玛丽二世（英语：Mary II，1662年4月30日－1694年12月28日），自1677年11月4日起出任奥兰治王妃，自1689年2月13日起出任英格兰、苏格兰与爱尔兰女王，至逝世时为止。玛丽的罗马天主教父亲詹姆斯二世及七世在光荣革命中遭废黜，未几同为新教徒的玛丽与夫婿兼表兄奥兰治亲王威廉三世登基分别成为女王和国王，并在不久后签署《权利法案》。玛丽在1694年死后，威廉便成了英伦的单一统治者。史学界普遍将夫妻俩的共治称做“威廉和玛丽（英语：William and Mary）”。
玛丽并不热衷于统治，当丈夫威廉留在英格兰时，她总是退居幕后，把大部分的权力让与威廉；然而，当威廉到海外忙于军事战役时，玛丽仍旧得独自统治英伦，事实证明她是一位强大、果决、有力的统治者。当威廉动员英伦人物力进行反法的大同盟战争（1688-1697年）时，他发现自己在英伦的合法性不足，只有依靠广受人民爱戴的玛丽，才能够有效地在议会发挥影响力，进行扩军加税。玛丽身为英格兰教会的最高统治者，对国教会的事务十分积极、活跃；她以自身品行作出良好表率，改善了1660年代以来的不良风俗。史学家认为，尽管她与丈夫共有王位，玛丽主要仍是独自行使其权力。
1662年4月30日，玛丽出生于伦敦的圣詹姆斯宫，是约克公爵詹姆斯（后来的詹姆斯二世及七世）与第一任妻子安妮·海德夫人所生长女。玛丽刚出生时，伯父——国王查尔斯二世——刚接管英格兰、苏格兰和爱尔兰三国不到两年。而她那位长期担任查尔斯的首席顾问（1660-1667年更出任大法官）的外祖父克拉伦登伯爵爱德华·海德则欢欣地迎接着外孙女的降临。
她出生后不久，便于圣詹姆斯宫内的王家礼拜堂受洗为英格兰国教徒，同时被命名为玛丽，以纪念约克公爵詹姆斯的曾祖母苏格兰女王玛丽一世。受洗时，许多人担任她的教父母，当中包括她的表伯莱茵河的鲁普莱希特亲王。:249她的母亲虽育有八个孩子，但除了玛丽和妹妹安妮，其他都全数夭折。随着玛丽的逐渐长大，伯父查尔斯二世缺乏合法后嗣的事实亦变得愈发明显（因查尔斯的王后凯瑟琳不孕，而查尔斯众多的非婚生子女无权继位）；故此，年幼的玛丽被视为英格兰王位的第二继承人，顺位在父亲詹姆斯之后。:252
在1668年（或1669年），她的父亲约克公爵私下改信罗马天主教。不过，国王查尔斯二世知道英格兰人喜欢著新教的王位继承人，绝对不会认同此事。因此，为了王室的民意支持度着想，国王下令:32将年幼的玛丽和安妮送到里士满宫殿（英语：Richmond Palace），接受英格兰国教的信仰教育，并由弗朗西斯·维勒斯夫人（虔诚的英格兰国教徒）担任她们的家庭教师。国王的此项命令，使得两位公主尚在垂髻之年就经常看不到父母，约克公爵夫妇也无法经常看望女儿，只有在为数不多的时刻，才能于圣詹姆斯宫陪伴公主；如果两人想要在其他的场合探望女儿，就只能在克拉伦登伯爵想逗弄外孙女时，陪同克拉伦登于特威克纳姆一同探视。:251玛丽在幼年时所受的教育，主要集中在音乐、舞蹈、绘画、法语和宗教上。:251–2531671年，玛丽的母亲过世；父亲不久便在1673年再婚，娶摩德纳的玛丽（英语：Mary of Modena）为第二任妻子。对玛丽来说，这位从意大利来的新妈妈不仅只大她四岁，而且还信奉著敌对的天主教。:255
