同盟国：
），当时保皇派正在通敌转向轴心国及失去国际上作为抵抗运动的支持。经过初期简单的合作阶段后，双方很快就开始互相战斗。最终塞尔维亚游击队基本上结束了与南斯拉夫游击队合作与占领军交战，及开始与轴心国合作攻击铁托的部队，和接受不断增加的补给援助（特别是从意大利王国）。
1941年4月6日南斯拉夫王国遭到来自各方的轴心国成员国之入侵，南斯拉夫战役开始，主要是纳粹德国的部队，而且还有意大利、匈牙利和保加利亚军队。在入侵期间，贝尔格莱德遭受德国空军轰炸。入侵持续超过10天，最后结果是南斯拉夫皇家军队在4月17日无条件投降。除了与德意志国防军在装备上无力相比外，南斯拉夫军队试图防卫所有的边界，但却只能分到有限的资源。另外，一些南斯拉夫师团拒绝进行战斗。相反的他们视德军为把他们从塞族压迫的解放者来欢迎，因此南斯拉夫对入侵者的抵抗很快崩溃。
主要的原因是，国内没有一个少数民族（斯洛文尼亚、克罗地亚和马其顿人）准备为捍卫由塞尔维亚人领导的南斯拉夫而战斗。唯一有效抵抗来自在塞尔维亚境内由塞尔维亚人自己组成的部队。塞尔维亚总参谋部认为，南斯拉夫作为一个“大塞尔维亚”的问题上，是在一种或另一种方式下由塞尔维亚人领导。在入侵前夕，南斯拉夫共有165名现役将领。在这些人当中，只有4名是塞族人。
投降的条件极为苛刻，轴心国对南斯拉夫进行肢解。德国占领了斯洛文尼亚北部，同时保持直接占领了塞尔维亚的手臀和对新建立的傀儡国有相当的影响力，克罗地亚独立国得到了今天克罗地亚全境之大部分及现今波斯尼亚和黑塞哥维那领土。墨索里尼领导的意大利王国获得剩余的斯洛文尼亚、科索沃和大片的达尔马提亚沿海地区（连同几乎所有的亚得里亚群岛）。它还获得了新成立的黑山控制权，并获得克罗地亚独立国的王位，虽然没有真正的行使权力。匈牙利派遣第3军团占领在塞尔维亚北部的佛伊弗迪纳，后来又强行吞并部分巴拉尼亚、巴奇卡、梅吉穆列县和普雷克穆尔基。同时保加利亚王国占领了科索沃东部和邻近今日马其顿共和国全境。
在1943年意大利投降后，所有原本由其管理的土地被置于纳粹德国或克罗地亚独立国控制之下，这包括科索沃、阿尔巴尼亚、黑山，克罗地亚只夺回少许达尔马提亚。
轴心国领土吞并和南斯拉夫的解体本身，并不受到同盟国的承认，他们继续承认流亡的南斯拉夫王国政府及后来新成立的南斯拉夫社会主义联邦共和国，它们都不被任何现代国家或联合国考虑为具有法律效力的国家。
从一开始南斯拉夫的抵抗力量分成两个派系：
南斯拉夫游击队（官方正式名称是南斯拉夫人民解放军及游击队），由约瑟普·布罗兹·铁托元师指挥，主要是抗击纳粹德国、意大利、匈牙利、保加利亚和国内的通敌者。他们依靠一批从西班牙内战中获得丰富作战经验的战士练兵，并在社会主义者思想下赢得不同国家的支持，他们在斗争中逐步获得同盟国和南斯拉夫流亡政府承认为合法的南斯拉夫解放力量。该运动令他们成为在被占领的欧洲下最大的抵抗力量，共800,000人部队编为4个方面军，最终南斯拉夫游击队击败所有反对者成为新成立的南斯拉夫民主联邦（后来的南斯拉夫社会主义联邦共和国）的官方军队。
虽然马其顿游击队的活动成为南斯拉夫人民解放战争之一部分，但马其顿的特殊情况（由于当地共产党人强烈的自治倾向）导致建立了一支独立的军队称为马其顿人民解放军并参与马其顿民族解放战争。到1944年马其顿人和塞尔维亚人在塞尔维亚南部取得了联系，形成了联合指挥，因而使马其顿游击队直接受约瑟普·布罗兹·铁托元帅指挥。马其顿共产党的自治倾向，其中主要在第二次世界大战期间，终于在1945年的第二届马其顿民族解放反法西斯大会大会上被解决了。
