第六舰队（日语：第六艦隊／だいろくかんたい ?）是旧日本海军的一支舰队编制，全部由潜艇组成。第六舰队的主要作战设想，是将所有的潜艇统一运用，在对英美作战时，在东太平洋、印度洋、澳大利亚一带进行进行远洋侦察，以及参加日本海军计划中的“渐减邀击作战”。
1940年11月15日，日本海军设立第六舰队。舰队最初的作战目标，是针对美国西海岸、澳大利亚东海岸以及印度洋航线进行侦察。在太平洋战争爆发前，日本海军已经拥有各种功能各异的潜艇，而九五式鱼雷则让日军潜艇拥有了世界上首屈一指的攻击能力。但是军令部依然只是把潜艇当作侦察工具，计划让潜艇执行“渐减邀击作战”，消耗敌军主力舰队实力，为进行一场决定性的舰队会战而做准备而已。
太平洋战争之初，第六舰队曾经使用过微型潜艇对珍珠港、夏威夷等地进行侦察，同时在偷袭珍珠港时也运用了微型潜艇进行侦察。随着战争的延长，第六舰队开始对民用目标进行攻击，同时也进行了布雷行动。日军一度同纳粹德国海军联手，对印度洋地区的英国商船进行袭击，不过次数并不多；军令部始终更关注如何让潜艇伏击盟军的主力舰。1942年，日军潜艇成功击沉两艘航空母舰、一艘巡洋舰和数艘驱逐舰，同时击伤一艘航母和两艘战列舰。
1942年后，日军潜艇甚少袭击盟军运输船，而是更多地在所罗门群岛战役等战役袭扰盟军作战舰队，以及为守岛部队运送给养和增援部队。战争中期开始，盟军加大了对日军潜艇的打击力度，日军潜艇损失日益加剧。与之相对的，日军潜艇往往无法突破美军的反潜防线，出击的潜艇大多无功而返。
1944年11月8日，日军人操鱼雷回天投入使用，日军潜艇也经常作为回天鱼雷母舰而出动。至停战时，日军潜艇共进行过28次这种特攻作战（自杀式攻击）。
1945年日本投降时，伊400、伊401还在进行攻击的路途上。两艇8月底才返回横须贺，成为停战时日本仅有的还在出动的舰艇。
1939年的昭和14年度海军小演习曾一度临时编成第六舰队。
