奥托二世去世后，巴伐利亚被他的儿子们瓜分为上巴伐利亚（Oberbayern）和下巴伐利亚（Niederbayern）。从这时起到16世纪，统治者来自同一个家族，但各自独立管理。维特尔斯巴赫家族的长系（粗体字）一般被简称为巴伐利亚公爵。
1340年，上巴伐利亚公爵兼神圣罗马帝国皇帝路易四世重新统一巴伐利亚。
1340年，下巴伐利亚公爵绝嗣，公爵之位由上巴伐利亚公爵兼任。
1349年，路易四世的儿子们再度将巴伐利亚分割为上巴伐利亚、下巴伐利亚和巴伐利亚-施特劳宾（Bayern-Straubing）。
1363年，上巴伐利亚绝嗣，归于巴伐利亚-兰茨胡特。
1375年，下巴伐利亚分为巴伐利亚-因戈尔施塔特（Bayern-Ingolstadt）、巴伐利亚-兰茨胡特（Bayern-Landshut）和巴伐利亚-慕尼黑（Bayern-München）。
1425年巴伐利亚-施特劳宾绝嗣，被巴伐利亚-因戈尔施塔特、巴伐利亚-兰茨胡特、巴伐利亚-慕尼黑瓜分。
1445年巴伐利亚-因戈尔施塔特绝嗣，归于巴伐利亚-兰茨胡特。
1503年，巴伐利亚-兰茨胡特绝嗣，归于巴伐利亚-慕尼黑，巴伐利亚重新统一。
1503年，巴伐利亚-兰茨胡特并入，巴伐利亚重新统一。
1623年，由于在三十年战争中宣誓忠于神圣罗马帝国皇帝，巴伐利亚公爵马克西米利安一世被封为选侯。