玛丽大约从9岁到结婚时，和闺中密友弗兰西丝·阿斯普利（英语：Frances_Apsley）（艾伦·阿斯普利爵士（英语：Allen Apsley (Royalist)）之女）关系密切，据说两位女童“好似恋爱”一样亲密。玛丽给弗兰西丝写了一封封情意连绵的书信，信中毫不掩饰地表达出她的爱意。但是，随着两位女孩的逐渐长大，玛丽和弗兰西丝的恋情终究因为后者的日渐冷漠而宣告结束。:34玛丽在1675年15岁（虚岁）时，她的表兄奥兰治亲王兼荷兰执政威廉三世向她求婚。威廉是詹姆斯已故姐姐玛丽长公主的独子，亦是英格兰王位的第四顺位继承人，排在詹姆斯、玛丽、安妮之后。:256本来在1670年代初，查尔斯二世并不愿意与商业对手荷兰联盟；特别是当1670年英法签订了联手攻荷的《多佛密约》后，他就计划让玛丽嫁给法国的王位继承人路易。因为与法结盟，既可以提升天主教的地位，又可以加强查尔斯自己的权势。但后来，随着1674年第三次英荷战争的结束与法荷战争的进展，不列颠人对天主教展现出了怒滔般的仇恨；詹姆斯改信天主教的事实在1673年彻底暴露，激起了不列颠新教徒的恐惧与愤恨，并使国王在议会中承受着巨大的压力。因为联盟法国在政治上日益不利，查尔斯便打消了联姻法国的初衷。1675年，首席大臣丹比勋爵（英语：Thomas Osborne, 1st Duke of Leeds）为稳定政局推行联荷制法的政策，使得查尔斯二世接受了新教徒奥兰治的威廉·亨德里克（以捍卫新教闻名的“护教英雄”）向玛丽的求婚，并向弟弟约克公爵施压，最终迫使约克公爵詹姆斯答应了女儿的婚事。查尔斯兄弟期望的是，威廉和玛丽的婚姻会改善詹姆斯与新教国民的关系，使人民接受詹姆斯的王位继承权。:44–45而当父亲詹姆斯告诉玛丽，她将嫁给表兄威廉时，她完全不知该如何接受这惊人的消息，因此“她整整痛哭了好几个晚上”。
1677年11月4日，在圣公会大主教亨利·康普顿（英语：Henry Compton (bishop)）（后来在1688年联署邀请威廉来英格兰发动光荣革命）的主持下，含泪的玛丽于伦敦的圣詹姆士宫正式嫁给了威廉。:47–48:258当月稍晚，玛丽随同她的丈夫从波涛汹涌的大海驶向荷兰。但由于天气与海相的恶劣，致使旅程延迟了两个星期。:50–51:259在旅程途中，因为鹿特丹被冰雪覆盖而无法停驶，他们被迫停在名为泰尔·海德（英语：Ter_Heijde）的小村庄上。几天的等待后，他们终于穿过寒冷的村庄，遇见了迎接他们的使团。在后者的护送下，玛丽和威廉终于到达目的地荷兰众议院。:51:258–259在12月14日，他们于一场盛大的迎接典礼中正式进入海牙，并由此展开了奥兰治亲王夫妇的统治生涯。:52
天性温柔忠贞的亲王妃玛丽，不但在荷兰广受人民爱戴，更是得到了英伦的最大拥护；玛丽公主能够嫁给信仰新教的威廉亲王，让不列颠人民喜出望外。:257–259在婚后，玛丽把意志与爱情毫无保留地献给了表哥兼丈夫威廉，但威廉却因为经常忙于战事或沉迷于狩猎而对她稍嫌冷淡，夫妻两人直到后来才成为互相恩爱的伴侣。:259–262玛丽在婚后几个月便怀孕了。可惜的是，她的丈夫因当时正在布雷达处理公务，没能给予她足够的关怀，使她遭遇了流产。:55–58:261她似乎也因为流产而健康受损，从此失去了健全的生产能力，导致婴儿多次在产后夭折：她在1678年中期、1679年早期和1680年早期，都受流产影响而未保住胎儿。:57, 58, 62夫妻俩最终没有得到一个健康成长的子女，是玛丽婚姻中最大的遗憾。:162:262
