本因坊秀元（1854年－1917年9月5日），日本围棋棋手，为本因坊秀和的第三子，本名土屋百三郎。
秀和争议性的传位给长子秀悦后，造成秀和门下第一弟子村赖秀甫（上手）离开坊门创立方圆社，彼时传统围棋四大家仍是守着古法毫无进步，致使现代化的方圆社压倒性的将四家弄得销声匿迹；如此压力下，从小养尊处优的秀悦渐感不消，最后精神异常。此时秀甫、丈和第三子中川龟三郎（五段）都重新询问过成为秀悦的迹目的可能性；但在当初秀和希望三个儿子好好保持家业的情况下，秀悦顽固地将本因坊传给弟弟百三郎，是为第十六世本因坊秀元，棋力仅三段，成为当时碁界笑话（当时方圆社许多社员段位都比他高）。
在方圆社举行的围棋大会上，秀甫希望团结四家，共同弘扬碁道，四家向来都是闭门自传，但当时方圆社如日中天，也只好含糊答应。会上，上了年纪的松本因硕强迫秀元替其倒茶、拿烟灰缸，会后秀元十分恼怒，使得之后井上家同意与方圆社合作，而秀元则以“有松本在，本因坊家与之势不两立。”，而使当时碁界不能团结（其实当时方圆社的势力早已不须四家帮助）。
1882年，秀元已当上家督三年，仍只有四段。彼时秀元在林家做家督的二哥秀荣因前家督柏荣遗孀喜美子（秀荣养母）终于去世，终于掌握林家大权。秀荣见弟弟一直不长进，使得本因坊家落魄至斯，隔年从林家复归本因坊家，彼时传统四家已可有可无，加上本因坊家历经两次大火，已毫无财产，而林家财产颇丰，秀荣因此没立新家督，反而将林家并入本因坊家，传统四大家因此剩三家。翌年，秀元示意退位，秀荣继任，是为第十七世本因坊秀荣。不过也有认为是秀荣为了政治上的名声逼迫秀元退位的。
1907年，秀荣去世，指定五段的雁金准一为继承人，但准一仅入门两年，原为方圆社社员，不论棋力、入门年资都比不上秀荣培育许久、七段的田村保寿；不过由于秀荣不喜欢保寿，且对准一爱护异常，所以立准一为继承人，甚至将田村保寿开除家籍，引起非议。本因坊门因而分成两派，一时坊门无主，于是就暂由尚在人间的秀元继任为家督，为第二十世。就任家督当天，秀元应众人劝说升上六段，论实力六段无话说，但隔天秀元自觉不好意思，又把自己降为四段，倒是一件趣事。
相较于秀荣喜欢准一，秀元反而是支持保寿的，隔年，趁保寿与中川龟三郎二世（石井千治）的第四次十番碁第一盘胜出后，将本因坊让位给保寿，是为第二十一世本因坊秀哉。此外对中川龟三郎二世、田村保寿的对局，作为下手成绩很好，实力有达六段。
秀元史评为“生性刚直、恬淡，名利心极淡。年纪轻轻继任家督，却对此名号感到苦恼而活得很辛苦。退休后（第一次退休），如飘逸的世外高人。技艺虽不达做为家督的实力，但有着与实不符的四段却只报升一天的六段。平时爱酒，被称为‘酒仙’。”
日本围棋故事
