太平洋战争爆发时，婆罗洲可以分为五个区域。其中位于北方的四个由英国统治：砂拉越、文莱、纳闽和英属北婆罗洲。剩余的南方大片土地则是荷属东印度（今印尼）的管辖范围。由于婆罗洲所蕴藏的石油资源，婆罗洲是日本的主要目标，同时缺乏防守武力。日本当时长期缺乏自然资源，为了加强其在太平洋的势力，日本需要稳定的补给－－尤其是石油。
1941年，由于日本在中国和法属印度支那的行动，美国和英国开始对日本实施原物料禁运。婆罗洲位于日本通往新加坡、爪哇岛、苏门答腊岛、马来亚和西里伯斯（今苏拉威西）的主要航道上，因此婆罗洲对日本来说走有重要的战略地位。掌握这些航道，才能有效控制占领地。
1941年12月16日，日军从法属印度支那金兰湾出航，登陆砂拉越美里。日军不到一个月内就征服整个婆罗洲。日军将英国统治的北边区域称为北婆罗洲，相邻的荷兰统治南方区域称为南婆罗洲，并将纳闽改名为前田岛。为近代史中首次婆罗洲全岛被单一政权统治。
日军占领英属北婆罗洲长达三年多。这段时间日军积极地向当地居民推广皇民化教育，要求他们学习日语和日本文化。日军将北婆罗洲分为五个州，建造许多机场。
在日本统治之下，砂拉越和文莱被分为三个州：久镇州（指今古晋）、美里州和志布州（指今诗巫）。英属北婆罗洲和纳闽被分为两个州：东海州和西海州。共五州十四县。五个州由帝国陆军司政官出任州长官，在日军监控下，地方权力仍掌握在原有地方行政组织上。1943年5月，将爵士顿和山打根分别更名为亚庇和伊罗布拉。
北婆罗洲的统治由第37军宪兵队负责，他们直属于第37军，拥有近乎无限的权力。经常在任务中任意行使折磨与暴力。
日军利用战俘和征招而来的劳工建设不少军用飞行场，这些飞行场包括山打根、文莱和兰瑙。古晋飞行场在日军占领之前就已经存在了，日军进一步改善了该飞行场。
在莱特湾海战中，日本帝国海军将文莱港当作燃油补给点与集结待命区。
日军的主要战俘收容所位于古晋、纳闽、兰瑙和山打根，外加位于其他区域的小型收容所。巴都林当收容所主要关着战俘和当地囚犯。1945年9月11日，由澳军准将汤姆·伊斯提克指挥的澳洲第九步兵师解放了巴都林当收容所。
在盟军入侵之前，日军就已经关闭了山打根收容所。收容所的囚犯大多死于从山打根到兰瑙的死亡行军中，行军中只有六个人成功脱逃并存活下来。一般认为，日军在山打根收容所囚禁了大约4660名囚犯和战俘，战争结束的时候，其中只有1387人活下来。
东京的报社朝日新闻社和大阪的报社每日新闻开始在马来半岛、婆罗洲和西里伯斯发行。他们同时帮日本政府进行宣传活动。