在1684年5月，国王的新教非婚生子蒙默斯公爵抵达荷兰，并受到了威廉和玛丽的盛情款待。因为信奉新教的继承人比天主教的詹姆斯更得人心，所以蒙默斯公爵被视为约克公爵詹姆斯潜在的王位竞争对手。不过，因为蒙默思公爵没有获得必要的两股力量——英格兰国教会与主政托利党——的支持（非婚生子继承王位，不但违反宗教原则，更会造成英伦有产阶级的产权危机），威廉并不认为他可以取代詹姆斯的王位。:72–73
1685年2月，英王查尔斯二世在成功捍卫其弟的王位继承权后溘然而逝；因为查尔斯没有合法子女，约克公爵遂即位成英格兰和爱尔兰国王詹姆斯二世及苏格兰国王詹姆斯七世。玛丽正在玩牌的时候，丈夫威廉告知她父亲即位的消息，玛丽因此认知到自己已成为推定继承人的事实。:76当查尔斯的非婚生子蒙默斯公爵在阿姆斯特丹组织军队并入侵英格兰时，威廉打算讨好岳父詹姆斯，不但向他通报说蒙默思已经启程，还命令在尼德兰服役的英籍部队回国帮助詹姆斯。:78结果当蒙默斯公爵被击败（英军由詹姆斯的亲信大将约翰·丘吉尔统帅）并当场处决时，威廉感觉如释重负。但他很快地就发现詹姆斯对女婿的善意毫不领情，并执意推行一连串亲法反新教的政策。因为威廉和玛丽一直把捍卫新教当作自己的责任，自然为此而惶恐不安。:79
詹姆斯即位的当年，就推行一项争议性的宗教政策；他以王家命令搁置新教议会所颁布的宗教压迫法案（已执行二十多年），试图让非国教徒获得信仰自由的保障。结果不但没有得到公众的好评，反而让英格兰人怀疑他想要恢复天主教（大多数英格兰人为敌视天主教的新教徒）。:91玛丽认为，父亲搁置议会决议的行为实属非法，而且当她的牧师以玛丽的名义写信给坎特伯雷大主教威廉·桑克罗夫特（英语：William Sancroft），询问圣公会对王家命令的看法时，也得到批评国王的回复。大主教认为，詹姆斯国王的行动违法且违背（新教徒的）民意。:265更让玛丽灰心害怕的是，当1685年天主教的法王路易十四撤销《南特诏令》、迫害境内的胡格诺信徒（新教的喀尔文教派）时，詹姆斯拒绝援救逃难的胡格诺教徒。另一方面，詹姆斯为了打击威廉夫妻的感情，策动玛丽的陪嫁人员向玛丽打小报告说，威廉正与伊丽莎白·维乐丝（英语：Elizabeth Villiers）（伴随玛丽来到荷兰的英伦侍女，也是玛丽的朋友）外遇中。玛丽得知这项消息之后便在维乐丝的房门外埋伏，果然在深夜时刻看见威廉走出房门。威廉否认通奸，而玛丽亦显然相信并原谅丈夫。:81:264也许有一种可能是，维乐丝并非以情妇的身份和威廉会面，而是以秘密特务的身份向威廉汇报外交情资。:64:264不论如何，威廉立刻解雇向玛丽“告密”的陪嫁人员，并将其送回到不列颠。:82:264
对詹姆斯心怀不满的新教政治家与贵族们，早在1686年就与玛丽的丈夫保持了联系。:861688年5月，詹姆斯在强迫英格兰圣公会的神职人员宣读《宽纵宣言（英语：Declaration of Indulgence）》（宣布天主教徒与清教徒都获得信仰自由）之后，民意支持度进一步重挫。:91詹姆斯的王后摩德纳的玛丽在1688年6月生下一名男婴——詹姆斯·弗朗西斯·爱德华，更使新教徒视此为严重的警讯。因为男婴未来必将养育为天主教徒，并会越过新教的姐姐玛丽与安妮，成为第一王位继承人。很快就有人指控这名男婴的出世是一场“阴谋”，说王后产下的本来是死胎，但是有人把不知名的男婴藏在热水壶里，秘密地送到王后的产房，假装成王子顺利地出生。:92因为传闻闹得沸沸扬扬，所以玛丽便写信给妹妹安妮，试图查证这项传言。结果安妮回复说传言的真实性极高，她本人也采信这种说法；这似乎让玛丽相信此男婴并非其血亲兄弟，而是父亲詹姆斯从别家抱来的小孩，以实现他让天主教徒继承王位的阴谋。:90, 94–95:268–269
