三爷宫溪，旧称三爷溪或三老爷宫溪，为二仁溪的一条支流，流经台南市永康区及仁德区。近期由于沿岸民生及工业废水大量排入，造成该地十分严重的环境污染问题。
三爷宫溪原为鲫鱼潭水域。清道光年间，南部地区曾发生一场暴雨，导致台江内海大量淤积，而新港溪（今盐水溪）与原鲫鱼潭水路（网寮溪）亦受到阻碍，潭水无法流入盐水溪，南岸仁德“丝线过脉”遭到冲断，使潭水向南流出汇入二仁溪。鲫鱼潭消失后，西侧台南台地泉水不断流入形成鲫鱼潭溪，为今三爷宫溪的一部分。
三爷宫溪源头目前位置已不明，仅可于永康区大湾路942巷及942巷641弄发现溪水自地下箱涵向南流出，沿途汇聚其他支流，流至鲫潭桥北边与太子庙沟汇流后即进入仁德区，经过国道一号台南交流道后，向西南通过丝线过脉（中华医事科技大学至五空桥之间），流经五空桥以西转北形成曲流，最后于台南市仁德区与南区及高雄市茄萣区交界处流入二仁溪。
以下由河口至源头列出主流上之主要桥梁：
目前三爷宫溪已成为排水沟，也有大湾中排、大排之称，水岸两侧已完全水泥化，时常有污水及恶臭等情况，沿岸也常发生淹水等灾情。
三爷宫溪目前为二仁溪支流中污染最为严重的溪流，由于流经人口密集地区与工业区，近年来大量废水排入，及丢弃许多垃圾，水质自上游到下游都受到严重污染，不但重金属污染超标，水面上时常泛著油光，还不时呈现红、橘、紫或黑等颜色，自民国65年(1976年)之后，嘉南农田水利会也停止抽取三爷宫溪溪水做为灌溉水源，溪内毫无生命力，水族绝迹，且恶臭不断。
由于三爷宫溪流域位于古鲫鱼潭上，地势较为低洼，而近期大湾、归仁地区发展快速，不但使河道宽度缩减且附近排水系统都导入其中，导致短时间的强降雨河道无法负荷，溪水暴涨且漫流出堤防，延岸大湾地区、仁德太子路、仁德工业区、台南交流道及中华医事科技大学等地区，雨季常饱受淹水之苦。台南市政府为了治水也规划一系列的工程，像是于高速公路旁兴建仁德滞洪池，于下游兴建分洪道，或是于上游兴建抽水站等，但仍还是有淹水的情况发生。
