长州征讨是指日本江户时代后期江户幕府与长州藩之间，发生两次的战事。亦称长州征伐、长州出兵、幕长战争、征长之役、长州战争等。
第二次长州征讨也被称作第二次幕长战争，又因幕府军由四个方向进攻，长州方面也将之称作四境战争。
江户时代后期，长州藩尊王攘夷的倒幕思想盛行，因此长州藩图谋干涉京都的政局。然而在1863年（文久3年）以孝明天皇、公武合体派的公家、萨摩藩、会津藩发起的八月十八日政变为契机，长州势力被驱逐出京都。
1864年（元治元年），为求得对长州藩主父子的赦免，长州对京都进行了称为“禁门之变”的军事行动。因此，朝廷以长州藩向京都御所开炮为由，将长州立为朝敌，向幕府下达了征讨长州的敕命。幕府以前尾张藩主德川庆胜为总督，越前藩主松平茂昭为副总督，萨摩藩士西乡隆盛为参谋，聚集了36个藩的15万士兵向长州进军。
另一方面，长州藩内部在下关战争后，出现了意见分歧。保守派（俗论派）掌握了政权，以致战事陷于不利处境。最终，长州军接受由幕府军西乡隆盛提出的条件，禁门之变责任者之三家老（国司信浓、益田右卫门介、福原越后）切腹、三条实美等五卿移转至他藩并拆毁山口城，结束了第一次长州征讨。
1865年（庆应元年），高杉晋作等发动政变，打倒了控制长州政事的保守派，成立了倒幕派政权（功山寺举兵）。高杉等人采用西洋军制，装备以新式武器，进行了军事改革。第14代将军德川家茂故此决定再次征讨长州。
虽被称作四境战争，但是幕府本打算发兵五路进攻，只是这次的萨摩藩已经与长州藩达成经由土佐藩脱藩的坂本龙马秘密策画的萨长盟约，因此拒绝出兵。此时长州一边拖延与幕府军的谈判，一边进行迎击的准备。
1866年（庆应2年）6月7日，以长州藩向幕府舰队控制的周防大岛的炮击为起点，13日在艺州、小濑川方向，16日在石州方向，17日在小仓方向，战事各自开始。长州方面指挥战斗的是在山口藩政府的合议制下进行的。
而且由于各藩为防战事演变成长期战均戮力储备兵粮（米），以致市场米价高涨，全国各地因此发生了动乱。
虽然德川庆喜一开始亲自出阵、声称要扫平敌军，但接到小仓陷落的报告后受到打击，停止了进攻。再后来由于将军德川家茂病逝，朝廷下达了停战诏书。
最终，由胜海舟与长州的广泽真臣、井上馨在宫岛进行会谈，达成了停战协议。
第二次长州征讨的失利，使得幕府实力不再的事实为人所周知，同时幕府对长州藩以及萨摩藩的影响、干涉能力亦丧失殆尽。因此，有史料指出是此役的成败决定着德川幕府的续留与覆亡。