保皇党的塞尔维亚游击队（正式名称是南斯拉夫祖国军），由德拉查·米哈伊洛维奇指挥，主要由是从分散的南斯拉夫皇家军队残余组成，获得塞族压倒性的支持。塞尔维亚游击队在德军入侵南斯拉夫和政府在1941年4月17日投降后不久成立。最初塞尔维亚游击队是被南斯拉夫流亡政府和同盟国唯一承认的抵抗运动组织。南斯拉夫游击队曾试图在冲突早期与塞尔维亚游击队合作，但这合作关系很快土崩瓦解。在毫无结果的谈判后，塞尔维亚游击队领导人“米哈伊洛维奇”将军，转而将南斯拉夫游击队当作自己的主要敌人。据他说，原因是人道主义：防止德军向塞尔维亚人报复。不过这并没有令南斯拉夫游击队的抵抗活动中止，塞尔维亚游击队单位在1941年11月攻击南斯拉夫游击队，而越来越多地接受德国和意大利人之补给和合作。英国联络米哈伊洛维奇告知伦敦将在乌日采攻击（见第一次反南斯拉夫游击队攻势）后停止供应，但英国在攻击后继续这样做。
轴心国入侵苏联的巴巴罗萨行动在1941年6月22日开始发动。同日南斯拉夫游击队便组成了第1锡萨克游击支队，是在欧洲第一支武装抵抗单位。成立于克罗地亚锡萨克附近的布赖左威查森林，其成立标志着在占领的南斯拉夫内反轴心国抵抗的开始。
在随后的几个星期各个与解放运动有或多或少连系的军事组织都在南斯拉夫各个地区与轴心国部队爆发了武装对抗。南斯拉夫共产党决定在1941年7月4日正式发动武装起义，该日后来被标记为“战士节”是南斯拉夫社会主义联邦共和国的公众假期之一 。日基察·约万诺维奇在1941年7月7日于该战役中发射了第一枪，这一天亦是塞尔维亚社会主义共和国（南斯拉夫社会主义联邦共和国其中一个加盟共和国）的国庆日。
1941年8月10日在一个名叫斯塔努洛维奇的山区村落，南斯拉夫游击队组成了科帕奥尼克游击队支队总部。他们解放区，包括附近的村庄，最初在南斯拉夫被称为“矿工共和国”，并存在了42天。抵抗运动战士稍后正式加入南斯拉夫游击队。1941年12月22日南斯拉夫游击队组成了第一无产阶级突击旅（），是南斯拉夫游击队第一个正规军事单位，能对该区以外之地方采取军事行动。12月22日成为“南斯拉夫人民军日”。1942年游击队分队正式并入南斯拉夫人民解放军及游击队支队（NOV i POJ）。
塞尔维亚游击队是在南斯拉夫皇家军队投降后，由一些剩余的南斯拉夫士兵编成。这支部队由德拉查·米哈伊洛维奇陆军上校在塞尔维亚西部戈瓦组成。然而不同于南斯拉夫游击队，米哈伊洛维奇的部队成员几乎完全是清一色的塞尔维亚人。他指示他的部队武装自己，并等待他的命令作最后攻击。米哈伊洛维奇避免直接采取行动攻击轴心国部队，他判断这在战略重要性是不高的。
最初塞尔维亚游击队得到西方盟国的支持，直至1943年的德黑兰会议。在1942年精选了一篇文章以称赞米哈伊洛维奇所领导塞尔维亚游击队的“成功”，并预言他是在纳粹占领下的欧洲唯一的自由防守者。塞尔维亚游击队也得到被救援的几个被击落之盟军飞行员的赞许。然而铁托的游击队在这一时期更积极地与德军战斗。铁托和米哈伊洛维奇曾被希特勒悬红10万元以取他们的头颅。虽然在“正式”上与德军和乌斯塔沙是不共戴天的敌人，但塞尔维亚游击队却遣使与意大利和其他占领军和轴心国阵营部队作秘密交易。
