波士顿南站（英语：South Station，IATA代码：ZTO），位于波士顿市大西洋大道（Atlantic Avenue）和夏街（Summer Street）交汇处的杜威广场（英语：Dewey Square）。是大波士顿地区最大的火车站、长途汽车站和交通枢纽。
南站的设施包括：
南站汽车站是沿着大西洋大道在火车月台之上的另一栋大楼，设有几个汽车公司和终点站：
波士顿南站（英语：South Station或South Station Under）地下设有换乘的地铁站，位于夏街和大西洋大道路口，属于马萨诸塞湾交通局。地铁红线和快捷公交银线（英语：Silver Line (MBTA)）在地下各有两座站台。据统计，2013年波士顿南站地铁站日均旅客发送量为25037人次，是马萨诸塞湾交通局公共交通系统最繁忙的地铁站。
曾经，大西洋大道高架（英语：Atlantic Avenue Elevated）在波士顿南站设有车站方便乘客换乘。1938年9月20日，大西洋大道高架停运，架空轨道及站台于1942年春季拆除。而波士顿南站地铁站于1916年12月3日建成，架空站台和地铁站之间换乘没有直接换乘通道。
1957年，为建筑杜威广场隧道（英语：Dewey Square Tunnel），地铁隧道的原型顶棚和早先的检票大厅被拆除，重建之后地铁隧道的天花板改为平顶，检票大厅被移至东侧，更靠近火车站大厅。
1980年左右，南站地铁站进行了第二次大的翻新。工程拓宽已有的楼梯，并增加了通往总站大楼的电动扶梯。除此以外，地铁站在联邦档案馆附近新增出入口，在夏街下建造人行隧道连接各个地铁站入口。1985年，红线车站月台两端各延长60英尺以供新的红线列车停靠。
大开掘工程规划中对波士顿南站又一次改造。夏街下方的红线隧道与大西洋大道垂直，新的93号州际公路北行方向隧道规划在附近，在铁轨下方挖掘新的隧道。第一条隧道完工后，车站新增银线使用的隧道和站台。新的银线站台建在原有的检票大厅的地方，并在上方加盖了新的检票大厅，乘客在红线和银线之间可以方便换乘。工程总计花费3500万美元。另外，对红线站台进行翻修，花费约1300万美元。
2002年和2004年，银线（英语：Silver Line (MBTA)）第一段服务开通后，马萨诸塞湾交通局提议在波士顿南站、南波士顿海滨区（英语：South Boston）和华盛顿街间建造第三阶段隧道。2010年，由于经费问题，工程被无限期搁置。目前，需要前往达德利广场的乘客可以离开车站来到地面公交站乘坐银线SL4号线。
2005年初，在对红线站台进行维修时以外出土了蓝白色马赛克瓷砖拼成的车站标志“South Station Under”。马萨诸塞湾交通局在翻新工程中决定对它进行修复，复原到最初模样作为纪念。
波士顿南站地铁站在夏街和大西洋大道交汇口的四个角均设有出入口。地下二层为地铁红线地铁站，设有两座侧式站台。地下一层的隧道为快捷公交银线SL1、SL2和SL3号线专用，SL4号线停靠在地表公交车站，距离波士顿南站一个街区。车站靠近大西洋大道和艾塞克斯街，南站公交总站旁边。地铁和波士顿南站火车站大厅通过地下隧道直接相连，可以在火车站大厅乘坐美铁城际铁路。
