海军机关学校（日语：海軍機関学校／かいぐんきかんがっこう ?）是旧日本海军内专门培养轮机科（机関科（日语：機関科））军官及士官的一所学校。海军机关学校的首次创办是在1881年（明治14年），1887年（明治20年）曾一度合并入海军兵学校内。1893年（明治26年）海军机关学校再度创立，这次一直延续到1945年（昭和20年）太平洋战争结束废校为止。
海军机关学校与海军兵学校（兵科）、海军经理学校（主计科）并称“旧海军三校”。
明治初年创立海军兵学寮时，学员都在同一所学校学习相关知识。1874年（明治7年）4月24日，日本海军根据外聘的英国教员的建议，为了让轮机学员能在横须贺造船所进行实地学习，而在横须贺村四番地征得一栋房舍，并在向山接收一栋官舍，就此开始办学，而学校始称兵学分校。1878年（明治11年）11年1月兵学分校搬迁到造船所，6月4日改称兵学校附属机关学校。1881年（明治14年）7月28日改成海军机关学校。1887年（明治20年）7月，机关学校由于机构改革而并入兵学校，原机关学校学生转移到筑地海军兵学校；因此机关学校第4期生也编入兵学校内，成为兵学校第16期生。而海军机关学校的名称由机关师和机关手养成所沿用。
由于日本海军体制的原因（如轮机系统的海军军官最多只能晋升至海军机关中将，也没有可能指挥军舰，遑论执掌舰队或者镇守府等要职），导致兵科和轮机科合并办学时期，轮机科招生数量不足。为了解决这个问题，1890年（明治23年）10月18日，在兵学校内再次把将校科（兵科）和轮机科分设，对两者采取不同的培养方式。
1893年（明治26年）11月29日海军再次在横须贺设立海军机关学校，重新独立办学。日本海军在甲午战争后制定了第一期、第二期海军扩张计划，急需大量扩充轮机人员数量。为此校方在横须贺白滨征收民用土地，建设新校舍。1901年（明治34年）9月1日白滨新校舍落成，总建造费用26万余日元。
1923年（大正12年）日本发生关东大地震，机关学校的校舍全部烧毁，学校只能临时迁往江田岛海军兵学校内，与兵学校一起授课。1925年（大正14年）学校又迁往京都府中舞鹤。1927年（昭和2年），海军决定机关学校留在舞鹤办学；1928年起，从“震灾复旧费”中拨款，在原舞鹤海兵团旧址建设新校舍和设施。1930年（昭和5年）学校主要的4做校舍完工，部分设施则因天气问题一直到次年才完成。新校址学校建筑占地约40,000坪（132,231平方米），另有20,000坪（66,116平方米）的练兵场（1944年的小册子则提到校舍占地20万平方米，训练场5万平方米）。学校拥有一艘巡洋舰、一艘潜艇和一队驱逐舰作为练习舰，还有一艘1000吨左右的附属舰艇也可以作为练习舰。
1942年11月，日本海军终于推行争论多年的兵机一体化（日语：海軍機関科問題）政策，改变一直以来兵科与轮机科军官分别管理的情况，而轮机科军官也得以与兵科军官合并成为“军官”。1944年10月，机关学校改为海军兵学校舞鹤分校。而“海军机关学校”一名，则由原海军工机学校（日语：海軍工機学校）继承。
战后的1945年（昭和20年）11月30日，舞鹤分校闭校。美国陆军第133步兵连进驻校区，原校址改名为舞鹤兵营。1955年（昭和30年）美军将营区归还予日方，1957年海上自卫队舞鹤地方总监部从原址（舞鹤水交社旧址）迁至机关学校旧址。
海军机关学校的目标是为日本海军培养轮机方面的人才。轮机人员在海上时指挥轮机科员、负责轮机设备运作；在陆地上则是研究、设计、制造轮机设备、飞机；对轮机科员进行教育；从事燃料、材料等的生产、供给、研究、调查等等工作。
机关学校的主要科目包括：军用轮机（军用蒸汽机、内燃机、电动机以及其他等），轮机设计和制图（设计、作图、素描），军制及兵学（军制、兵术、炮术、航海术、运用术（日本海军内指如何使用各种舰艇设备）、水雷术、通信术）、精神科学、数学、基础物理及基础化学、应用力学、热力学、电学、航空理论、船体、外语（主修英语，选修德语或者法语；1944年的一本小册子提到还有汉语）、乘舰实习。
学校为了锻炼学生的体魄和精神，还利用学校附近的山地，开展冬季滑雪运动，以加强学生在寒冷地区的适应能力。此外也举行橄榄球赛。
学生从机关学校毕业后即成为海军轮机少尉候补生（日语：海軍機関少尉候補生），进行一次远洋航行。这次远洋航行结束后，又要在舰队生活大约半年，才能正式成为海军轮机少尉。
此后海军会挑选海军轮机中尉和海军轮机大尉前往海军工机学校（日语：海軍工機学校）学习高等科；有志于潜艇或者航空技术者，可以到各潜水学校（日语：海軍潜水学校）或者航空队接受高等专科教育。海军轮机大尉还能以轮机学生的身份到到海军大学校学习。此外，可以到东京外国语学校学习语言，或者到海军大学校、帝国大学研习专门的学科（如航空学、机械工程学、电气工程学、冶金、地质、采矿、化学、劳动关系、造船学、船用引擎等等）。也有部分人到海外进行留学。