南斯拉夫游击队使用日益成功的游击战术以对付轴心国占领军和其在当地的通敌者、塞尔维亚救国政府、乌斯塔沙控制的克罗地亚独立国及塞尔维亚游击队（他们亦被认为认为通敌者）。他们逐渐取得更多成功和来自一般民众的支持，并成功地控制大片南斯拉夫领土。人民委员会被组成以作为被南斯拉夫游击队解放的地区的民选政府。在一些地区甚至设立一些军火工业。
但是开始时，南斯拉夫游击队力量相对较小，装备较差，也没有任何基础设施。但是他们相对于其他在前南斯拉夫的军事和准军事组织有两个主要优势：第一个和最直接的好处是拥有一批人数需少但从西班牙内战中获得丰富经验的退伍军人。不像其他一些军事和准军事单位，这些退伍军人有丰富的现代战争经验，这与第二次世界大战中的南斯拉夫相当类似。其他主要优势，特别是在战争后期变得更加明显，是南斯拉夫游击队是重视意识形态而不是民族。因此他们可以期望几乎在这个国家的任何一个角落至少获得一定水平的支持，而不像其他准军事组织限于克族或塞族占多数的领土。这使他们的单位有更多的机动性，更多的移动，有更大的潜力招募新兵以提高他们的声望。
但是轴心国相当了解南斯拉夫游击队的威胁，他们试图发动一系列小型攻势以摧毁它们。同时还有7次主要的反南斯拉夫游击队攻势以专门针对消灭所有南斯拉夫游击队。这些重大的攻势通常是由德国国防军和武装亲卫队、意大利、塞尔维亚游击队、克罗地亚独立国、塞尔维亚救国政府、保加利亚王国和匈牙利王国之联合部队实施。主要攻势包括两次大规模的行动：白色行动和黑色行动又称为第四次攻势（雷特瓦战役）和第5次攻势（苏积斯卡河战役）。
一个独特情况是，使用空中力量以支持轴心国在地面上的部队，其中克罗地亚独立国空军（ZNDH）提供主要的空中支援。
在整个1941年克罗地亚独立国空军进行多次航空作战，以支援地面部队有限规模的行动，以攻击南斯拉夫游击队尤其是在波斯尼亚东西部，以及克罗地亚人使用双翼的宝玑-19和包台斯-25战斗机。至9月克罗地亚独立国空军使用更大型飞机的轰炸南斯拉夫游击队和其领土。亦使用手提相机进行目视侦察飞行。空中侦察令克罗地亚军队获得至关重要有关南斯拉夫游击队行动、位置和其控制区域一般情况的资料。这是极为重要，因为克罗地亚军队缺乏无线电设备。轻型飞机经常被用来进行联络任务，特别是连络周围的克罗地亚驻军和传递更高的命令。军队往往要求提供一或两架飞机给一些特别单位以密切配合地面部队行动
在10月和11月寒冷的天气限制了在南斯拉夫战线的空中活动。南斯拉夫游击队的行动蔓延到塞尔维亚东部地区和一些以萨拉热窝机场为基地的空军中队使他们出现在波斯尼亚-塞尔维亚边境地区。南斯拉夫游击队试图巩固和扩大在南斯拉夫东部的控制区，他们已经在1941年秋季解放了这些地区。。
在1942年与南斯拉夫游击队的战斗更加剧。游击队不仅解放了南斯拉夫东部大片领土，而且鼓励全国各地发动叛乱。德国、意大利和克罗地亚独立国政府意识到这个危险，他们使用一切手段消灭游击队。他们计划了数次大规模的行动以达致这一目的，而空中支援在行动中扮演了十分重要的角色。
另外运输机和轰炸机由德国及从前南斯拉夫被俘的提供给克罗地亚独立国空军，其中包括11架Do 17轰炸机、8架布里斯托尔·布伦海姆轰炸机和1架卡普罗尼Ca.310轰炸机、15架瑞高杰斯克战斗机和11架瑞高杰斯克R-100攻击机，这是一种装有可携带100 公斤炸弹的攻击机 。