在6月30日，以丹比勋爵为首的“不朽七人（英语：Immortal Seven）”（七位英伦权贵，光荣革命后被推崇为“不朽”的伟人）秘密地送信到荷兰海牙，请求威廉和玛丽带领军队来英格兰推翻不得人心的詹姆斯二世，并让玛丽成为英格兰的新教女王。:93–94起初，威廉因既想要趁机瓦解詹姆斯的亲法政权，又害怕法王路易十四会在他西征英伦时趁机侵荷，对此摇摆不定。在拖延观望了三个月后，他才定下西征英伦的决心。有些英国史学家认为，威廉犹豫不决的可能原因是他害怕妻子成为英格兰女王之后的权力会大过他这个丈夫而有损其颜面与自尊。但是，玛丽透过威廉信任的牧师吉尔伯·伯纳（英语：Gilbert Burnet）（苏格兰圣公会的神学博士，因主张自由思想而被迫流亡荷兰）居中协调而成功说服了他，让他相信自己对政治权力毫无野心，并且告诉威廉：“我只想当个好妻子，而不是驾驭丈夫的女王”；她也保证一定会使威廉当上英王，并由他来主导国政。玛丽还说，她绝对不会让威廉“沦为有失体面的王夫”。最后她再次向威廉保证，即使当上女王，她仍会遵照结婚誓言的承诺——永远顺服丈夫。:85:266
于是乎，威廉着手西征英伦并且发布声明，称詹姆斯的新生儿是“造假的威尔士亲王（从别家抱来的男婴）”。他同时列出了詹姆斯二世及七世一长串的罪名（主要是意图毁弃新教、恢复天主教），宣告自己来到英伦的目的纯粹是为了成立“自由且合法的议会”。:98威廉把玛丽留在荷兰后，在10月带领2.1万的精锐荷兰军出征。虽然船舰一度被风暴吹回荷兰，但他的部队最终仍在1688年的11月5日登陆英格兰。:100–102对国王离心离德的英伦陆海军，立刻倒戈投向威廉（包含三万詹姆斯军的主帅约翰·丘吉尔）。:104詹姆斯国王见大势已去，在12月11日策划逃亡外国，结果被抓回伦敦。他在计划第二次逃亡时，鉴于詹姆斯已成为烫手山芋，威廉决定撤走卫兵，任其离去。于是老国王在12月23日逃亡成功，永远地离开英格兰（1701年死在保护他的法国）。:105–107
不管是推翻父亲的王位，还是周遭的局势变化，都让玛丽心痛如绞。她夹在两种对立的情感中（孝顺父亲与服从丈夫），不但心灵被撕成两半，更承受了巨大的痛苦。虽然丈夫赶跑父亲让她心痛，但她相信这是迫不得已的变通办法：当英格兰的（新教）信仰遭遇到父亲带来的（天主教）危机，那么就必须用非常手段来“拯救（英格兰的）教会与国家”（光荣革命）。:95:269–271玛丽在1689年元旦后登陆英伦时写道，回到母国让她“私下非常快乐”，“但很快让我想到代价是父亲的不幸”。玛丽在伦敦举行入城典礼时，威廉要求她展现愉快的笑容以庆祝革命的大获全胜，因此玛丽用笑容回应热情的群众。一些人（约翰·艾伏林（英语：John Evelyn）和萨拉·丘吉尔（英语：Sarah Churchill））针对她的态度，批评玛丽为凉薄的不孝女，居然漠视父亲的悲剧；:113:272–273而詹姆斯逃亡到法国后，也写信责骂她的不孝。种种一切，都成了玛丽心中永远的痛——想不到虔信上帝的自己，竟然得违背圣经中“敬爱父亲”的训诫。
