九州征伐发生于天正14年（1586年）至15年（1587年），是丰臣秀吉率领其同盟大名攻略岛津家，进而征服九州的战争。
大友宗麟的军队因为岛津氏的崛起而节节败退，只得向丰臣秀吉求援。已经统一四国岛的丰臣秀吉召唤黑田孝高询问对策，黑田认为这是平定九州的好机会，于是秀吉下令备战，同时回信要求大友宗麟继续坚守等待援军。
岛津军因对大友的战争失利而联合有马晴信攻打龙造寺政家，龙造寺只剩下肥前国三座城，令锅岛直茂乞求停战。岛津义弘不许，仍下令攻打龙造寺，岛津家久攻下水之江和势福寺城。龙造寺走向灭亡之日将近，所以锅岛直茂请求龙造寺成为岛津臣下，降伏于岛津氏，被免去一死。唇亡齿寒，不出十日，助攻龙造寺的有马晴信也被岛津顺便灭掉，有马晴信投降岛津氏。
岛津氏至此在九州只剩下大友家一个对手，而大友家的灭亡也只是时间上的问题。丰臣秀吉觉得岛津氏过度猖狂，影响丰臣氏的政权，所以向岛津氏发出交涉书信，命令九州两势力停止战争，服从丰臣政权领导。岛津义久拒绝丰臣秀吉的提案并攻打筑前，致使丰臣秀吉以救援盟友（大友家）为名出兵九州。
天正14年（1586年），三月，公卿菊亭晴季上奏正亲町天皇请求正亲町天皇下令宣布岛津氏为朝敌。天皇准奏，五月，九州征伐开始，以下为兵力分布：
1586年9月，毛利辉元以小早川隆景和吉川元长为先锋经长门国出佂丰前国支援立花宗茂攻打岛津忠长和伊集院忠栋的筑前方面军。因为锅岛直茂趁机联合有马晴信攻下肥后，形成夹击筑前的形势。1586年10月黑田孝高由海路到达后形成三方包围。
1586年9月，以仙石秀久为首长宗我部元亲和儿子长宗我部信亲同十河存保渡海攻打丰后。在1586年12月12日早晨，两军在户次川对峙，第一阵的仙石秀久一开始因为急进就先告溃败，而第二阵的长宗我部信亲势遭到伏兵包围而坏灭。长宗我部信亲、十河存保战死，而长宗我部元亲的第三阵见到情况不妙后撤退，而仙石秀久因为这次战败而被丰臣秀吉流放到高野山。
因为毛利辉元入侵丰前引开了岛津军所以锅岛直茂趁机联合有马晴信攻下肥后，形成夹击筑前的形势，1586年10月黑田孝高由海路到达后形成三方包围。
宗义智让出对马岛让丰臣驻军，并需要提供资金与粮草。
大友家除了大将立花宗茂在各地征战外，全部武将都笼城坚守，主公大友义镇病危由少主大友义统临时统领大友家。大友义镇则坚守臼杵城。
1587年3月丰臣秀吉先锋蒲生氏乡、前田利长用一日攻下秋月种实的岩石城，第二日攻下益富城，秋月种实投降丰臣秀吉。中川秀政、福岛正则、高山长房到达后击败岛津忠长和伊集院忠栋，两人降伏。至此筑前、筑后、肥前、丰前、丰后成为丰臣支配地。之后全军入侵肥后，肥后领主岛津忠辰降伏。全军于肥后会师。准备攻打萨摩。
1587年2月，丰臣秀长率八万兵力在日向登陆，将守在岸边的岛津家久军撃退，直接与岛津义弘在日向交战。因为岛津义弘屡次发动奇袭，于是丰臣秀长下令实行坚壁清野，以压倒性的兵力将岛津义弘的五千兵力团团围住，用车轮战牵制住岛津义弘。但是却被岛津义弘突围而出。
1587年4月17日，岛津义久和岛津义弘打算和丰臣方决战于日向国根城坂，但是因为丰臣秀长军一早挖好陷阱建造板塀和空堀等军事设施，射箭来阻碍岛津方进攻。岛津方始终冲不上板塀所在之处。在岛津忠邻、猿渡信光战死后岛津方撤退。
1587年4月28日，岛津义久向丰臣秀吉表示降伏，剃髪出家并改名为岛津龙伯。5月8日岛津龙伯在肥后泰平寺正式表示完全降伏。并由弟弟岛津义弘继承家督，而丰臣秀吉也针对九州的领地重新进行分配，曾经一度控制九州大部分地区的岛津氏被大幅削减，但仍拥有萨摩和大隅两国，以及日向国的诸县、真幸院等地。
其中，小早川隆景由平定四国后获得的伊予移封至筑前、筑后两国的大部分跟肥前一郡，共37万石的领地，其弟小早川秀包也获得筑后得到7万5千石的领地。而在大友家方面，因为大友宗麟拒绝秀吉加封日向一国作为封赐，所以其子大友义统仅获得丰后一国的安堵，原为大友家臣的立花宗茂因出色武勇得到秀吉赏识，加封筑后13万2千石的领地，独立为一家大名，肥前的龙造寺政家、大村喜前、松浦镇信等人及对马国的宗义智，也在臣服秀吉后获得本领的安堵。而丰臣秀吉的家臣中，黑田孝高得到了丰前六郡12万5千石(后增封至17万石)的领地、毛利胜信则获得丰前小仓6万石。
肥后国的大部分则交给了原本支配越中国的佐佐成政，当地豪族天草五人众也获得安堵，另外在相良氏家臣深水长智的奔走下，相良赖房也重新获得肥后人吉2万石的安堵。但因为佐佐成政检地失力，引发严重的肥后国人一揆，佐佐成政被问罪赐死，在平定当地一揆后，原属佐佐成政的领地一分为二，切割成加藤清正拥有肥后北半国19万5千石，小西行长则拥有肥后南半国20万石，但小西行长在进行检地时，又遇到天草五人众的抵制（天草国人一揆），最后与加藤清正平定天草国人一揆，彻底掌握肥后。
曾在北九州积极抵抗丰臣军的秋月种实在战败后，由筑前、筑后迁调至日向高锅3万石，秋月种实的次子高桥元种因较早投降，移至日向县5万石。过去被岛津氏打败的伊东氏，因伊东祐兵早就成为丰臣秀吉的家臣，并曾参与山崎之战等战役，顺利回归旧领，拥有日向饫肥3万6千石的领地。
丰臣秀吉将九州平定以后，巩固了丰臣的威权统治，更获得了地利与外国通商，更展开大规模的检地，在肥后的佐佐成政亦进行检地，但是遭到部分国人反对，引发肥后国人一揆。佐佐成政被处死后，北肥后归加藤清正管辖，南肥后归小西行长、相良赖房管辖，但仍爆发了天草国人一揆，最后被小西行长跟加藤清正合力消灭，而丰前国也有城井镇房跟野中镇兼等势力拒绝接受黑田家统治的反抗动作，最后黑田孝高暗杀了城井镇房后，平定这波动乱。
