假结结构

✍ dations ◷ 2025-07-09 15:10:22 #RNA,生物化学

假结结构(pseudoknot)是一类RNA二级结构。假结结构包含至少两个茎环结构。其中,一个茎环结构的茎的一半插入了另一个茎环结构的茎结构中。假结结构最初于1982年在芜青花叶病毒(英语:Turnip yellow mosaic virus)中发现。假结结构折叠成类似于绳结的三维结构,但却并不是真正的拓扑学的结(英语:Knot (mathematics))。

假结结构很难被计算生物学的检测手段查出,因为其对所在环境相当敏感,且具有“重叠的”本质。假结结构的碱基对的嵌入较差,即碱基对与其他的碱基对有一定重叠。这使得通过标准的动态规划方法对RNA序列中可能存在的假结结构的预测(英语:Nucleic acid structure prediction)变得更加困难。动态规划通过一个递推记分系统来确认配对的茎结构,因而很难测出非嵌入的碱基对。更新的随机上下文无关文法也面临相同的问题。因此,像Mfold和Pfold这样的流行的二级结构预测方法并不能预测出目标序列中的假结结构。它们只能确认更稳定的假结结构中的两个茎。

可以通过动态规划的方法确认某些类型的假结结构,但这类方法不够详尽,而且在作为序列长度的函数时与进行与假结无关的算法时测量表现较差。一个困扰许多预测最低的自由能的方法的问题是NP完全。

一些重要的生物学过程依赖于RNA分子形成的假结结构,这类RNA通常具有复杂三级结构。比如,RNA酶P的假结结构就是在进化过程中最保守的区域之一。端粒酶RNA的假结结构对其生物学活性亦至关重要,另外,几种病毒使用假结结构形成一个类似tRNA的结构模体,以侵入宿主细胞。

相关

  • Sbsub2/subSsub5/sub五硫化二锑是一种锑和硫生成的化合物,不同于三硫化二锑,是一种非整比化合物,为深橙黄色粉末,不溶于水,常用于橡胶工业和制作兽药。可以用全硫代锑酸盐加酸来制备它。但是无法证明
  • 月球计划月球号是苏联的第一个月球探测计划“月球计划”中所使用的空间探测器的名称。美国方面的对应计划是“先驱者计划”。先驱者计划所使用的探测器被命名为先驱者。美国第一个发
  • OH-58奇奥瓦侦察直升机贝尔OH-58奇奥瓦侦察直升机 是一种直升机家族,单引擎单旋翼,可以有观测和部分攻击能力。由贝尔直升机公司根据贝尔 206A 喷射骑士改装生产。OH-58 奇奥瓦自从1968就开始在美军
  • 冯景冯景可以是下列人物:
  • 2019冠状病毒病伊朗疫情2019冠状病毒病伊朗疫情,介绍在2019冠状病毒病疫情中在伊朗发生的情况。2020年2月19日,伊朗在库姆发现首例2019冠状病毒病病例。截至2020年4月7日,伊朗共发现62,589例确诊病例,
  • 猎物猎物是任何作为动物的狩猎运动或者肉类食物的物品。世界不同地区的捕猎动物的类型和范围各不相同。在一些国家,猎物被分类,包括所需许可证的法定分类,即“小猎物”或“大猎物”
  • 高氯酸钠201g/100cm3(20°C)329g/100cm3(100°C)高氯酸钠是高氯酸的钠盐,化学式为NaClO4。它是无色晶体,具潮解性,可溶于水和乙醇,480°C时分解,生成热为-382.75kJ/mol。通常以菱方晶系的
  • 选举或任命的女性副国家元首列表这是关于女性担任选举或者任命的副国家元首的列表。本文不包括同时担任副政府首脑的副国家元首,比如副总统。
  • 穆罕默德·伊本·卡西木穆罕默德·伊本·卡西木(阿拉伯语:محمد بن القاسم الثقفي‎;695年12月31日-715年7月18日)倭马亚王朝将军。生于塔伊夫,并在该城长大。其父卡西木·伊本·优素福
  • 1968年冬季奥林匹克运动会奖牌榜以下是1968年冬季奥林匹克运动会奖牌统计。国际奥林匹克委员会并非认同此奖牌榜中各国的奖牌排名,本表仅供参考之用。以背景色标示的是冬奥会举办国,最多奖牌数以粗体显示。