小赤林氏宗祠，是位于台湾澎湖县白沙乡小赤村的祠堂，于2014年8月27日登录澎湖县历史建筑。
台湾白沙乡小赤村，有一原籍为漳州海澄开基祖之林厚，约17世纪中叶迁居澎湖，后来后代则迁居台湾番仔挖（今彰化县芳苑乡）至其他各地，并成为小赤崁具代表性家族，其后裔多从事文教工作，对澎湖地方文化教育传承贡献良多。其中林氏宗祠于昭和七年（1932年）建造，家谱为“九牧衍派”，然而完工后数十年曾度因建筑过度老旧而停止使用，后则荒废。
2014年，林氏宗祠由澎湖县政府文化局登录为澎湖县历史建筑，随即在同年因历史建筑（传统古厝）修复奖助计划而进行整修工程，并在2015年时进行上梁仪式和合脊落成仪式，当前建筑物已修复完成，平时则作为林氏家族祭祀使用。
小赤林氏宗祠为传统格局宗祠，以裙堵、窗堵、以磁砖彩绘装饰及寿字窗框为建筑物特色，其中前院围墙成整体，颇能反映当时流行的建筑风格，整体结构则以硓�石为内外墙基构，为白沙地区传统民宅建筑特色。另外围墙门柱造型特殊，另外厅堂壁面则保留有二战末期驻军床构凿痕。
