木棉亚科（学名：Bombacoideae）是锦葵目锦葵科的一个亚科。
本亚科的成员在克朗奎斯特分类法中被归类为木棉科，但传统的木棉科不是单系群，因此APG分类法将其并入锦葵科。
本亚科与其它锦葵科亲缘关系如下：
刺果藤亚科 Byttnerioideae: 26属650种，分布于泛热带，主要于南美洲
扁担杆亚科 Grewioideae：25属770种，分布于全热带
梧桐亚科 Sterculioideae：12属430种，分布于全热带
椴树亚科 Tilioideae: 3属50种，分布于北半球温带地区及中美洲
非洲芙蓉亚科 Dombeyoideae: 约20属380种，分布于古热带界，主要于马达加斯加及马斯克林群岛
杯萼亚科 Brownlowioideae: 8属约70种，主要分布于古热带界
山芝麻亚科 Helicteroideae: 8至12属、10至90种，分布于热带，主要于东南亚
锦葵亚科 Malvoideae：78属1,670种，温带到热带
木棉亚科 Bombacoideae：12属120种，热带，特别是非洲及美洲
本亚科包含28个属，如下：