在1689年1月，奥兰治的威廉召开临时议会（英语：Convention Parliament (1689)），讨论废黜詹姆斯二世及七世之后的相关行动。:274以丹比勋爵为首的托利党认为，尽管荷兰人威廉拥有部分的英伦王室血统，却非合法顺位的继承人。因此托利党主张按照王家惯例，应由玛丽成为唯一的女王（意味着威廉三世不得为国王，只能以王夫摄政）；然而，威廉与他的支持者（辉格党为主）则坚持认为，丈夫不应臣属于妻子，:274–275威廉应该以响亮的国王名号来统治英伦，而不是以王夫的虚弱头衔来摄政。:108:273因为玛丽不希望成为唯一的女王，并相信妇女应该“让丈夫出面并顺从丈夫”，所以她坚持让威廉加冕为共治的国王；她说：“我认为我的使命并不是去主导王国的政务，而且我希望能有一个宁静的主妇生活。”结果，因为玛丽的执意要求，以及威廉的荷兰军队当后盾，临时议会认可他为共治的英伦国王。
在1689年2月13日，议会通过了《权利法案》。该法案将流亡的詹姆斯二世（1688年12月11日出逃）视作是自动退位，王位因此自动空缺。议会宣布王位由玛丽与威廉共同继承（而非詹姆斯刚出生的幼子詹姆斯·爱德华），夫妻两人将成为共享主权的共治君王。在此之前，英格兰夫妻双王共治的先例只有一次，那是16世纪中期玛丽一世与西班牙的费利佩结婚之后，议会同意费利佩享有英王的头衔。但名号只限于妻子玛丽一世在世之时，而且对他的权力全面限制，以避免费利佩为了西班牙的利益而损害英格兰。然而，威廉的待遇和西班牙的费利佩完全不同，不但他的王位将会持续到妻子女王过世之后，议会更同意“奥兰治亲王将以国王与女王的共同名义，行使唯一且全面的最高权力。”这项法案后来进一步扩大，排除了詹姆斯后代的王位继承权（安妮公主除外），并且排除所有天主教徒的王位继承权，理由是“根据历史经验，被教宗控制的君王必然会危害这个新教王国的安全与幸福。”
在1689年4月11日，伦敦主教亨利·康普顿于西敏寺为威廉和玛丽共同加冕。按以往的惯例来说，为他们加冕的应该是坎特伯里大主教，然而，当时的坎特伯里大主教威廉·萨克罗夫特虽然反对天主教的詹姆斯二世，却拒不承认废黜詹姆斯二世为合法有效的行为，因此玛丽夫妻的加冕改由伦敦主教执行。不过，威廉和玛丽都不喜欢这场加冕礼；玛丽认为这“非常奢侈”，威廉则贬称它为“天主教式的”。:118就在同一天，对于加冕问题一直是意见分歧、争吵不断的——苏格兰国会——终于宣布詹姆斯不再是苏格兰国王，并声言“没有天主教徒能在苏格兰王国里做国王或女王”，威廉和玛丽将为共治君主，而威廉将行使唯一且全面的最高权力。在4月11日，威廉和玛丽正式接受了苏格兰王冠。
然而，即使到了苏格兰议会正式宣布威廉和玛丽为国王和女王之后，詹姆斯在苏格兰仍有大量的支持者。詹姆斯的忠实支持者邓迪子爵（英语：John Graham, 1st Viscount Dundee）在苏格兰高地起兵叛乱，7月27日，他率领的叛军在基利克兰基（英语：Battle of Killiecrankie）大败英军，让英军输得心服口服。不过，邓迪叛军因这场战争损失惨重，再加上邓迪子爵在这场战役一开始就受了致命伤死去，给威廉一个机会去消除这唯一且有力的抵抗，叛军很快在下个月的邓凯尔德战役（英语：Battle of Dunkeld）被击溃。
1689年12月，议会通过了英格兰历史上其中一个最重要的宪法性文件——《权利法案》。这个措施重申并确认了几个早前的权利宣言——建立了限制王权的制度；它公开声明，凡未经议会同意，禁止以国王的权威暂停议会通过的法律，未经议会同意不得征税，禁止侵犯申诉权（英语：Right_to_petition），在和平时期未经议会同意不得征募常备军，不可否认新教徒合法备置武器的权利，不得过度干涉议会选举，禁止因辩论中的某些发言而惩罚议会中的任何议员，不得要求过多的保释金或者造成残酷或不寻常的惩罚。《权利法案》还确定了王位的继承。威廉三世及二世或玛丽二世其中一人逝世后，另一人继续统治。按照顺序，继承人将是这对夫妻的任何一个孩子，紧接其后的是玛丽的妹妹安妮和她的孩子；若安妮无后而逝，最后才会让威廉（假如）再娶所生的孩子继承王位。
