2020年夏季奥林匹克运动会的男子100米仰泳比赛于2021年7月25日至27日在东京水上运动中心举行。此项目自1904年起举办，除1964年外，每届都有举办，共举办过26届。此外，这届奥运会为男子短程仰泳项目首次在东京举行，因为该项目在1964年没有列入游泳项目。
这项赛事一直由美国人主导，他们在25届奥运会男子100米仰泳比赛中获得15枚金牌，更获得1996年以来的所有金牌。这次是2016年奥运会铜牌得主兼2019年世锦赛银牌得主叶夫根尼·雷洛夫击败了他的队友克利缅特·科列斯尼科夫和卫冕奥运冠军和世界纪录保持者瑞安·墨菲，为俄罗斯赢得了该项目的首金，也是自拉里萨·伊尔琴科在2008年赢得公开水域比赛以来俄罗斯的第一枚游泳金牌。雷洛夫随后在他标志性的200米仰泳比赛中重复了金牌表现。
以下是比赛前的世界纪录及奥运纪录：
这次比赛没有刷新纪录。
该赛事的奥运资格赛时间为53.85秒。每个 国家奥林匹克委员会 (NOC) 最多有两名游泳运动员可以通过在批准的资格赛中游泳而自动获得资格。奥运选拔时间为55.47秒。每次国家奥委会会议最多有一名游泳运动员有资格入选，按世界排名分配，直到达到所有游泳项目的最大名额。没有男子游泳运动员资格的国家奥委会也可以利用他们的普遍性。
比赛分为三轮：预赛、半决赛和决赛。预赛16名成绩最好的游泳选手晋级半决赛。在半决赛中取得 8名最佳成绩的游泳运动员晋级决赛。
所有时间皆为日本标准时间（UTC+9）
