邬昌琦(?-1661年8月12日(永历十五年七月丙寅)),又名邬昌期,都匀府都匀卫人,明朝、南明政治人物。
邬昌琦是选贡出身,曾任广西知县、柳州同知,转湖广道御史,曾在永历十年(1656年)与高�、裴廷谟、许绍亮上疏劝告李定国、刘文秀不要和马吉翔过分来往,遭永历帝杖打一百五十次,并除名;不久李定国在金维新劝谏下联同刘文秀解救他们,才能恢复官职。他后来跟随永历帝逃入永昌和缅甸,缅甸人要求陪同的大臣不要配戴兵器,马吉翔准许,他说:“猛虎之所以震慑百兽,因为它有爪牙,为何要放弃自己的防备迎合缅甸人?”未得采纳。当地人让永历朝臣议事,他和马雄飞一同前往。祁三昇带兵迎驾,遭缅人请求下诏制止,邬昌琦哭着劝谏:“臣下大罪,无法让朝廷在远夷宣威,令他们轻视朝廷。三昇迎接的时候,就是君臣危险的时间。”永历帝也不听,只擢任河南道御史,掌管兵科印鉴。后来他和儿子、侄子都在咒水之难中被杀,李定国得知后叹息:“邬昌琦死了,我有何面目继续生存?”到清朝乾隆年间追谥节愍。