从1690年开始，威廉为了应付战事，常在每年的春季到秋季离开英格兰。1690年他于爱尔兰和詹姆斯党作战时，玛丽便在枢密院九人团队的辅弻下治理国政。:138她对掌控权力并不热衷，反而觉得自己“被迫与挚爱的丈夫分离，还要和一堆疏离的陌生人（指枢密院成员）勉强共事”，她更自嘲自己“回头向家人寻求安慰与体贴时，身旁却只有一个枯燥无趣的妹妹（指安妮公主），真是愁闷烦琐、百无聊赖”（玛丽好动饶舌，安妮好静嗜吃，姊妹个性完全相反）。当时安妮公主曾因财务分配问题而与威廉和玛丽发生争吵，再加上安妮觉得身为荷兰人的姐夫威廉三世不应享有英王的权位便处处与其作对，导致了姊妹俩的感情恶化。:130–131当1692年苏格兰高地发生伦科大屠杀（英语：massacre of Glencoe）时，“使玛丽受到了惊吓”。:155虽然她“极力去挽回威廉国王的名声”，但是成果极其有限，北苏格兰人仍把新国王威廉看作是残酷暴虐的屠夫。:192
威廉在1692年彻底平定了爱尔兰的詹姆斯党动乱后，继续在海外领导反法的大同盟战争（1688-1697年，主战场是西属尼德兰）。玛丽当丈夫不在国内的时候，会在丈夫的顾问不可靠时自行作主；而当丈夫回到英格兰时，她就极力避免干涉政务。这样的作风正如同她在宣言和首肯《权利法案》时的那样，完整地表达她对权力可有可无的态度。:144:280, 284出人意料的是，当她舅舅亨利·海德（英语：Henry Hyde, 2nd Earl of Clarendon）（曾支持光荣革命）参与复辟詹姆斯的计划时，她立刻下令逮捕一干人犯，证明她是个坚强有力的统治者。:281然而，当玛丽果断地在1692年1月撤销颇具势力的枢密院成员约翰·丘吉尔（同样涉嫌支持詹姆斯二世，但证据不明确）的职务时，反而降低了她原本的高支持度，并进一步伤害了她与妹妹安妮的关系（安妮深受丘吉尔夫人萨拉的影响操控，是丘吉尔的强力靠山）。:159–160
于是乎，安妮让萨拉陪同她一起在宫廷中亮相，表达出支持丘吉尔、为撤职蒙羞大表不平的抗议态度；这让玛丽愤怒地敕令安妮解雇萨拉，并把萨拉赶出王宫。（但安妮拒受敕令，气愤地搬离王宫、远离权力中心）:160四月时，玛丽因生病发烧而被迫缺席礼拜日的宗教活动，对虔诚的玛丽来说，这是十二年来的第一次缺席。:155而病情也使她未能在安妮难产时给予探视关怀。当玛丽康复之后，安妮的麟儿已在临盆不久后夭折；玛丽虽然探望了安妮，但没有给予体贴入微的安慰，而是趁机痛斥她和萨拉的友谊。:161之后这对姊妹再未见过对方。:162在5月4日，约翰·丘吉尔因叛国的新事证而被捕下狱，但一个月后因为控告者揭露为冒名人士而被无罪释放。:161–162此时，当初指控詹姆斯幼子为抱来的传闻逐渐破解，越来越多人认知到詹姆斯·爱德华确实是正统的王子；而玛丽亦体悟到光荣革命的不合法与违背良知，因此在日记里感伤地纪录说，她与妹妹的裂痕是上帝给予的惩罚，是“不道德”革命所铸成的罪孽。（玛丽等于是抢夺了弟弟合法的王位继承权）
