坐标：22°59′25″N 120°11′31″E / 22.9902056°N 120.1918926°E / 22.9902056; 120.1918926
南厂万灵祠位于台南市中西区，前身为“南厂万应祠”，主祀慧妙圣母、慎德将军及能飞将军。
南厂万灵祠肇于民国元年，有两具尸体沿着鱼塭旁的水沟飘进台南南厂社，起初由皆定居于南厂社的两位日本人及一位台湾人发现，将两具尸体再三的推往海的方向送出去，但不久后却又都飘了回来，居民们议论纷纷，于是于现址建一座草寮奉祀之，此时尚未有庙名，而居民将之称为“万应公”；民国4年，因万应公时常于庙旁显化，造成附近居民人心惶惶，日本军方为安定民心，遂于现址重建庙体。
民国56年，信士李正波因有感神光护佑，便发起重建庙体（即为今貌），并奉万应公旨意将庙名取为“南厂万应祠”，将之称呼为“南厂万应公”。
民国67年，南厂保安宫吴府千岁指示两位万应公功果已足够，可雕塑金身奉祀，并向天庭保奏封官，领有玉旨更名为“南厂万灵祠”，两位万应公的封号分别为“慎德将军”及“能飞将军”，并以慎德将军为主神；后又经吴府千岁指示，因毕竟两位将军为万应公出身，并非正神大道，因此需有正神引导两位将军，因此王宫吴府千岁乃请“慧妙圣母”前来该祠坐镇，而两位将军则坐其左右；并于民国68年举行庆成祈安醮典。
该庙除农历七月初十举办普度植福外，该庙慧妙圣母、慎德将军及能飞将军圣诞庆典统一于农历二月十五举行，常有信徒为答谢神恩邀请歌仔戏前来演出；民国七、八〇年代时会于农历二月定期举办一年一度的绕境活动，盛况一时。
