美国州际公路系统是一个绵密的公路网，公路本身或公路之间的连结非常完善。然而，目前仍有一些缺口存在。
有些缺口是由于公路的某些路段尚未完工造成的。如果要接续同一条公路继续往目的地行，必须绕行其他的联络道路。
长久以来，属芝加哥市管理的芝加哥天际公路一直被认为是90号州际公路的一部分，州际公路系统也将其纳入。然而，在1999年芝加哥市决定不提出将这个路段纳编为州际公路系统的申请（芝加哥天际公路亦未百分之百符合州际公路的标准）。芝加哥市将芝加哥天际公路上原本I-90的符号的上方全部加上TO（往）以资区别。但伊利诺伊州运输部和联邦公路管理局仍将此路段视为90号州际公路。
这类缺口产生的原因是公路上某些路段不符合州际公路的标准，但这些路段仍使用州际公路的编号。这类路段包括可开闭的吊桥（当船只通过时，吊桥打开，车流停止），但不包括收费站、边界管制站及农产品检查站。
93号州际公路通过新罕布夏州的弗兰科尼亚山峡（英语：Franconia Notch）时仅设有二线道。由于对环境冲击太大（部分原因是高速公路所带来的震动会导致山中老人石（英语：Old Man of the Mountain）有崩塌的危险，但山中老人石已于2003年崩落），原本四线道设计被迫放弃。在过去很长的一段时间里，这个路段标记为3号美国国道往93号州际公路，但现在已经全部改为93号州际公路的蓝色盾形标志。联邦在1973年准许此路段维持原设计但仍给予州际公路的地位。
州际公路的辅助线和主线有二种可能的方式交会：直接或透过同样主线的另外一条辅助线相连（例如：加州的I-280是利用I-680接回I-80）。但仍有一些连接上的缺口：