这些增援到来刚好可参与德军在波斯尼亚东部对南斯拉夫游击队更大规模的攻势。起初意大利皇家空军亦参加了这次行动，但不幸的是，一架意大利轰炸机错误攻击在弗拉塞尼察附近之德军，德军指挥部因此命令指派克罗地亚独立国空军负责为整个地面部队提供空中支援。在这个时候没有大量的德国空军驻扎在南斯拉夫。
除了不间断的轰炸任务外，包台斯-25和宝玑-19飞机也可用于向被包围在罗加蒂察的克罗地亚军队进行日常补给。它们冒着炮火在一个小型的简易草地跑道降落，卸下弹药和其他物资，同时保持其发动机运行和尽快起飞。
大部分任务是由以萨拉热窝为基地的第2和第3中队实施，这是当时最强大的行动基地。在那个时候，萨格勒布空军基地主要是从事攻击以西斯拉沃尼亚和波斯尼亚为据点的游击队。
10架新的卡普罗尼Ca.311轰炸机连续攻击游击队据点。他们由第3中队（萨格勒布）和第7中队（拉伊洛瓦茨）。在9月至10月第8中队的布里斯托尔·布伦海姆轰炸机和第3及第9中队的Do 17轰炸机被广泛用来攻击在比哈奇、布戈伊诺、利夫诺、杜夫诺和波斯尼亚的游击队据点。他们不仅进行侦察飞行和和轰炸游击队的任务，也深入游击队控制下的领土及袭击铁路车站、道路交通，农业和粮食仓库。
南斯拉夫游击队意识到克罗地亚独立国空军的行动对他们做成很大的威胁，因而不断努力改善他们依赖机枪的防空力量。
1942年12月克罗地亚空军军团（HZL）的轰炸机中队由东部战线调回克罗地亚。当9架Do 17Z轰炸机从苏联返回到克罗地亚后军团的轰炸机中队被重编为第1轰炸机联队。Do 17轰炸机被证明了是轴心国在南斯拉夫战线上对付南斯拉夫游击队的一种有效武器直至1944年底。
1943年开始时轴心国部队已完全控制南斯拉夫战线的领空。没有预期有任何形式的反击在空中出现，这是轰炸机部队可以在没有任何战斗机护航进行作战的首要原因，尽管克罗地亚独立国空军缺乏强大的战斗机部队。但是这种情况在1943年开始时出现改变了。
南斯拉夫的抵抗组织除了一些较小的地区，将其设立的大型解放区沿萨格勒布和里耶卡的城市方法扩大至雷特瓦河西部和波斯纳。南斯拉夫游击队已发展更强大、兵力超过60,000人并成称为“铁托的国家”，他们都是受过良好的训练和得到炮火支援。1943年1月20日，驻南斯拉夫德军总部发动进攻的代号为“白色行动”目的是收复失去的领土。这次行动得到德国空军、意大利皇家空军及克罗地亚独立国空军的飞机支援。从萨拉热窝起飞的第2及第3中队和由巴尼亚卢卡来的第6中队参与轰炸以及投下传单张的任务。
在白色行动后巴尼亚卢卡空军基地得到新成立的第5中队的增援。克罗地亚独立国空军现在拥有3个空军基地和6个联队和14个中队。1943年期间新飞机陆续抵达，包括30架经过大修从德国飞来的Do 17E轰炸机，它们被分派至第3中队（萨格勒布），以及第13和第15中队（巴尼亚卢卡）。从意大利到来的34架长程Bücker Bü 131和25架Saiman 200轻型双座训练机，它们被分派至所有三个空军基地。
虽然克罗地亚独立国空军在随后的反游击战的进攻中只扮演了简单的角色，包括在1943年中的黑色行动，其主要参与在克罗埃西地亚中部战线的行动。与往常一样，南斯拉夫游击队的抵抗显示出生存性和有效性，并开始进行新的行动以影响在南斯拉夫的战局。
