矶永吉（1886年11月23日－1972年1月21日），本籍日本广岛县福山市。台北帝国大学（今国立台湾大学）教授，农业家。
1925年，他和末永仁将台湾的在来米成功改良成蓬莱米，让台湾农民大幅增加收益，因而被尊为“蓬莱米之父”。
1886年11月23日生于广岛县深安郡（今福山市）。1911年毕业于北海道札幌市的东北帝国大学农科分校（今北海道大学）农业科系。1912年前往台湾，任职于台湾总督府农业试验场，担任技手工作。
1913年，与时任台北厅农务主任的平泽龟一郎发现大屯山山麓火山堰塞湖盆地的竹子湖，此发现促成后来在此开启日本稻与台湾蓬莱米的种植、采种与推广的试验。
1914年升任技师。在台中州农事试验场（当时仍由台北高等农林学校主持），担任米质改良农务技师，指导及监督台中州内的农业。任内指导末永仁(すえながめぐむ、1885-1939)进行台湾在来稻与日本稻改良的研究。其后末永仁于1924年为了克服稻热病进行了“龟治”与“神力”的杂交，1929年选出“台中65号”，开启了台湾蓬莱米的新时代。
1919年赴欧美各地研究。1921年任台湾总督府中央研究所农业部种艺科长兼殖产局农务课技师。1927年获聘为台湾总督府台北高等农林学校讲师。1928年再度赴欧美各地研究。1928年转任台北帝国大学农业科系，以“台湾稲の育种学的研究”获博士学位，其研究成果直接导致当时之在来米产量提升，同时促成后来的蓬莱米育种获得成功，并以此研究报告获颁1932年日本农学会农学赏。
1930年升任台北帝大理农学部热带农学第三讲座（作物学）教授兼大学附属农场长，至1934年为止。1937年至1939年再度担任台北帝国大学附属农场场长。1942年转任台湾总督府农事试验所所长兼台北帝国大学教授。
1945年中日战争结束后，留任台湾大学农艺系教授与台湾省政府农林厅技术顾问，他是少数留台的日本人。
1954年完成其毕生代表作《亚热带地区水稻与轮作物》(Rice and Crops in its Rotation in Subtropical Zones)一书，并以〈亚热带稻育种之研究〉(亜热帯における稲の育种に関する研究)之题目获颁1961年日本学士院赏。
1957年6月28日，以71岁高龄退休；同年7月29日下午二时半至五时，农业界人士假台北市中山堂光复厅举办欢送会，中日文化经济协会、全省各级农会、林产管理局、云林县长林金生、在台学生代表等致送纪念品，包括锦旗、签名册、镜框等富有纪念性之物。 台湾省政府为感谢他对台湾农业无可替代的贡献，由台湾省议会动议每年寄送蓬莱米一千两百公斤到日本芝浦，直到过世为止。矶永吉为感谢台湾省政府所给予之优遇，8月14日亦赠新台币二万元，以每年之利息半充台湾省政府农林厅稻作多收竞赛第一名优胜者副奖，半充台大及台中农学院农艺系优秀学生奖学金。8月28日下午四时，偕同夫人搭乘民航公司班机飞返日本。
归国后定居山口县防府市，以山口县专门委员身份指导山口县农业实验场的研究者；并从1958年起担任山口大学的热带农学论课程。1972年1月21日逝世于冈山县，享年85岁。
2003年，在矶永吉小屋发现矶永吉亲笔手稿与文物，还有两百多件的古典农学仪器，更正台湾稻米发展史的错误讯息；过去普遍认为蓬莱米台中65号育成者是矶永吉，但从文献上证实育成者是“台湾蓬莱米之母”称号的末永仁。
2009年7月28日，矶永吉在台北帝国大学时期的研究室，被台北市政府指定为直辖市定古迹，并经台湾大学农艺学系修缮整备，命名为矶小屋，自2012年3月起定期限定开放内部参观。
2012年3月10日，奇美集团总裁许文龙致赠矶永吉与助手末永仁的胸像予台湾大学。
