曹应魁（1533年10月27日－1590年7月25日），字士元，号秀峰，蒙古族，祖籍辽东辽阳，出生于京师（今北京市），明朝锦衣卫官员。最初袭职为锦衣卫中所正千户，嘉靖四十一年（1562）中武进士，累官至都指挥佥事，曾参与查抄内阁首辅张居正的家产。
嘉靖十二年十月初十（1533年10月27日），曹应魁出生于北直隶锦衣卫的一个世袭武官家庭。一世伯祖完者都是元朝官员，洪武二十年（1387年）归降明朝，赐汉姓为曹，授职为山东都司济宁卫百户，洪武二十四年（1391年）调任直隶新安卫左所，建文四年（1402年）升为新安卫前所副千户；永乐六年（1408年），完者都的弟弟者赤帖木儿袭职，调任锦衣卫。
嘉靖二十六年（1547年）二月，曹应魁袭父职为锦衣卫中所正千户。他对自己的官职感到不满意，于是勤奋地练武习文，嘉靖四十一年（1562年）中武进士，升署指挥同知，负责管理锦衣卫中所。因为性格内向，连续十年都没有升迁，直到隆庆五年（1571年），始升为南镇抚司佥事，万历三年（1575年）又升为锦衣卫指挥佥事。万历十二年（1584年），因原任内阁首辅张居正侵占王府珠宝案发，奉旨参与查抄，以清廉而著称。万历十三年（1585年）升为锦衣卫指挥使，万历十六年（1588年）任提督街道房官校办事，因功加升都指挥佥事，仍管卫事。万历十八年六月二十四日（1590年7月25日）去世，赐祭葬。
父亲曹志，官至锦衣卫指挥佥事。正室王氏，继室张氏，都没有儿子；侧室杨氏生一子曹嗣德，万历十九年（1591年）二月袭职为锦衣卫中所正千户。