南斯拉夫游击队已清楚地意识到克罗地亚独立国空军的中型轰炸机部队不断空袭所造成的威胁。1943年8月10日由萨拉热窝的拉伊洛瓦茨机场飞来的一个旅进行了一次毁灭性的夜间袭击，3个半小时的袭击，克罗地亚独立国空军有10架轰炸机被击落，另外还有5架德国空军的轰炸机和运输机被摧毁，另有17架飞机受伤。虽然一些机组人员利用飞机上的机枪还击从，南斯拉夫游击队只损失少于20架起机。此后克罗地亚独立国空军司令部抱怨说，德军命令在发生空袭时把飞机分散至各地的机场周边地区，使飞机尤其容易受到这种类型的地面攻击。
在南斯拉夫历史学家确定了7个轴心国行动为有编号的反南斯拉夫游击队攻势：
在之后的冲突中，南斯拉夫游击队员在道义上取得胜利，他们只获得同盟国有限的物质支持，谁在这之前一直支持由德拉查·米哈伊洛维奇将军领导的塞尔维亚游击队，但在战争期间相信他们双方互相协作收集许多情报。
为收集情报，西方同盟国的代表被派来渗入南斯拉夫游击队和塞尔维亚游击队。通过与抵抗组织交流收集情报对补给成功至关重要，对盟军在南斯拉夫的战略有重要影响 。收集情报工作最终导致他们对南斯拉夫游击队认同和对塞尔维亚游击队的失望。在1942年虽然补给供应是有限的，象征性的支持同时被送往两个抵抗组织。在新的一年里，将出现变化。德军实施施瓦茨行动（苏积斯卡河战役，第5次反南斯拉夫游击队攻势），是一系列攻势的其中之一，目的是消灭抵抗力量，当时英国派遣威廉·迪肯到来，以收集资料。
他的报告中包含两个重要的意见。首先是南斯拉夫游击队是勇敢和积极的与德军第1山地师和德军第104轻步兵师作战，遭受重大伤亡和需要增援。第2个意见是，整个德军第1山地师已经从俄罗斯利用过境铁路线通过塞尔维亚游击队控制的领土转移至这里。英国截取（ULTRA）的德国情报信息证实塞尔维亚游击队行为胆怯。即使到今天，许多情况下、事实及动机仍不清楚，情报报告导致盟军加快在南斯拉夫空中支援和转移政策。1943年9月在丘吉尔的要求下，斯菲茨·麦克林准将空降至铁托在德尔瓦尔附近的总部担任与南斯拉夫游击队连系正式常任连络官员。虽然塞尔维亚游击队偶尔仍然收到补给，但南斯拉夫游击队将得到大部分的援助。
因此在德黑兰会议后南斯拉夫游击队被同盟国正式承认为合法的民族解放力量，盟军随后更建立了巴尔干空军 （根据斯菲茨·麦克林准将的建议），其目的是提供更多的物资和战术空中支援给铁托元帅的南斯拉夫游击队。
在1944年1月铁托的部队未能成功攻占巴尼亚卢卡。但是尽管铁托是被迫撤回，米哈伊洛维奇和他的部队也被西方媒体的注意到缺乏行动。1944年6月16日南斯拉夫游击队与国王彼得二世的南斯拉夫流亡政府在维斯岛签署了铁托-苏比锡协议。这项协议是试图形成一个将包括共产党人和保皇党人士的新南斯拉夫政府。它要求流亡政府与南斯拉夫游击队的阿夫诺伊（, AVNOJ）合并。铁托-苏比锡协议还呼吁所有斯洛文尼亚人、克罗地亚人和塞尔维亚人加入南斯拉夫游击队。该游击队被王国政府承认作为南斯拉夫的正规军，米哈伊洛维奇和许多塞尔维亚游击队拒绝接听电话。
在1945年3月30日至4月8日之间，米哈伊洛维奇将军的塞尔维亚游击队最后试图将自己建立为在南斯拉夫对轴心国的一个可信的打击力量。塞尔维亚游击队与乌斯塔沙及克罗地亚国民警卫队的联合部队交战。当时这一仗是攻打在巴尼亚卢卡附近的克罗地亚独立国。该战役以克罗地亚独立国部队获胜而结束。