玛丽非常虔诚，一天至少要祷告两次。:277, 282她所颁行的政令大多是打击违反宗教禁令的放荡、饮食享乐和卖淫等的；她以自身品行作出良好表率，改善了1660年代以来的不良风俗。:164:281, 286她也经常参与圣公会的事务——所有神职人员的任命都要经由她手，这是因为丈夫威廉信仰喀尔文教派，不适于领导英格兰国教。:163–164尽管如此，但威廉仍插手重要的教职任命，譬如当坎特伯里大主教约翰·提洛逊（英语：John Tillotson）在1694年12月过世后，玛丽想要任命伍斯特主教爱德华·史提林福利（英语：Edward Stillingfleet）接替，但威廉否决了她的意见，玛丽只好顺从威廉的主张，改让林肯主教汤玛斯·汤尼森（英语：Thomas Tenison）担任坎特伯里大主教。:176
玛丽的体型高挑（180公分）而健康，她可以每天都在白厅宫和肯辛顿宫间往返办公。:285然而，她却在1694年末染上了天花。她在染病后为预防天花的感染范围进一步扩大而遣走了从未感染过天花的宫廷人员。:177当时再度怀孕的安妮听闻消息后，写信给玛丽说，为了见姐姐一面，她愿意冒任何风险；但是玛丽身边的第一女官德比伯爵夫人却未递交此信给玛丽。:179在12月28日过完午夜的凌晨时刻，玛丽病逝于肯辛顿宫。:179–180对玛丽依赖甚深的威廉国王为此痛不欲生；他对王家牧师吉尔伯·伯纳（一直备受威廉夫妇的信任）说，他原本是“最幸福的人”，现在却变成了“地球上最悲惨的生物”。:177
尽管詹姆斯党认为玛丽之死是她触犯圣经十诫中“孝敬父母”的报应，但她仍普遍地被不列颠人哀悼怀念。:288由于适值寒冷的冬天，泰晤士河的河面冰封，玛丽的遗体被放置在白厅宫内的国宴厅供民众瞻仰。1695年3月5日，她被安葬于西敏寺。她的葬礼首创先例，是第一次议会大厦的所有王家成员都有出席的葬礼。:186:289在葬礼上，作曲家亨利·普赛尔受命谱写了《玛丽女王的送葬乐（英语：Music for the Funeral of Queen Mary）》。:187
1693年，玛丽颁发王家宪章给北美弗吉尼亚州的威廉与玛丽学院，使之成为北美十三州的第二个大学；她也支持圣公会牧师托马斯·布雷（英语：Thomas Bray）（1698年创立促进基督知识团（英语：Society for Promoting Christian Knowledge））在北美宣教，并协助成立格林威治医院（英语：Greenwich Hospital, London）以让那些参与拉和岬海战（英语：battle of la Hogue）（1692年）的伤兵与船员获得照料。:283她在黑卢宫与汉普顿宫的花园设计上广受好评，并且让青花瓷与饲养金鱼成为流行。:260, 285–286
詹姆斯党宣传玛丽是一个只顾自己与丈夫利益的不孝女，因此冷血无情地推翻了她的父亲。:277–279在两夫妻的统治初期，玛丽经常被认为受到丈夫完全的操控；等到威廉离英作战而她必须独自统治时，才开始被肯定为有能力而且自信的君王。桂冠诗人纳亨·泰特（英语：Nahum Tate）1692年在《给女士的礼物》（）中把她比拟为“贤明女王”伊丽莎白一世。:283–284她的端庄稳重和内向羞怯，在文学作品中也颇受赞誉，像是威廉·瓦许（英语：William Walsh (poet)）在1691年所作的《关于女性的一段对话》（），就把她比喻为罗马共和的英雄辛辛纳图斯（临危受命的罗马将军，在获得伟大胜利之后却毅然放弃无上权力，回家务农）。:284
玛丽在过世的前一周处理掉了她所有的私人文件，因此也烧掉了一些档案，但是她的日记以及写给威廉与弗兰西丝·阿斯普利（早年的手帕交）的信却留下来了。:287虽然詹姆斯党极力谴责她，不过她的性格仍然流传了下来。大多数的人民把她看作是一个忠实顺服的好妻子：虽然在不情愿之下掌控至高权力，但却能在必要时刻以相当的能力良好地行使大权，然后心甘情愿地转让权力给丈夫。:290
