邬昌琦（？－1661年8月12日（永历十五年七月丙寅）），又名邬昌期，都匀府都匀卫人，明朝、南明政治人物。
邬昌琦是选贡出身，曾任广西知县、柳州同知，转湖广道御史，曾在永历十年（1656年）与高�、裴廷谟、许绍亮上疏劝告李定国、刘文秀不要和马吉翔过分来往，遭永历帝杖打一百五十次，并除名；不久李定国在金维新劝谏下联同刘文秀解救他们，才能恢复官职。他后来跟随永历帝逃入永昌和缅甸，缅甸人要求陪同的大臣不要配戴兵器，马吉翔准许，他说：“猛虎之所以震慑百兽，因为它有爪牙，为何要放弃自己的防备迎合缅甸人？”未得采纳。当地人让永历朝臣议事，他和马雄飞一同前往。祁三昇带兵迎驾，遭缅人请求下诏制止，邬昌琦哭着劝谏：“臣下大罪，无法让朝廷在远夷宣威，令他们轻视朝廷。三昇迎接的时候，就是君臣危险的时间。”永历帝也不听，只擢任河南道御史，掌管兵科印鉴。后来他和儿子、侄子都在咒水之难中被杀，李定国得知后叹息：“邬昌琦死了，我有何面目继续生存？”到清朝乾隆年间追谥节愍。