在1944年8月罗马尼亚政变，安东内斯库的法西斯政权倒台，罗马尼亚王国倒戈盟军并退出战争，罗马尼亚军队被置于苏联红军的指挥之下。罗马尼亚部队攻击德军，参加了布拉格攻势。9月8日苏军进入保加利亚王国，保加利亚亦倒戈盟军退出战争，并在9月10日对德国和匈牙利宣战。轴心国派出较弱的师团入侵保加利亚但很轻易被击退。在马其顿，保加利亚军队被德国军队所包围和被高级军事指挥官背叛，迫使他们边战边退回到旧日的保加利亚边境。3个保加利亚军团（总数约455,000人）在1944年9月下旬得到托狄及南斯拉夫游击队的同意下进入南斯拉夫，并从索非亚移至尼什和斯科普里一线以实施阻止德军撤出希腊的战略任务。塞尔维亚东部及南部和马其顿于两个月内被解放和拥有130,000人强大兵力的保加利亚第1军团继续向匈牙利推进。
同时在盟军的空中支援和苏联红军的帮助下，南斯拉夫游击队把他们的注意力转移至塞尔维亚救国政府身上，该国是塞尔维亚轴心国的第五纵队。该地区的战斗在1941年乌日策共和国垮台以来相对较少（参见第一次反南斯拉夫游击队攻势）。10月20日红军和南斯拉夫游击队在一次联合进攻中解放贝尔格莱德。在冬季到来时，南斯拉夫游击队有效地控制了整个南斯拉夫、塞尔维亚东部地区的一半、瓦尔达尔马其顿、黑山以及大多数的达尔马提亚海岸。德意志国防军和由乌斯塔莎控制的克罗地亚独立国部队在整个1944至1945年的冬季坚守斯雷姆战线。为了提高南斯拉夫游击队的兵力，铁托宣布大赦所有在1944年12月31日前投诚的卖国势力成员。
1945年3月20日南斯拉夫游击队在莫斯塔尔、维谢格拉德、雷特瓦地区发起了总攻击。随着大片的波斯尼亚，克罗地亚和斯洛文尼亚农村地区被南斯拉夫游击队控制，最后的进攻行动包括将这些领土连接在一起和攻占主要城市和公路。在这次总攻中铁托元帅指挥游击队约80万人分为4个军团 ：在第1军团由达普·切维奇指挥、第2军团由科贾·波波维奇指挥、第3军团由科斯塔·拿华指挥和第4军团由佩塔.德拉普辛指挥。此外，南斯拉夫游击队还有8个独立军（第2、第3、第4、第5、第6、第7、第9和第10军）。
面对南斯拉夫游击队的是德国将军亚历山大·勒尔的德国E集团军，这个集团军有7个军（第15山地军、第15哥萨克军、第21山地军、第34军、第69军和第68军）。这些部队包括17个被削弱的师团（第1哥萨克师、第2哥萨克师、武装亲卫队第7师、第11空军野战师、第22、第41、第104、第117、第138、第181、第188、第237、第297、第369步兵师、第373克罗地亚人、第392克罗地亚人和武装亲卫队第14乌克兰师）。除了这7个军外，轴心国还有海军和空军残余力量，但不断遭受由英国皇家海军、皇家空军和美国陆军航空军的袭击，和强有力的警察部队，以确保后方。
克罗地亚独立国的军队在1944年11月进行了改组，其部队与乌斯塔沙和克罗地亚国民警卫队的单位合并为18个师，其中包括13个步兵师、2个山地师、2个攻击师和1个克罗地亚后补师，每一个师都装备了机动火炮和其他支援单位，还有几个装甲单位。从1945年年初起，克罗地亚各师团被分配到德军数个军及从1945年3月起防卫南部战线。
克罗地亚独立国空军和克罗地亚空军军团各单位的，由东部阵线撤回以提供了某种程度的空中支援（对地、战斗机和运输）直到1945年5月，更有时遇到及击败英国皇家空军、美国陆军航空军和苏联空军的空中攻击。至1945年3月德军仍提供最新式的德国Bf 109G和K型战斗机给它们。
