数国家保证双性人受到公平待遇。
众多研究开始形成了一套共识，即双性人是符合生物学的一种现象，而且人权机构也正对双性人的医疗实践和歧视问题进行了大大小小的调查。丹·克里斯蒂安·加塔斯（英语：Dan Christian Ghattas）在2013年首次对双性人进行了国际性试点研究，并以此写成《性别之间的人权（英语：Human Rights between the Sexes）》一著，当中提到双性人在全球受到歧视：
欧洲委员会强调了几个关注领域：
多个组织呼吁承认同性恋者、双性恋者和双性人的权利，但没有解决对双性人儿童所进行的不必要“正常化”待遇。此一情况可称为“粉红装饰”。2016年6月，澳大利亚国际跨性别人士组织（英语：Intersex Human Rights Australia）声称澳大利亚政府的言论相互矛盾，认为其虽承认同性恋和双性人的尊严和权利，但这却与容许对双性儿童所实施的医疗程序相矛盾。
2016年8月，国际阴阳人组织（英语：Zwischengeschlecht）描述了一种类型的粉红装饰——虽在立法上促进平等或民事状况，但却容许残害双性人的生殖器官。该组织曾表示，政府向政府向联合国条约机构提交的声明避重就轻，将双性人、变性人和男女同性恋、双性恋和变性人问题混为一谈，并将伤害婴儿的行为省略过去。
双性别人士从出生起可能就面临着被别人歧视。在一些国家，双性婴儿可能会被杀害遗弃，使家族受到污名，这些行为在非洲和亚洲尤其常见。东非的母亲可能被指对其子女施行巫术，儿童的出生亦可被视为受到诅咒。乌干达、肯尼亚、南亚、中国大陆都有遗弃和杀害双性婴儿的事件。2015年，一名住在肯尼亚的双性青少年穆哈德·伊斯梅尔（Muhadh Ishmael）被肢解身亡。他曾被视为家人的诅咒之源。
根据探讨双性人人权的调查，所有受到检视的国家都进行了未经同意的医疗介入，以改变双性人的性别特征。这种干预措施受到世界卫生组织、人权事务高级专员办事处等联合国机构，以及越来越多的地区和国家机构批评。在低收入和中等收入国家，保健费用可能限制当事人获得必须治疗的机会，同时其他人也会强制他们接受各种各样的医疗介入。
由于人们会侮辱双性的未成年人，和强迫他们接受各种各样的医疗介入，故此他们的某些权利会受到影响：
近年，双性人人权一直是一些国家和国际机构的主题。其中包括2012年的瑞士生物医学伦理国家咨询委员会、2013年探讨酷刑和其他残忍、不人道或有辱人格待遇的联合国特别报告员（英语：United Nations special rapporteur）、2013年的澳大利亚参议院。2015年，欧洲委员会、联合国人权事务高级专员办事处和世界卫生组织也探讨了这一问题。2015年4月，马耳他成为第一个宣布将强制医疗列为非法行为的国家。同年，欧洲委员会成为第一个声明双性人有权不接受性别指定介入的组织。
在10月26日双性人宣传日，禁止酷刑委员会、儿童权利委员会（英语：Committee on the Rights of the Child）和残疾人权利委员会（英语：Committee on the Rights of Persons with Disabilities）内的联合国专家以及欧洲委员会人权专员（英语：Commissioner for Human Rights）、美洲人权委员会（英语：Inter-American Commission on Human Rights）和联合国特别报告员（英语：United Nations special rapporteur）呼吁各国马上停止各种侵犯双性人人权的行为，包括各种不必要的医疗程序。专家们还呼吁调查各种有关侵犯人权的指控、提高当事人提出赔偿要求的能力，并实施反歧视措施：
2017年，国际特赦组织和人权观察发表了关于双性儿童权利的报告。
虽然哥伦比亚宪法法院没有处理过很多双性儿童案例，但哥伦比亚宪法法院（英语：Constitutional Court of Colombia）的一单判决使得当地的治疗程序起了变化。该一判决限制了医生和父母的权力，禁止他们在孩童五岁之前为之进行生殖器外科手术，同时继续允许对年轻儿童进行干预措施。由于哥伦比亚宪法法院的SU-337提到医生有义务向父母告知有关双性孩童的所有信息。父母只能在收到准确信息和孩童满5岁后再一起决定是否进行手术。到那时，孩子应该已经意识到自身的性别认同。此一案例也使得医师在处理双性孩童有关事宜时得到法律上的指导。