曾经扮演过玛丽的演员：
当威廉三世和玛丽二世登上王位后，他们的共同称号为“威廉和玛丽，托上帝的洪福，英格兰、法兰西及爱尔兰国王和女王，信仰的捍卫者（英语：Fidei defensor）等。”而自1689年4月开始——当苏格兰议会承认她和丈夫为最高统治者后——夫妇两人使用的共同称号为“威廉和玛丽，托上帝的洪福，英格兰、苏格兰、法兰西、爱尔兰国王和女王，信仰的捍卫者等。”
国王和女王所使用的纹章可以纵横地分成四部分（英语：Quartering_(heraldry)）。位于左上左和右上左的第一部分和位于右上右和右下右的第四部分再被等分成四部分，第一部分和第四部分的左上和右下边绘上天蓝色背景（英语：Azure (heraldry)），并代表法兰西的三个金色（英语：Or (heraldry)）鸢尾花图案，而左下和右上边则绘上红色背景，并代表英格兰的纵向排列（英语：Pale (heraldry)）的三只面向其左并向前直走（英语：Attitude (heraldry)）的金色狮子；位于左上右和右上右的第二部分绘上饰有鸢尾形花纹之双边带（英语：tressure）的金色背景，并代表苏格兰的一只后腿站立（英语：Attitude (heraldry)）的红色狮子；而位于左下左和右下左的第三部分绘上天蓝色背景，并代表爱尔兰的一把有三根银弦的金色竖琴。整个纹章的左半面中间（英语：Variation_of_the_field）绘上天蓝色背景的盾形面（英语：Escutcheon_(heraldry)），并代表拿骚的一只用后腿站立的红色狮子。
光荣者艾塞斯坦 → 雄者埃德蒙 → 埃德雷德 → 埃德威格 → 和平者埃德加 → 殉教者爱德华 → 决策无方者埃塞尔雷德 → 八字胡斯文 → 决策无方者埃塞尔雷德 → 刚勇者埃德蒙 → 克努特大帝 → 飞毛腿哈罗德 → 哈德克努特 → 忏悔者爱德华 → 哈罗德·戈德温森 → → 威廉一世 → 威廉二世 → 亨利一世 → 斯蒂芬 → → 斯蒂芬 → 亨利二世 → 亨利二世与 → 亨利二世 → 理查一世 → 约翰 → 亨利三世 → 爱德华一世 → 爱德华二世 → 爱德华三世 → 理查二世 → 亨利四世 → 亨利五世 → 亨利六世 → 爱德华四世 → 亨利六世 → 爱德华四世 → 爱德华五世 → 理查三世 → 亨利七世 → 亨利八世 → 爱德华六世 → → 玛丽一世 → 玛丽一世与 → 伊丽莎白一世
→ → → → 与 → 多姆纳尔二世 → 康斯坦丁二世 → 马尔科姆一世 → 英多尔夫 → 杜夫 → 科林 → 肯尼思二世 → → 肯尼思二世 → 康斯坦丁三世 → 肯尼思三世与 → 马尔科姆二世 → 邓肯一世 → 麦克白 → 卢拉赫 → 马尔科姆三世 → 多姆纳尔三世 → 邓肯二世 → 多姆纳尔三世 → 埃德加 → 亚历山大一世 → 大卫一世 → 马尔科姆四世 → 威廉一世 → 亚历山大二世 → 亚历山大三世 → → （第一次空位期（英语：Guardian of Scotland）） → 约翰 → （第二次空位期（英语：Guardian of Scotland）） → 罗伯特一世 → 大卫二世 → 罗伯特二世 → 罗伯特三世 → 詹姆斯一世 → 詹姆斯二世 → 詹姆斯三世 → 詹姆斯四世 → 詹姆斯五世 → 玛丽一世 → 詹姆斯六世