塞尔维亚单位包括塞尔维亚救国政府属下的塞尔维亚国民警卫队和塞尔维亚志愿军残余。甚至有一些斯洛文尼亚国民警卫队（，SD）的单位，仍然完好无缺地驻守在斯洛文尼亚。
1945年3月底在向克罗地亚军队司令部知道，尽管战线仍然完好，它们最终将因缺乏弹药而战败。出于这个原因，它们决定撤退至到奥地利，以向从意大利向北推进之英国军队投降。
在总攻击实施的第1天，比哈奇被南斯拉夫游击队解放。第4军团在佩塔.德拉普辛的指挥下，攻破了第15武装亲卫队骑兵军的防线。4月20日德拉普辛解放了利卡和克罗地亚沿海地区，其中包括一些岛屿，并到达旧南斯拉夫接壤与意大利的边界。5月1日，在攻占由德国第68军防守、由前意大利控制的里耶卡和伊斯特里亚后，南斯拉夫第四军团在同一天于伊斯特拉半岛同西方盟军会师。
南斯拉夫第2军团在科贾·波波维奇的指挥下，4月5日强行渡过波斯纳河，攻占了多博伊，并到达了乌纳河。5月8日南斯拉夫第2军团，连同南斯拉夫第1军团的单位，攻占了萨格勒布。在4月6日南斯拉夫游击队第2、第3和第5军从德国第21军手中收复了萨拉热窝。
4月12日南斯拉夫第3军团在科斯塔·拿华的指挥下，强行渡过雷特瓦河。第3军团然后通过波德拉维那成扇形展开，到达萨格勒布以北地区，并在德拉沃格勒地区越过旧日奥地利同南斯拉夫之间的边境。第3军团封锁了周围的敌军，其前进的机动支队与第4军团的支队在克恩顿会师。
同是在4月12日南斯拉夫第1军团在达普·切维奇的指挥下，渗入德国第34军在斯雷姆的防线。4月22日第1军团粉碎了防御工事和向萨格勒布推进。在联同第2军团攻占萨格勒布后，两个军团向斯洛文尼亚前进。
5月2日柏林失陷。在1945年5月7日德国无条件投降及欧洲战争正式结束。意大利已经于1943年投降、保加利亚在1944年9月8日投降，而匈牙利在1945年2月，布达佩斯陷落后投降。尽管德国投降，但仍有零星的战斗在南斯拉夫发生。5月7日萨格勒布被解放，5月9日马里博尔和卢布尔雅那被南斯拉夫游击队攻占。德国E集团军总司令亚历山大·勒尔将军于1945年5月9日即星期三在斯洛文尼亚华伦积附近的Topolšica被迫签订其指挥下的部队的全体投降书，只有在克罗地亚和其他反南斯拉夫游击队的势力依然存在。
从5月10日到5月15日南斯拉夫游击队在克罗地亚和斯洛文尼亚其它地区继续面对来自克罗地亚人和其他反南斯拉夫游击队的部队抵抗。在波加那战役，是第二次世界大战中在欧洲的最后一场战役，于5月14日在斯洛文尼亚Prevalje附近的波加那展开，及在1945年5月15日结束。这是最后的高潮和一系列南斯拉夫游击队和大量（超过30,000人）德军（）、克罗地亚乌斯塔沙、克罗地亚国民警卫队（）、斯洛文尼亚国民警卫队（），和其他反南斯拉夫游击队部队企图撤退到奥地利。
在1945年5月15日克罗地亚国民警卫队、乌斯塔沙、武装亲卫队第15哥萨克骑兵军和塞尔维亚国民警卫队之残余和塞尔维亚志愿者军 ，向英国军队投降。克罗地亚人试图根据日内瓦公约内的条款跟英国谈判投降，但是没有被理会。克罗地亚独立国在1943年1月20日已加入该公约，并被确认这是“好战者”，也就是说，作为在战场拥有武装部队的一个民族国家。所有签署该公约的国家，其中包括英国和美国，均被告知这一确认。5月5日在帕尔马（伊斯特里亚西北50公里的里雅斯特），2,400和2,800名塞尔维亚志愿军士兵向英军投降。5月12日另外2500名塞尔维亚志愿军士兵在雷特瓦河的Unterbergen向英军投降。