2015年4月，马耳他在《性别认同、性别表达和性别特征法》（Gender Identity Gender Expression and Sex Characteristics Act）当中订明，在没经双性人同意的情况下为之进行医疗介入，即属违法。该法案承认双性人享有身体完整权和自主权，明确禁止因社会因素而改变儿童的性征：
该法受到广泛民间社会组织支持。
2016年1月，智利卫生部下令暂停对双性儿童进行不必要的正常化治疗，包括不可逆转的手术，直到他们达到能够自己作出决定的年龄。2016年8月，智利卫生部以第二项规定取而代之。
2019年4月22日，马德拉斯高等法院（英语：Madras High Court）（Madurai Bench）通过了一项具有里程碑意义的法律，并发出指示，表示根据戈皮·尚卡尔·马杜赖（英语：Gopi Shankar Madurai）的研究成果，禁止对双性婴儿进行性别选择手术。2019年8月13日，印度泰米尔纳德邦政府公布行政命令，禁止在拥有7780万人口的泰米尔纳德邦为婴儿和儿童的性别特征进行不必要的手术，除非维持现状会危及其性命。。
胚胎植入前遗传筛选，又名PGD或者PIGD，是胚胎特征分析的一种，当中医师会为植入前的胚胎进行遗传学测试。此一方法有时甚至会对受精前的卵母细胞进行分析。胚胎植入前遗传筛选类近于产前诊断。当用于筛查某种特定的遗传病时，该方法将使婴儿极有可能不会患有所考虑的遗传疾病。因此，胚胎植入前遗传筛选是一种辅助生殖技术（英语：Assisted reproductive technology），用于评估的卵母细胞或胚胎需要透过体外人工受精才能获得。但是该技术被视为歧视那些具有双性特征的人。
乔治亚·大卫斯（英语：Georgiann Davis）认为，这种歧视没有认识到，许多具有双性别特征的人过着充实而幸福的生活。摩根·卡彭特（英语：Morgan Carpenter）强调，英国人类受精和胚胎学管理局（英语：Human Fertilisation and Embryology Authority）在一份名单中列出了众多“严重”的“遗传病”， 当中包含好几种可能会于之后除掉的双性变异——5α还原酶缺乏症（英语：5α-Reductase deficiency）和雄激素不敏感综合症（英语：Androgen insensitivity syndrome）便是两例。这些变异曾于精英女运动员以及世界上第一个公开的双性人市长身上出现。澳大利亚跨性别组织呼吁澳大利亚国家健康和医学研究理事会（英语：National Health and Medical Research Council）禁止对双性人进行这样的介入，并指出在“社会对性别和性别规范的理解，以及医学和医学社会学文献中，双性人、性别认同和性取向紧密纠缠在一起”。
2015年，欧洲委员会发表了一份有关人权和双性人议题的文件，当中评论到：
直至今天，只有少数司法管辖区为双性人提供了明确的保护，使他们免于受到歧视。南非法律把双性人的身体视作性特征的一部分去保护——此举为世界上的先例。澳大利亚是第一个将“双性”特征独立看待的国家。马耳他率先通过立法，把“因社会和文化原因而修改未成年人的性征”视为违法行为。波斯尼亚自2015年12月24日起把“双性”视为一项性征看待，黑塞哥维那和希腊也禁止因性征而起的歧视和仇恨犯罪 。
2016年的一项澳大利亚调查发现，在272名非典型性征人士当中，18%未能完成中学学业，而澳大利亚整体则有2%未能完成之。该些人士退学的原因有医疗处置、欺凌等等。
2015年，一项对澳大利亚出生时具有双性特征的人所进行的调查发现，他们除了高中辍学率很高外，贫困程度也很高，此外残疾率亦高于当地平均。澳大利亚组织“以多样性为荣”（Pride in Diversity）和澳大利亚双性人权组织（英语：Intersex Human Rights Australia）出版的《双性人雇主指南》也提到一些就业歧视案件。
歧视保护包含保障双性人免受非自愿和胁迫医疗。马耳他规定了明确的保护措施，以阻止任何不必要且有害的儿童性征修改。
2016年5月，美国卫生及公共服务部发表了一份声明，于当中解释《患者保护与平价医疗法案》第1557条。它指出，该法案禁止任何依赖公共资助的医疗保健作出歧视性的行为。
一份医学杂志在2013年披露，四名来自发展中国家的无名女精英运动员在接受睾酮检测后，发现她们为双性人，于是她们便接受了性腺切除术（绝育）和阴蒂部分切除术。在卡斯特尔·塞曼亚事件后，一名南非跑手因她的外表和活力而被要求睾酮检测。没有证据表明精英女运动员与生俱来的激素令她们在体育运动中占优。
