赞克尔期洪水（英语：Zanclean flood），是指533万年前理论上重新注满地中海的洪水。这场洪水结束了墨西拿盐度危机，并将地中海与大西洋重新连接起来，尽管有可能甚至在洪水之前就已经部分连接到大西洋。重新连接标志着地质年代赞克尔期的开始。根据这个模型，来自大西洋的水通过今直布罗陀海峡重新注入干涸的内流盆地。地中海盆地大部分被洪水淹没，耗时估计在几个月到两年之间。
直布罗陀地区的构造沉降可能降低了岩床，直至其破裂。确切的触发事件尚不确定；断层作用或海平面上升是有争议的。最广泛接受的假设是，流入地中海的溪流通过直布罗陀海峡溯源侵蚀，直到联通大西洋。洪水期间，一条横跨直布罗陀海峡形成的水道从直布罗陀海峡的卡马里纳岩床开始，然后分裂成几条分支，最终到达阿尔杰罗-巴莱尔海盆。盆地中的海平面上升速度可能达到每天10米（每天30英尺）以上。根据上新世沉积物保存至今的侵蚀特征，丹尼尔·加西亚-卡斯特拉诺（英语：Daniel Garcia-Castellanos）等人估计，水冲下超过1公里（0.6英里）的落差，最大流量约为每秒1亿立方米（每秒35亿立方英尺），约为现今亚马逊河的1,000倍。对直布罗陀海峡地下结构的研究表明，洪水通道向盆地底部逐渐下降，以每天0.4-0.7米的速度侵蚀岩床，而不是形成陡峭的瀑布。。
洪水最初只影响了西地中海，因为西西里岛形成了一道屏障，将西地中海盆地与东地中海盆地隔开；并非所有科学研究都支持针对这一事件的灾难性解释。一些研究人员估计，在墨西拿“湖海”事件之后，“正常”地中海盆地的重新充填过程要慢得多，耗时长达10,000年，但后来对直布罗陀海峡大小的估计表明，填海所需的时间要少得多，甚至只有不到一年的时间。2018年的一项研究表明，地中海在大约两年内扭转了水资源流失的趋势。马耳他大学科学家在2018年1月发表在《科学报告》杂志上的一项研究提供了地质证据，证明灾难性特大洪水确实是罪魁祸首。这项由地球科学家亚伦·米卡列夫领导的研究利用了西西里岛东海岸和马耳他之间的海底数据，确定了一个沉积物体，米卡列夫和他的同事认为，随着直布罗陀海峡的开放，大量水从大西洋流出，该沉积物体被推向了东方。米卡列夫和他的同事观察到的沉积物收集长度为160公里，宽度为95公里，一些地区的深度高达900米，紧靠着水下石灰岩悬崖，称为马耳他悬崖。
赞克尔期洪水被认为切割形成了直布罗陀海峡而非火山或地震，因为主要板块边界并未穿过海峡，且其区域内几乎没有地震活动，海峡的当前形态以两个岩床为特征，为较深的 Camarinal 岩床和稍浅的 Espartel 岩床；海峡最窄的部分位于两个岩床以东，而这一最窄的部分相当深，这些岩床可能是在洪水后通过邻近地形的重力运动形成的。洪水期间地中海的填充率足以引发大量诱发地震，由此产生的大型滑坡足以造成波高达到100米的大型海啸，研究已经在 Algeciras 盆地发现了地质证据。
在塞浦路斯外海，中新世和上新世的界限是突变的，由地表堆积的土壤层直接被深海沉积物覆盖，无过度性浅海沉积物，这指向海水的快速上升。在地中海东部边缘有很多早期上新世代表深水沉积的吉贝尔特三角洲（Gilbert-type）直接沉积在蒸发岩层上，代表地中海东部边缘由陆表盐湖快速演变成陆缘深水沉积环境。佛拉盆地（Vera Basin）是西班牙东南部的大陆缘盆地，其墨西拿期/赞克尔期界面是一侵蚀面，下切石膏层，上盖海相沉积物，据推算当时其海面快速上升大于250米。根据震测资料，西西里岛东岸大陆缘的蒸发岩上有一套混乱沉积物（chaotic deposits），被上新世早期常规海相沉积物覆盖，这套混乱沉积物被认为是被大洪水乱流堆积的。