在5月11日至12日在奥地利克拉根福的英军，受到南斯拉夫游击队的袭击。在贝尔格莱德，英国驻南斯拉夫大使向铁托领导的南斯拉夫联合政府递交了照会，要求南斯拉夫军队撤出奥地利。在5月15日铁托把在奥地利的游击队置于盟军控制之下。几天后，他同意撤回游击队。5月20日在奥地利的南斯拉夫军队已开始撤出。
大约在6月1日向英军投降的大多数塞尔维亚国民警卫队、塞尔维亚志愿军、克罗地亚国民警卫队，乌斯塔沙民兵和武装亲卫队第15哥萨克骑兵军士兵，被英军移交给南斯拉夫联合政府，这行动代号为驳船行动。南斯拉夫游击队以残酷手段对待战俘，被称为布雷堡屠杀。6月8日美国、英国及南斯拉夫同意控制的里雅斯特。
1945年3月8日南斯拉夫联盟政府在贝尔格莱德成立与铁托出任首相和伊万·舒巴希奇作为外交部长。国王彼得二世同意在结束统治流亡之前等待全民公决结果。11月29日，根据压倒性投票结果，彼得二世被南斯拉夫制宪大会废黜。同一天在贝尔格莱德举行的南斯拉夫议会第一次会议期间，南斯拉夫联邦人民共和国据此建立了一个社会主义国家。约瑟普·布罗兹·铁托被任命为总理。
1946年3月13日米哈伊洛维奇被南斯拉夫国家安全部（，OZNA）拘捕 。从同年6月10日到7月15日他被指控违反叛国和战争罪。在7月15日他被认定有罪并被判处死刑并枪决。在7月16日一个要求宽大处理的上诉被国民议会主席团驳回。在7月18日清晨米哈伊洛维奇，连同9名塞尔维亚游击队其他人员，在Lisičiji Potok被处决。这基本上结束了二次大战属于共产党的南斯拉夫游击队和保皇派的塞尔维亚游击队之间的内战。
官方的南斯拉夫战后估计二战期间在南斯拉夫的受害者数量是1,740,000人。然而，这1,740,000人的数字，后来被争议为被故意夸大以向德国争取赔偿。德国拒绝支付赔偿，直到能提供受害者的名字，而下面的另一项调查显示，只有约600,000人，受害人的名字可以查明。随后的数据收集在1980年代由历史学家弗拉基米尔·德扎季奇和博戈柳布·科乔维奇进行，实际的死亡人数约为1,000,000人。双方基于独立，不相关的研究得出的数字几乎相等。
这些数字后来被弗拉德塔·武科维奇教授证实德扎季奇和科乔维奇提供的数字正确，他是一名在1946年出版南斯拉夫正式文件的塞尔维亚作者。 武科维奇说，他计算人口上的损失是1,700,000人（例如除那些没有出生、死于饥饿、疾病等），后来这个数字被解释为实际受害者的人数和南斯拉夫代表团在该年稍后在巴黎和平会议提出。而德扎季奇及科乔维奇的有关南斯拉夫在战争期间损失之数字被美国大屠杀纪念博物馆接受。
其它资料来源亦证实了他们的数字正确：
在德意志联邦共和国（西德）拒绝向1,700,000名战争受害者支付战争赔款后，南斯拉夫联邦统计局于1964年建立了一个详细清单受害者(带姓名)。
在为数597,323名已知姓名的被杀害人士之外，联邦统计局为对未知受害者的数据增加了20%至30%的人数（所谓的缺陷报告），共有750,000至780,000人被纳粹德国、意大利、匈牙利、保加利亚或奎斯林部队杀害，连同估计有20万死亡的合作者和奎斯林部队，总数将达到约100万人。此列表之编译按德意志联邦共和国的要求，在1964年被宣布为国家秘密，第1次只是在1989年出版。
在第二次世界大战期于南斯拉夫领土上有一些地方上的派别和民兵十分活跃。它们包括：
同盟国
轴心国