2011年，德国的克利斯蒂安·沃林在一次诉讼中取得了成功。2007年，亦即其生殖器官被摘除的30年后，她决定起诉为其摘除生殖器官的外科医师，并于最终胜诉。法院裁定外科医师需向她支付10万欧元的赔偿 。
本洁明的医师在未告知其父母手术性质的情况下，为其切除男性性腺和生殖系统。于是其母亲在2005年8月12日为此对智利卫生部（英语：Ministry of Health (Chile)）提起诉讼。原告在塔尔卡第四法院提出了赔偿请求。最终这单案件一直上诉到智利最高法院（英语：Supreme Court of Chile）。2012年11月14日，法院判定马乌莱健康服务机构败诉，并需因对本洁明造成的心理损害，而向其赔偿1亿比索给，其父母亦各获赔500万比索。
在美国，M.C.v.亚伦森一案在双性青年倡导协会与南方贫困法律中心的推动下，于2013年提交法院审理。2015年，第四巡回上诉法院驳回了该案，称它并不意味着“贬低M.C.所宣称的严重伤害”——主要问题在于一位政府官员在没有足够警告的情况下，于2006年对16个月大的M.C.进行性别指定手术，“此举侵犯了一项得到明确规定的宪法权利”。2017年7月，南卡罗来纳州医科大学以44万美元与原告达成庭外和解，但未承认其干犯任何罪行。
2015年，米夏拉·拉布因德国纽伦堡的医师未能向她提供适当建议，而对之提起诉讼。医师们表示，他们“只是按照当时的规范行事——这些规范旨在保护患者免受了解其染色体全部真相后的心理影响”。2015年12月17日，纽伦堡州法院裁定，埃朗根-纽伦堡大学诊所需支付赔偿金。
随着现代医学在西方社会的兴起，许多外生殖器模棱两可的双性人已经对其生殖器进行了手术改造，令它更接近于女性或男性生殖器。外科医生指出，双性婴儿的出生是一种“社会应急事件”。为“确保正常身体和心理社会发展”，他们还会对此进行保密他们会告诉人们“从来未遇过这种情况的人”。获得医疗记录在历史上也是具有挑战性的。不过人们若要提供自主的知情同意，那么就需要获得充足的资讯。
欧洲委员会和世界卫生组织承认有必要改善提供资讯的方法及可获得性，包括查阅病历。
一些双性人组织声称，保密模式因临床语言的转变而得以延续。澳大利亚国际跨性别组织的摩根·卡本特引用了米兰达·弗里克关于“不公正的解释方法”的研究，以此表示尽管当局出台了新的保护法，以防止双性人不因其身份而受到歧视，但碍于临床语言和“没有词语来命名这种经验”，使得“有生活经验的人甚至无法理解自己的社会经验”。
亚太国家人权机构论坛表示，很少有国家在法律上承认双性人。论坛指出，承认双性人的法律应包含以下元素：
在某些司法管辖区，双性人可能难以得到任何形式的身份证明文件。
与其他人一样，一些双性人可能作为男性或女性长大，但随后在以后的生活中认同另一种性别；不过大多数双性人不会出现这种情况。与非双性人一样，一些双性人可能并不认为自己是女性或男性。2012年的一项临床审查表明，8.5-20%的双性人可能有性别不安 ，而澳大利亚社会学研究表明，19%的非典型性特征出生者选择了"X"或"其他"选项，而52%的人选择女性，23%选择男性，还有6%的人选择不确定。
一些司法管辖区的双性人可能难以获得出生证明，包括带有性别标记的出生证明。
2014年，在婴儿"A"（通过她的母亲E.A起诉）等人和诉总检察长等人一案中，肯尼亚一家法院命令肯尼亚政府需向2009年出生的一名生殖器模糊儿童颁发出生证明。在肯尼亚，上学、获得国民身份证和投票都需要出生证明。据了解，乌干达的许多双性人因在获得身份证件方面面临各种问题，而成为无国籍者，尽管出生登记法允许双性未成年人进行指定。
亚太国家人权机构论坛指出：
对于不认同出生时分配的性别的人来说，获得带有正确性别标记的出生证明可能是个问题，或者只能用手术解决。
最迟在2003年开始，澳大利亚和其他国家的护照和身份证件了除会印上“M”（男性）和“F”（女性）外，还会印上代表第三类的“X”。2013年，德国成为第一个允许同时拥有双性特征的婴儿在出生证明上登记为不确定性别的欧洲国家——这遭到双性人组织的反对和怀疑，他们指出，该法似乎不容许人选择男女分类。欧洲委员会在2015年的一份议题文件中承认了这一做法，以及承认对第三分类和空白分类的担忧，并指出这些做法可能会导致“双性儿童的父母面临更大的压力，使他们不得不决定偏向一种性别”。问题档认为，有必要进一步思考非二元分类法律鉴定：
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