寺庙整理运动（日语：寺廟整理運動／じびょうせいりうんどう ），又称神佛升天运动，是台湾日治时期总督府当局的皇民化运动环节之一，具体措施包括拆除合并台湾传统寺庙、限制寺庙祀神的数量、将寺庙改为神社等，造成台湾的寺庙数量锐减。
西来庵事件后，为避免相似的以寺庙和民间信仰为基础的抗日事件再度发生，台湾总督府颁布《依照本岛旧惯寺庙之设立废合办理案》，对台湾传统寺庙的建造进行限制，同时设置“社寺课”管辖台湾民间信仰，成立“南瀛佛教会”在台湾传播日本佛教并派日本僧侣担任台湾寺庙的住持。
寺庙整理运动起于1936年7月的“民风作兴运动”，随着皇民化运动的开始，1938年，台湾总督府开始全面推行寺庙整理运动，通过寺庙的合并、拆除、撤祀、合祀甚至烧毁等手段打压台湾寺庙，强迫台湾佛教寺院归附日本佛教宗派，强迫宫庙建筑改为日式。而寺庙中的土塑神佛像一律捣毁，木雕神佛像大多烧毁，少部分有文化价值的送至政府研究机构典藏，在打压下部分信徒被迫将神像藏匿。同时总督府大力推动神社参拜，1938年台湾参拜神社有约830万人次，1941年增至1,200万人次。
寺庙整理运动引发了台湾极大的民怨，英美在南洋战场上也开始宣传日军对祠庙的破坏，在这些压力下，1941年10月台湾总督府决定停止拆并，改以“渐进改善”的方式，寺庙整理运动至此结束。
在寺庙整理运动下，台湾的寺庙数量由1936年的3,403座降至1942年的2,327座，减少近三分之一。其中有361所寺庙被拆毁，819所寺庙改为神社或日本佛寺，被烧毁的神像达13,700余座，其中台南州与高雄州共有13,015座神像被烧毁或捣毁。破坏最严重的新竹州、高雄州、台南州三州1942年时分别有40%、54%、56%的寺庙遭到破坏，其中309座寺庙被拆毁，786座寺庙被移作他用，其中台南州有194座庙宇被毁，419座被移作他用，新丰郡、斗六郡所有寺庙全遭毁坏。
